Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,263,978	T→G	I159I (ATA→ATC)	ispE ←	4‑diphosphocytidyl‑2‑C‑methylerythritol kinase

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,263,978	0	T	G	100.0%	101.4 / NA	36	I159I (ATA→ATC)	ispE	4‑diphosphocytidyl‑2‑C‑methylerythritol kinase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base G (36/0);  total (36/0)

TACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGTAT  >  W3110S.gb/1263920‑1263980                                                           |   tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCATCGGCGTTAGGAt  >  1:487528/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:728937/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:324574/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:338601/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:383592/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:401745/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:568764/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:659376/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:70771/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:306496/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:755535/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:76323/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:778612/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:784681/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:855477/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:937368/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:964518/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:987848/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:1514472/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:1040349/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:1111238/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:1115008/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:1124345/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:1236569/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:1349457/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:1452088/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:1493989/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:1010290/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:1516388/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:1523886/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:1556081/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:1601324/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:1635499/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:1636372/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:207649/1‑61 (MQ=255) tACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGGAt  >  1:213564/1‑61 (MQ=255)                                                           |   TACTTACACCAGGGTGCGCCACCAGATACCACTTCTCTGGCGGATCCACCGGCGTTAGTAT  >  W3110S.gb/1263920‑1263980

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑