Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,738,366 T→G G213G (GGA→GGC)  ydhP ← predicted transporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,738,3660TG99.5% 541.3 / ‑3.9 187coding (639/1170 nt)ydhPpredicted transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  major base G (0/186);  minor base . (0/1);  total (0/187)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01

Only 100 of 187 total aligned reads displayed.

TTGCACCAGCTCCCAGTACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGC  >  W3110S.gb/1738356‑1738419
          |                                                     
ttGCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCT‑‑GGACGCATTAATACCGc  <  1:819870/62‑1 (MQ=37)
 tGCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCg   <  1:1620924/62‑1 (MQ=255)
 tGCACCAGC‑GCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:295638/62‑1 (MQ=38)
  gCACCAGCGCCCGGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:8974/62‑1 (MQ=38)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCGCCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1241545/62‑1 (MQ=38)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATAcccc  <  1:1066955/62‑3 (MQ=39)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:541939/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:493322/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:510154/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:527438/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:535323/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:590770/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:554730/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:56917/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:572193/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:584589/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:645537/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:484644/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:481312/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:474853/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:463917/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:456018/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:433345/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:425061/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:413859/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:406472/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:397006/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:387205/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:807457/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:985381/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:968898/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:955961/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:948718/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:93358/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:924363/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:89767/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:888383/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:847730/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:843344/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:834123/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:614650/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:784656/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:769489/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:745775/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:702536/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:690656/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:677877/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:662541/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:655910/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:652756/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:346636/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:636283/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1214719/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:369458/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1401479/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1400238/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1386005/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1357329/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1342994/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1297591/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1280449/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1264415/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1257004/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1237875/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1407955/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:119394/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1178698/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1149153/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1113489/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1112350/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1087737/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1085010/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1061722/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1054815/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:101194/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1572157/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1004377/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:317243/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:278429/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:278104/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:234743/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1757/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1637574/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1610096/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1595846/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1591883/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1588119/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1431335/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1537076/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1518642/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1517552/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1493118/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1476270/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1460499/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1443365/62‑1 (MQ=255)
  gCACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1440585/62‑1 (MQ=255)
  gCACAAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:203662/62‑1 (MQ=38)
   cACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1484458/61‑1 (MQ=255)
   cACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:1374980/61‑1 (MQ=255)
   cACCAGCGCCCAGCACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGc  <  1:685975/61‑1 (MQ=255)
          |                                                     
TTGCACCAGCTCCCAGTACCGTCGTCAGCAATGCAGACAGCACCTGCGGACGCATTAATACCGC  >  W3110S.gb/1738356‑1738419

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑