Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	2,074,440	A→G	G255G (GGA→GGG)	flu →	antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	2,074,440	0	A	G	100.0%	162.1 / NA	57	G255G (GGA→GGG)	flu	antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/57);  total (0/57)

TGGTCACGCACTGGATACCACGCTGAATGGGGGATACCAGTATGTGCACAACGGCGGTACAG  >  W3110S.gb/2074407‑2074468                                  |                             tGGTCACGCACTGGATACCACGCTGAATGGGGGGTACCAGTATGTGCACAACGGCGGTACAg  <  1:733384/62‑1 (MQ=255) tGGTCACGCACTGGATACCACGCTGAATGGGGGGTACCAGTATGTGCACAACGGCGGTACAg  <  1:329334/62‑1 (MQ=255) tGGTCACGCACTGGATACCACGCTGAATGGGGGGTACCAGTATGTGCACAACGGCGGTACAg  <  1:374818/62‑1 (MQ=255) tGGTCACGCACTGGATACCACGCTGAATGGGGGGTACCAGTATGTGCACAACGGCGGTACAg  <  1:378668/62‑1 (MQ=255) tGGTCACGCACTGGATACCACGCTGAATGGGGGGTACCAGTATGTGCACAACGGCGGTACAg  <  1:402448/62‑1 (MQ=255) tGGTCACGCACTGGATACCACGCTGAATGGGGGGTACCAGTATGTGCACAACGGCGGTACAg  <  1:410663/62‑1 (MQ=255) tGGTCACGCACTGGATACCACGCTGAATGGGGGGTACCAGTATGTGCACAACGGCGGTACAg  <  1:470192/62‑1 (MQ=255) tGGTCACGCACTGGATACCACGCTGAATGGGGGGTACCAGTATGTGCACAACGGCGGTACAg  <  1:47887/62‑1 (MQ=255) tGGTCACGCACTGGATACCACGCTGAATGGGGGGTACCAGTATGTGCACAACGGCGGTACAg  <  1:524131/62‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑