| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,163,960 | A→G | R120R (AGA→AGG) | mdtD → | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,163,960 | 0 | A | G | 94.8% | 769.0 / 13.1 | 290 | R120R (AGA→AGG) | mdtD | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/15); new base G (274/0); total (275/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.31e-25 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.32e-01 | |||||||||||
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
GGCGTTGGCGGCGCGATGATGGTGCCGGTCGGCAGATTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATGGCGGC > W3110S.gb/2163925‑2164004 | ggCGTTGGCGGCGCGATGATGGTGCCGGTCGGCAGATTGACGGTGATGAAAATCGTACcgcg < 1:61730/62‑1 (MQ=255)ggCGTTGGCGGCGCGATGATGGTGCCGGTCGGCAGATTGACGGTGATGAAAATCGTACcgcg < 1:469046/62‑1 (MQ=255)ggCGTTGGCGGCGCGATGATGGTGCCGGTCGGCAGATTGACGGTGATGAAAATCGTACcgcg < 1:39356/62‑1 (MQ=255)ggCGGTGGCGGCGCGATGATGGTGCCGGTCGGCAGATTGACGGTGATGAAAATCGTACcgcg < 1:36888/62‑1 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAAt > 1:1451580/1‑35 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCg > 1:1327849/1‑37 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTAcc > 1:1563440/1‑41 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACcgc > 1:414242/1‑43 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:303282/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:281755/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:606890/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:296365/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:567734/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:298998/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:533491/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:507885/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:493724/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:486901/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:340556/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:458020/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:442095/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:639195/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:432128/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:408710/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:316727/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:387467/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:7962/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:985277/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:967119/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:946993/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:928855/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:91860/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:906069/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:893947/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:869711/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:843935/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:833143/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:810713/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:256523/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:792640/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:780389/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:763096/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:758149/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:751991/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:734255/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:732303/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:709537/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:700127/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:670013/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:65689/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:118139/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1002151/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:133935/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1312113/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1295388/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1283560/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:126844/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1253639/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1237846/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1227089/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1214137/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1195758/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1188283/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1351551/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:116195/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1159698/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1136999/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1127553/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1100997/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1083889/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1060298/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1046834/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1039313/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1022765/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:100901/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1557465/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:239437/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:224590/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:213510/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:194815/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1647534/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1623183/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1608403/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1595341/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1593622/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1581150/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1571247/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1363299/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:155468/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1547110/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1524222/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:151730/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1477572/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1430870/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1393588/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcgg > 1:746284/1‑61 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcgg > 1:596324/1‑61 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGGCAGGTTGACGGTGATGAAAATCGAACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:52747/1‑62 (MQ=255) atgGTGCCGGTCGACAGGTTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATggcggc > 1:1468970/1‑62 (MQ=255) ccGGTCGGCAGATTGACGGTGATGAAAATCGTACcgcg < 1:186861/38‑1 (MQ=255) | GGCGTTGGCGGCGCGATGATGGTGCCGGTCGGCAGATTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATGGCGGC > W3110S.gb/2163925‑2164004 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |