| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,192,625 | C→A | Q540H (CAG→CAT) | yehB ← | predicted outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,192,625 | 0 | C | A | 86.5% | 702.2 / 93.1 | 310 | Q540H (CAG→CAT) | yehB | predicted outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/24); new base A (268/0); total (286/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.82e-25 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
GATATAAAAATATTAAAACGTTTCTCTTCATGATGATTCTCGTCATAAGCCTGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCTTATCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCAA > W3110S.gb/2192575‑2192678 | gATATAAAAATATTAAAACGTTTCTCTTCATGATGCTTCTCGTCATAAGCCTGGCTTGCcgc < 1:1614570/62‑1 (MQ=255)gATATAAAAATATTAAAACGTTTCTCTTCATGATGATTCTCGTCATAAGCCTGGCTTGCcgc < 1:541887/62‑1 (MQ=255)gATATAAAAATATTAAAACGTTTCTCTTCATGATGATTCTCGTCATAAGCCTGGCTTGCcgc < 1:1216842/62‑1 (MQ=255)gATATAAAAATATTAAAACGTTTCTCTTCATGATGATTCTCGTCATAAGCCTGGCTTGCcgc < 1:151033/62‑1 (MQ=255)gATATAAAAATATTAAAACGTTTCTCTTCATGATGATTCTCGTCATAAGCCTGGCTTGCcgc < 1:1306178/62‑1 (MQ=255)gATATAAAAATATTAAAACGTTTCTCTTCATGATGATTCTCGTCATAAGCCTGGCTTGCcgc < 1:344449/62‑1 (MQ=255)gATATAAAAATATTAAAACGTTTCTCTTCATGATGATTCTCGTCATAAGCCTGGCTTGCcgc < 1:1048782/62‑1 (MQ=255)gATATAAAAATATTAAAACGTTTCTCTTCATGATGATTCTCGTCATAAGCCTGGCTTGCcgc < 1:973899/62‑1 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGc > 1:355193/1‑35 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGc > 1:1468463/1‑35 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGc > 1:1531887/1‑35 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:491123/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:517850/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:477802/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:527987/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:472160/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:458195/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:420448/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:440771/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:430640/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:574474/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:411204/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:397743/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:390255/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:372020/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:320559/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:313942/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:301410/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:292406/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:753091/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:977361/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:957048/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:940613/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:938008/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:930560/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:919419/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:901276/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:86215/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:842257/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:797787/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:761935/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:550223/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 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1:1285825/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:1261172/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:1204444/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:120058/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:1197649/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:1195556/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:261352/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:1171566/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:115356/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:1134021/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:11153/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:110323/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:1092117/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:1084298/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:1061853/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:1041258/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:1012928/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:1567507/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:276163/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:247630/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:1003873/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:19806/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:195160/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:182184/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:166343/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:1634144/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:1604076/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:1587766/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:1383653/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:1558553/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:152557/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:1518842/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:1474891/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:1461263/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:1454194/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:1443213/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:1402598/1‑36 (MQ=255) ctcGTCATAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGGATAGCt > 1:1497919/1‑36 (MQ=38) ctcGTCAAAAGCATGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCt > 1:130972/1‑36 (MQ=38) tCATAAGCCTGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCTTATCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCaa > 1:1176088/1‑62 (MQ=255) tCATAAGCCTGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCTTATCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCaa > 1:856023/1‑62 (MQ=255) tCATAAGCCTGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCTTATCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCa > 1:133914/1‑61 (MQ=255) | GATATAAAAATATTAAAACGTTTCTCTTCATGATGATTCTCGTCATAAGCCTGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCTTATCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCAA > W3110S.gb/2192575‑2192678 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |