Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,316,415 C→T intergenic (‑332/‑407) ompC ← / → rcsD outer membrane porin protein C/phosphotransfer intermediate protein in two‑component regulatory system with RcsBC

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,316,4150CT100.0% 495.0 / NA 172intergenic (‑332/‑407)ompC/rcsDouter membrane porin protein C/phosphotransfer intermediate protein in two‑component regulatory system with RcsBC
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/172);  total (0/172)

Only 100 of 172 total aligned reads displayed.

GTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATAACTCCCGCTATCATCATTAACTTTATTTA  >  W3110S.gb/2316379‑2316440
                                    |                         
gTCAAAACTAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:718028/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAGAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:303427/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAATACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1201397/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTGTCATCATTAACtttattta  <  1:1327901/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATTATCATTAACtttattta  <  1:144490/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:543861/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:671663/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:66701/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:629911/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:627226/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:619079/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:604288/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:588441/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:580529/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:564219/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:544951/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:431098/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:540120/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:534001/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:514497/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:47877/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:470783/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:470398/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:460875/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:448942/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:435388/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:432263/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:387685/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:867833/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:98532/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:963329/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:949816/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:938609/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:93006/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:917739/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:900827/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:899844/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:880117/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:879254/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:873149/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:703559/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:86614/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:859856/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:849433/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:841317/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:826074/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:796871/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:786541/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:747053/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:738417/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:72919/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1255745/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1454167/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:404418/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1408396/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1403064/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1383188/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:136598/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1365009/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1346541/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1337156/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1320534/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1314011/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1412512/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1255433/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1236321/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1210194/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1136932/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1125986/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1079620/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1050212/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:102294/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1020471/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1006608/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:237884/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1004580/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:376761/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:347486/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:301061/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:279680/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:251639/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:240290/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1455363/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:233047/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:172516/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1647881/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1634840/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1602308/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1568145/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1550968/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1523959/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1520250/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1497885/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1494087/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1461902/62‑1 (MQ=255)
gTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCAGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:884316/62‑1 (MQ=255)
   aaaacaaaacCTTCACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:445587/59‑1 (MQ=255)
                cACTCGCAACTAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1205802/46‑1 (MQ=255)
                          tAGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1016250/36‑1 (MQ=37)
                           aGAATATCTTCCGCTATCATCATTAACtttattta  <  1:1182423/35‑1 (MQ=37)
                                    |                         
GTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATAACTCCCGCTATCATCATTAACTTTATTTA  >  W3110S.gb/2316379‑2316440

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑