Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	394,614	C→A	D300Y (GAT→TAT)	ampH ←	beta‑lactamase/D‑alanine carboxypeptidase

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	394,614	0	C	A	100.0%	75.0 / NA	28	D300Y (GAT→TAT)	ampH	beta‑lactamase/D‑alanine carboxypeptidase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base A (28/0);  total (28/0)

AACCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATCCATGCCAATCACTTTCGTA  >  W3110S.gb/394578‑394633                                     |                    aaCCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATACTTGCCAATCACTTTCGTa  >  1:192373/1‑56 (MQ=255) aaCCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATACATGCCAATCACttt      >  1:1412081/1‑52 (MQ=255) aaCCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATACATGCCAATCACTTTCGt   >  1:1605127/1‑55 (MQ=255) aaCCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATACATGCCAATCACTTTCGTa  >  1:1637945/1‑56 (MQ=255) aaCCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATACATGCCAATCACTTTCGTa  >  1:934471/1‑56 (MQ=255) aaCCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATACATGCCAATCACTTTCGTa  >  1:918761/1‑56 (MQ=255) aaCCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATACATGCCAATCACTTTCGTa  >  1:552746/1‑56 (MQ=255) aaCCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATACATGCCAATCACTTTCGTa  >  1:548023/1‑56 (MQ=255) aaCCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATACATGCCAATCACTTTCGTa  >  1:51748/1‑56 (MQ=255) aaCCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATACATGCCAATCACTTTCGTa  >  1:460882/1‑56 (MQ=255) aaCCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATACATGCCAATCACTTTCGTa  >  1:456698/1‑56 (MQ=255) aaCCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATACATGCCAATCACTTTCGTa  >  1:357816/1‑56 (MQ=255) aaCCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATACATGCCAATCACTTTCGTa  >  1:346105/1‑56 (MQ=255) aaCCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATACATGCCAATCACTTTCGTa  >  1:323758/1‑56 (MQ=255) aaCCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATACATGCCAATCACTTTCGTa  >  1:223839/1‑56 (MQ=255) aaCCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATACATGCCAATCACTTTCGTa  >  1:165997/1‑56 (MQ=255) aaCCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATACATGCCAATCACTTTCGTa  >  1:1141654/1‑56 (MQ=255) aaCCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATACATGCCAATCACTTTCGTa  >  1:1635713/1‑56 (MQ=255) aaCCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATACATGCCAATCACTTTCGTa  >  1:1532955/1‑56 (MQ=255) aaCCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATACATGCCAATCACTTTCGTa  >  1:1522654/1‑56 (MQ=255) aaCCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATACATGCCAATCACTTTCGTa  >  1:1503347/1‑56 (MQ=255) aaCCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATACATGCCAATCACTTTCGTa  >  1:1369507/1‑56 (MQ=255) aaCCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATACATGCCAATCACTTTCGTa  >  1:1368730/1‑56 (MQ=255) aaCCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATACATGCCAATCACTTTCGTa  >  1:1317000/1‑56 (MQ=255) aaCCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATACATGCCAATCACTTTCGTa  >  1:1285469/1‑56 (MQ=255) aaCCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATACATGCCAATCACTTTCGTa  >  1:1202003/1‑56 (MQ=255) aaCCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATACATGCCAATCACTTTCGTa  >  1:1199588/1‑56 (MQ=255) aaCCTAAACCAAGCGCAACCGCTTTGCCGGGGACATACATGCCAAt            >  1:1312816/1‑46 (MQ=39)                                     |                    AACCTAAACCAAGCGCATCCGCTTTGCCGGGGACATCCATGCCAATCACTTTCGTA  >  W3110S.gb/394578‑394633

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑