Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,449,898 C→G L478L (CTG→CTC)  rpoC ← RNA polymerase, beta prime subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,449,8980CG99.4% 493.9 / NA 170L478L (CTG→CTC) rpoCRNA polymerase, beta prime subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  major base G (0/169);  minor base T (0/1);  total (0/170)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01

Only 100 of 170 total aligned reads displayed.

TCGCCGTTCGCCGGGGACAGGATGTTGTTGGTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCCAGCTG  >  W3110S.gb/3449842‑3449903
                                                        |     
tcgccgttcgccgGGGACAGGATGTTGTTGTTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:732159/62‑1 (MQ=255)
tcgccgttcgccgGGGACAGGATGTTGTTGGTAGACGTCATCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:1217497/62‑1 (MQ=255)
tcgccgttcgccgGGGACAGGATGTTGTTGGTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCTAGCTg  <  1:279411/62‑1 (MQ=255)
tcgccgttcgccgGGGACAGGATGTTGTTGGTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:478868/62‑1 (MQ=255)
tcgccgttcgccgGGGACAGGATGTTGTTGGTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:610544/62‑1 (MQ=255)
tcgccgttcgccgGGGACAGGATGTTGTTGGTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:604039/62‑1 (MQ=255)
tcgccgttcgccgGGGACAGGATGTTGTTGGTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:594643/62‑1 (MQ=255)
tcgccgttcgccgGGGACAGGATGTTGTTGGTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:568990/62‑1 (MQ=255)
tcgccgttcgccgGGGACAGGATGTTGTTGGTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:553364/62‑1 (MQ=255)
tcgccgttcgccgGGGACAGGATGTTGTTGGTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:552755/62‑1 (MQ=255)
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tcgccgttcgccgGGGACAGGATGTTGTTGGTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:668513/62‑1 (MQ=255)
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tcgccgttcgccgGGGACAGGATGTTGTTGGTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:1330162/62‑1 (MQ=255)
tcgccgttcgccgGGGACAGGATGTTGTTGGTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:1315200/62‑1 (MQ=255)
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tcgccgttcgccgGGGACAGGATGTTGTTGGTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:1448989/62‑1 (MQ=255)
tcgccgttcgccgGGGACAGGATGTTGTTGGTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:1205544/62‑1 (MQ=255)
tcgccgttcgccgGGGACAGGATGTTGTTGGTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:1197166/62‑1 (MQ=255)
tcgccgttcgccgGGGACAGGATGTTGTTGGTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:1184346/62‑1 (MQ=255)
tcgccgttcgccgGGGACAGGATGTTGTTGGTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:1140897/62‑1 (MQ=255)
tcgccgttcgccgGGGACAGGATGTTGTTGGTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:1123053/62‑1 (MQ=255)
tcgccgttcgccgGGGACAGGATGTTGTTGGTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:1120914/62‑1 (MQ=255)
tcgccgttcgccgGGGACAGGATGTTGTTGGTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:1107073/62‑1 (MQ=255)
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tcgccgttcgccgGGGACAGGATGTTGTTGGTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:1467035/62‑1 (MQ=255)
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tcgccgttcgccgGGGACAGGATGTTGTTGGTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:1596020/62‑1 (MQ=255)
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tcgccgttcgccgGGGACAGGATGTTGTTGGGAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:1515530/62‑1 (MQ=255)
 cgccgttcgccgGGGACAGGATGTTGTTGGTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:1261345/61‑1 (MQ=255)
 cgccgttcgccgGGGACAGGATGTTGTTGGTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:663719/61‑1 (MQ=255)
      ttcgccgGGGACAGGATGTTGTTGGTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:1239445/56‑1 (MQ=255)
                agaGGATGTTGTTGGTAGACATCTTCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:492849/44‑1 (MQ=255)
                         tgttgGTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCGAGCTg  <  1:376019/37‑1 (MQ=255)
                                                        |     
TCGCCGTTCGCCGGGGACAGGATGTTGTTGGTAGACATCATCAGCGCACGCGCTTCCAGCTG  >  W3110S.gb/3449842‑3449903

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑