Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	4,141,053	G→A	intergenic (‑83/+164)	yhfL ← / ← cysG	conserved secreted peptide/fused siroheme synthase 1,3‑dimethyluroporphyriongen III dehydrogenase/siroheme ferrochelatase and uroporphyrinogen methyltransferase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	4,141,053	0	G	A	100.0%	172.2 / NA	61	intergenic (‑83/+164)	yhfL/cysG	conserved secreted peptide/fused siroheme synthase 1,3‑dimethyluroporphyriongen III dehydrogenase/siroheme ferrochelatase and uroporphyrinogen methyltransferase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (0/61);  total (0/61)

TGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCGTTAAGAACGATACAGGAATATTTAATTGGCGTC  >  W3110S.gb/4141009‑4141070                                             |                  tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:500422/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:210756/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:1016151/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:246481/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:320712/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:340173/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:348948/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:390791/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:394872/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:399795/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:417526/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:438798/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:453631/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:496454/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:217338/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:565452/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:618152/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:666091/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:670121/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:675799/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:700634/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:744666/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:766387/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:79161/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:809494/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:813358/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:914354/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:919606/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:1377207/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:1018135/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:1066038/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:1071110/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:1078427/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:1079821/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:1093696/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:110037/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:1131276/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:1164082/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:1235519/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:129986/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:13137/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:209982/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:1377521/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:1451238/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:1624047/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:1612006/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:159161/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:1571121/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:1569608/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:156249/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:1543887/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:1535049/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:151900/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:1468626/62‑1 (MQ=255) tGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:1392216/62‑1 (MQ=255)  gATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:367774/61‑1 (MQ=255)  gATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:347517/61‑1 (MQ=255)  gATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:790999/61‑1 (MQ=255)  gATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:657861/61‑1 (MQ=255)  gATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:102572/61‑1 (MQ=255)              ataAGCAGACTGCTCATTAAGAACGATACAGAAATATTCAATTAGCGTc  <  1:742034/49‑1 (MQ=255)                                             |                  TGATTATATGAATATAAGCAGACTGCTCGTTAAGAACGATACAGGAATATTTAATTGGCGTC  >  W3110S.gb/4141009‑4141070

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑