| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,273,185 | G→A | G60G (GGG→GGA) | aphA → | acid phosphatase/phosphotransferase, class B, non‑specific |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,273,185 | 0 | G | A | 88.4% | 440.7 / 32.6 | 199 | G60G (GGG→GGA) | aphA | acid phosphatase/phosphotransferase, class B, non‑specific |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/0); new base A (0/176); total (23/176) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.30e-30 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
AAATTGAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACT > W3110S.gb/4273163‑4273229 | aaaTTGAAAATAGCCT‑‑CAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:557753/62‑1 (MQ=255) aTTTAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:414009/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:624280/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1453369/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:757618/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1532088/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:713637/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:687870/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1611734/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:67995/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:67431/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1631062/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:673154/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1651228/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:166208/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:667023/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:641377/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:141888/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:594481/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:578657/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:56487/62‑1 (MQ=255) 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aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:969234/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1029919/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1023556/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1003937/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:865026/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:127142/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:817574/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1243926/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1302866/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1319578/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1337822/62‑1 (MQ=255) 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ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:457311/61‑1 (MQ=255) ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1016425/61‑1 (MQ=255) ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1072535/61‑1 (MQ=255) ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1115784/61‑1 (MQ=255) ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1120554/61‑1 (MQ=255) ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1276817/61‑1 (MQ=255) ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1395621/61‑1 (MQ=255) ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1411637/61‑1 (MQ=255) ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1468700/61‑1 (MQ=255) ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1537066/61‑1 (MQ=255) ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1561583/61‑1 (MQ=255) ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1624111/61‑1 (MQ=255) ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:336241/61‑1 (MQ=255) ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:477833/61‑1 (MQ=255) ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:375187/61‑1 (MQ=255) ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:183939/61‑1 (MQ=255) ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:281704/61‑1 (MQ=255) ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:269927/61‑1 (MQ=255) ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATAAGGt < 1:1046070/61‑1 (MQ=255) ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGATTGATATCGATGATACGGt < 1:429050/61‑1 (MQ=38) ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCAAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:21886/61‑1 (MQ=255) tGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1348845/60‑1 (MQ=255) gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGatat > 1:1519805/1‑47 (MQ=255) gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACg > 1:1253849/1‑57 (MQ=255) gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt > 1:354764/1‑62 (MQ=255) gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt > 1:175697/1‑62 (MQ=255) gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt > 1:972253/1‑62 (MQ=255) gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt > 1:417726/1‑62 (MQ=255) gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt > 1:163467/1‑62 (MQ=255) gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt > 1:227964/1‑62 (MQ=255) gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt > 1:548142/1‑62 (MQ=255) gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt > 1:1615363/1‑62 (MQ=255) gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt > 1:1495083/1‑62 (MQ=255) gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt > 1:1588180/1‑62 (MQ=255) gAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1167180/59‑1 (MQ=255) | AAATTGAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACT > W3110S.gb/4273163‑4273229 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |