| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,273,221 | C→T | D72D (GAC→GAT) | aphA → | acid phosphatase/phosphotransferase, class B, non‑specific |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,273,221 | 0 | C | T | 89.7% | 457.5 / 26.9 | 204 | D72D (GAC→GAT) | aphA | acid phosphatase/phosphotransferase, class B, non‑specific |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/0); new base T (0/182); total (21/183) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.20e-29 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
AAATTGAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACT > W3110S.gb/4273163‑4273229 | aTTTAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:414009/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:67431/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1349691/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:326626/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1390635/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:778885/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:506636/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:141888/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1453369/62‑1 (MQ=255) aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:31049/62‑1 (MQ=255) 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gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt > 1:173013/1‑62 (MQ=255) gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt > 1:1206831/1‑62 (MQ=255) gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt > 1:354764/1‑62 (MQ=255) gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt > 1:227964/1‑62 (MQ=255) gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt > 1:795828/1‑62 (MQ=255) gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt > 1:1495083/1‑62 (MQ=255) aaaaTAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1568669/58‑1 (MQ=255) tCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:569924/49‑1 (MQ=38) gacGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1103741/41‑1 (MQ=38) gacGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:737043/41‑1 (MQ=38) acGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:1165652/41‑1 (MQ=255) ccGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:472361/38‑1 (MQ=255) gCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt < 1:324899/36‑1 (MQ=255) | AAATTGAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACT > W3110S.gb/4273163‑4273229 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |