Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	527,659	A→G	K163E (AAA→GAA)	ylbH →	conserved hypothetical protein, rhs‑like

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	527,659	0	A	G	100.0%	68.0 / NA	25	K163E (AAA→GAA)	ylbH	conserved hypothetical protein, rhs‑like
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/25);  total (0/25)

TCTAAATTAAATGACGCTGGTGTTAGCCGATCGGCGAAAGGGCTGGGTTATGAAAAAGAGAT  >  W3110S.gb/527605‑527666                                                       |        tCTAAATTAAATGACGCTGGTGTTAGCCGATCGGCGAAAGGGCTGGGTTATGAAGAagagat  <  1:428556/62‑1 (MQ=255) tCTAAATTAAATGACGCTGGTGTTAGCCGATCGGCGAAAGGGCTGGGTTATGAAGAagagat  <  1:964725/62‑1 (MQ=255) tCTAAATTAAATGACGCTGGTGTTAGCCGATCGGCGAAAGGGCTGGGTTATGAAGAagagat  <  1:941866/62‑1 (MQ=255) tCTAAATTAAATGACGCTGGTGTTAGCCGATCGGCGAAAGGGCTGGGTTATGAAGAagagat  <  1:890697/62‑1 (MQ=255) tCTAAATTAAATGACGCTGGTGTTAGCCGATCGGCGAAAGGGCTGGGTTATGAAGAagagat  <  1:88466/62‑1 (MQ=255) tCTAAATTAAATGACGCTGGTGTTAGCCGATCGGCGAAAGGGCTGGGTTATGAAGAagagat  <  1:821529/62‑1 (MQ=255) tCTAAATTAAATGACGCTGGTGTTAGCCGATCGGCGAAAGGGCTGGGTTATGAAGAagagat  <  1:7371/62‑1 (MQ=255) tCTAAATTAAATGACGCTGGTGTTAGCCGATCGGCGAAAGGGCTGGGTTATGAAGAagagat  <  1:734896/62‑1 (MQ=255) tCTAAATTAAATGACGCTGGTGTTAGCCGATCGGCGAAAGGGCTGGGTTATGAAGAagagat  <  1:655779/62‑1 (MQ=255) tCTAAATTAAATGACGCTGGTGTTAGCCGATCGGCGAAAGGGCTGGGTTATGAAGAagagat  <  1:647557/62‑1 (MQ=255) tCTAAATTAAATGACGCTGGTGTTAGCCGATCGGCGAAAGGGCTGGGTTATGAAGAagagat  <  1:467704/62‑1 (MQ=255) tCTAAATTAAATGACGCTGGTGTTAGCCGATCGGCGAAAGGGCTGGGTTATGAAGAagagat  <  1:324667/62‑1 (MQ=255) tCTAAATTAAATGACGCTGGTGTTAGCCGATCGGCGAAAGGGCTGGGTTATGAAGAagagat  <  1:296333/62‑1 (MQ=255) tCTAAATTAAATGACGCTGGTGTTAGCCGATCGGCGAAAGGGCTGGGTTATGAAGAagagat  <  1:265290/62‑1 (MQ=255) tCTAAATTAAATGACGCTGGTGTTAGCCGATCGGCGAAAGGGCTGGGTTATGAAGAagagat  <  1:1592416/62‑1 (MQ=255) tCTAAATTAAATGACGCTGGTGTTAGCCGATCGGCGAAAGGGCTGGGTTATGAAGAagagat  <  1:1437929/62‑1 (MQ=255) tCTAAATTAAATGACGCTGGTGTTAGCCGATCGGCGAAAGGGCTGGGTTATGAAGAagagat  <  1:137245/62‑1 (MQ=255) tCTAAATTAAATGACGCTGGTGTTAGCCGATCGGCGAAAGGGCTGGGTTATGAAGAagagat  <  1:1370955/62‑1 (MQ=255) tCTAAATTAAATGACGCTGGTGTTAGCCGATCGGCGAAAGGGCTGGGTTATGAAGAagagat  <  1:1135240/62‑1 (MQ=255)  cTAAATTAAATGACGCTGGTGTTAGCCGATCGGCGAAAGGGCTGGGTTATGAAGAagagat  <  1:560707/61‑1 (MQ=255)  cTAAATTAAATGACGCTGGTGTTAGCCGATCGGCGAAAGGGCTGGGTTATGAAGAagagat  <  1:1527391/61‑1 (MQ=255)  cTAAATTAAATGACGCTGGTGTTAGCCGATCGGCGAAAGGGCTGGGTTATGAAGAagagat  <  1:829770/61‑1 (MQ=255)   taaattaaatGACGCTGGTGTTAGCCGATCGGCGAAAGGGCTGGGTTATGAAGAagagat  <  1:1155208/60‑1 (MQ=255)   taaattaaatGACGCTGGTGTTAGCCGATCGGCGAAAGGGCTGGGTTATGAAGAagagat  <  1:1133286/60‑1 (MQ=255)               cGCTGGTGTTAGCCGATCGGCGAAAGGGCTGGGTTATGAAGAagagat  <  1:1115021/48‑1 (MQ=255)                                                       |        TCTAAATTAAATGACGCTGGTGTTAGCCGATCGGCGAAAGGGCTGGGTTATGAAAAAGAGAT  >  W3110S.gb/527605‑527666

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑