Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 565,619 T→A intergenic (‑35/‑55) ybcC ← / → ybcD predicted exonuclease/DLP12 prophage region; ECK0532:JW0527:b4508; predicted replication protein fragment

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb565,6190TA100.0% 475.7 / NA 168intergenic (‑35/‑55)ybcC/ybcDpredicted exonuclease/DLP12 prophage region; ECK0532:JW0527:b4508; predicted replication protein fragment
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base A (168/0);  total (168/0)

Only 100 of 168 total aligned reads displayed.

AGCGTGGCCTGTATCCGGATGCAGAGTCTTATCCGTGGAAATCGAACGCGCATTACTGGTTG  >  W3110S.gb/565615‑565676
    |                                                         
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aGCGAGGCCTGTATCCGGATACAGAGTCTTATCCGTGGAAATCGa                   >  1:1361232/1‑45 (MQ=255)
    |                                                         
AGCGTGGCCTGTATCCGGATGCAGAGTCTTATCCGTGGAAATCGAACGCGCATTACTGGTTG  >  W3110S.gb/565615‑565676

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑