Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 575,770 G→A pseudogene (339/1128 nt) nmpC ← DLP12 prophage region; ECK0544:JW5078:b0553; truncated outer membrane porin

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb575,7700GA100.0% 462.7 / NA 163pseudogene (339/1128 nt)nmpCDLP12 prophage region; ECK0544:JW5078:b0553; truncated outer membrane porin
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (163/0);  total (163/0)

Only 100 of 163 total aligned reads displayed.

AAGACGGGTTTTATCTTTGGAGGAACCTTGAGATTCAGCGCGGTTGCCTTTGAATTCATATT  >  W3110S.gb/575749‑575810
                     |                                        
aaGCCGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:212886/1‑62 (MQ=255)
aaGACTGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCa      >  1:1000554/1‑58 (MQ=255)
aaGACGTGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:24665/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAg                          >  1:1577770/1‑38 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGt                    >  1:795410/1‑44 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGt                    >  1:1061777/1‑44 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:1611479/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:65865/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:1352719/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:578005/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:554590/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:1497517/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:407494/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:621120/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:381509/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:337698/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:31564/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:282818/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:1021160/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:769068/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:915850/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:1082312/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:1079353/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:1047524/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCata    >  1:329401/1‑60 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:961566/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:337481/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:316939/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:3451/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:946426/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:387165/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:965861/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:890581/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:873948/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:418114/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:486590/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:512806/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:518311/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:626506/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:750937/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:739317/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:732942/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:702694/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:692560/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:793258/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:650783/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:634438/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:86980/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:219528/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:597739/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:835800/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:579049/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:847438/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:850156/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:551879/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:538597/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1177811/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:132403/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1323763/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1302223/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1265200/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1258850/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1243846/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1223764/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1210171/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1187865/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1184602/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:270110/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1169039/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1164758/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1133627/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1114843/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1113916/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1103697/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1093271/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1081092/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1038166/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1337832/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:279786/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:250239/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:2037/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:184165/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:178576/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:169466/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:161745/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:159859/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:157448/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1549489/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1534698/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1513327/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1472083/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1429274/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1407137/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1395017/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:135189/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1344833/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1329399/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACCGTTGCCTTTAAAATCATAtt  >  1:91026/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCACCACGGTGGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:978381/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTAAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:1355312/1‑61 (MQ=255)
                     |                                        
AAGACGGGTTTTATCTTTGGAGGAACCTTGAGATTCAGCGCGGTTGCCTTTGAATTCATATT  >  W3110S.gb/575749‑575810

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑