Predicted mutation
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RA	W3110S.gb	997,794	T→C	L47L (CTA→CTG)	ssuE ←	NAD(P)H‑dependent FMN reductase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	997,794	0	T	C	100.0%	284.9 / NA	99	L47L (CTA→CTG)	ssuE	NAD(P)H‑dependent FMN reductase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (99/0);  total (99/0)

GAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGTAGATCTTCCGGGGCGAAGTTT  >  W3110S.gb/997755‑997815                                        |                      gAAGGTCTTGAGTGTCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1095398/1‑61 (MQ=255) gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCggga          >  1:1527950/1‑52 (MQ=255) gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGTACGAAGttt  >  1:1616578/1‑61 (MQ=255) gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGa       >  1:859207/1‑56 (MQ=255) gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAg     >  1:339124/1‑58 (MQ=255) gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:611135/1‑61 (MQ=255) gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:650971/1‑61 (MQ=255) gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:596119/1‑61 (MQ=255) gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:594748/1‑61 (MQ=255) 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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑