Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | W3110S.gb | 2,747,840 | 2 bp→CC | coding (321‑322/1197 nt) | yfjD → | predicted inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | W3110S.gb | 2,747,840 | 0 | T | C | 99.3% | 392.7 / ‑5.7 | 137 | I107V (ATT→GTC) | yfjD | predicted inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (136/0); total (137/0) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | W3110S.gb | 2,747,841 | 0 | T | C | 99.3% | 395.0 / NA | 137 | L108L (TTG→CTG) | yfjD | predicted inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (136/0); minor base A (1/0); total (137/0) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
TAGTTTTCTGCTGGCTCCGCTGCAAATTTTGATGATGCCGCTGGTCTGGTTGCTGAATGCT > W3110S.gb/2747813‑2747873 || tagtTTTCTACTGGCGGCGCTACAAGTCCTGATGATGCCGCTAGTCTGGTTACTAAATGcc > 1:628719/1‑60 (MQ=255) tagtTTTCTACTGGCGCCGCTACAAGTTCTGATGATGCCGCTAGTCTGGTTACTAAATGcc > 1:708300/1‑60 (MQ=255) tagtTTTCTACTGGCGCCGCTACAAGTCCTGATGATGCCGctag > 1:833345/1‑42 (MQ=16) tagtTTTCTACTGGCGCCGCTACAAGTCCTGATGATGCCGCTAGTCTGGTTACTAAATGcc > 1:404095/1‑60 (MQ=255) tagtTTTCTACTGGCGCCGCTACAAGTCCTGATGATGCCGCTAGTCTGGTTACTAAATGcc > 1:625943/1‑60 (MQ=255) tagtTTTCTACTGGCGCCGCTACAAGTCCTGATGATGCCGCTAGTCTGGTTACTAAATGcc > 1:61179/1‑60 (MQ=255) tagtTTTCTACTGGCGCCGCTACAAGTCCTGATGATGCCGCTAGTCTGGTTACTAAATGcc > 1:608771/1‑60 (MQ=255) tagtTTTCTACTGGCGCCGCTACAAGTCCTGATGATGCCGCTAGTCTGGTTACTAAATGcc > 1:536341/1‑60 (MQ=255) tagtTTTCTACTGGCGCCGCTACAAGTCCTGATGATGCCGCTAGTCTGGTTACTAAATGcc > 1:535234/1‑60 (MQ=255) tagtTTTCTACTGGCGCCGCTACAAGTCCTGATGATGCCGCTAGTCTGGTTACTAAATGcc > 1:534889/1‑60 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |