| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 566000 = | NA (NA) | 49 (1.470) | 31/100 | NT | 100% | intergenic (+90/‑56) | ybcD/insE | DLP12 prophage region; ECK0532:JW0527:b4508; predicted replication protein fragment/IS3 element protein InsE |
| ? | W3110S.gb | = 576913 | 0 (0.000) | coding (78/498 nt) | ybcS | predicted lysozyme | |||||
GTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/566064‑566000‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAAT < W3110S.gb/576913‑576847 GTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGAT > 1:1081752/1‑71 CTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATG > 1:2778126/1‑71 CTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATG > 1:2377738/1‑71 TGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAA > 1:3160009/1‑62 TGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAA > 1:2044758/1‑62 ACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATG < 1:41193/68‑1 CTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTA > 1:592170/1‑70 TGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGT < 1:1011063/52‑1 TTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATT > 1:630370/1‑71 TACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGC > 1:2990478/1‑71 TACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGC > 1:2559472/1‑71 TACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGAT > 1:883761/1‑57 TACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACA > 1:199565/1‑52 TACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATT > 1:1305821/1‑48 CTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCT < 1:2550123/70‑1 CTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCT < 1:191968/70‑1 CACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGAT > 1:635592/1‑43 CTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCT < 1:2809190/66‑1 CTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTAT < 1:17863/56‑1 TAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCAC > 1:1439414/1‑71 AGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCAC > 1:839815/1‑70 GCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACC > 1:1502705/1‑70 GCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAA > 1:1550053/1‑69 GCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATT > 1:1471868/1‑56 GCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTA < 1:222083/48‑1 TGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCA < 1:2371030/71‑1 GTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAG > 1:80205/1‑71 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAG > 1:414724/1‑70 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCT < 1:1041790/54‑1 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCT < 1:2014773/54‑1 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGAGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAG > 1:135946/1‑70 CCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACC < 1:1572341/61‑1 CACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTG < 1:264515/50‑1 CACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAA < 1:2013351/47‑1 ACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTGTAGCA > 1:1015517/1‑45 ACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCC < 1:2022687/56‑1 ACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAA > 1:1019183/1‑46 CTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCT < 1:871900/50‑1 TATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAA > 1:2413328/1‑71 TATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCC > 1:858816/1‑54 ATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAAC > 1:2799391/1‑71 ATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCT < 1:564557/48‑1 TTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACG < 1:373804/71‑1 TTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCC > 1:344341/1‑49 GGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTT > 1:1477560/1‑71 GGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTT > 1:1660728/1‑71 GGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTT > 1:3020387/1‑71 TAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCG > 1:1478192/1‑71 AAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAA > 1:1186320/1‑48 AGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGT < 1:154204/70‑1 GATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCT < 1:2833661/63‑1 ATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAAT > 1:2440756/1‑71 TCAAGTGATTAAGACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCACCAGCAACGGCTTT < 1:746982/63‑1 GTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/566064‑566000‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAAT < W3110S.gb/576913‑576847 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |