| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 3698308 | 33 (0.990) | 3 (0.110) | 3/82 | NT | 10.0% | coding (149/993 nt) | rbsR | DNA‑binding transcriptional repressor |
| ? | W3110S.gb | = 3698315 | 27 (0.990) | coding (142/993 nt) | rbsR | DNA‑binding transcriptional repressor | |||||
AAGGATTGGTACTGGCAGTGATCAACATGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGATGGCGCGTAATTGAGTTCTTTAATCGCCGCTTCAACTTTGGCGGTAATCGCTTCACTGACGAA > W3110S.gb/3698240‑3698378 | aaGGATTGGTACTGGCAGTGATCAACATGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCaga < 1:2953704/71‑1 (MQ=255) gATTGGTACTGGCAGTGATCAACATGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCt < 1:177618/71‑1 (MQ=255) tGGTACTGGCAGTGATCAACATGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGAt < 1:2660373‑M2/71‑2 (MQ=255) ggTACTGGCAGTGATCAACATGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGAtg < 1:1450785‑M2/71‑3 (MQ=255) ggTACTGGCAGTGATCAACATGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGAt > 1:70902‑M2/1‑69 (MQ=255) gTACTGGCAGTGATCAACATGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTg < 1:420203/67‑1 (MQ=255) gTACTGGCAGTGATCAACATGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGAtg > 1:931688‑M2/1‑68 (MQ=255) tACTGGCAGTGATCAACATGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCt < 1:2888463/65‑1 (MQ=255) cTGGCAGTGATCAACATGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGa > 1:431740/1‑65 (MQ=255) gCAGTGATCAACATGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAtcagctctggcgcg < 1:2177173‑M1/69‑15 (MQ=255) cAGTGATCAACATGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGATGGCGCGTaa > 1:1444710/1‑71 (MQ=255) tGATCAACATGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGATGGCGCGTAAtt > 1:3152750/1‑70 (MQ=255) tGATCAACATGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGATGGCGCGTAATTg < 1:370224/71‑1 (MQ=255) gATCAACATGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGAtggc < 1:385991‑M2/61‑5 (MQ=255) aTCAACATGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCagag > 1:1579460/1‑52 (MQ=255) aTCAACATGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCagag > 1:682824/1‑52 (MQ=255) aTCAACATGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGAtgg < 1:2622838‑M2/59‑4 (MQ=255) aTCAACATGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGATGGCGCGTaa > 1:1766695/1‑66 (MQ=255) aTCAACATGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGATGGCGCGTAATTGAg > 1:1958518/1‑71 (MQ=255) cAACATGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAtcagctc > 1:3149592‑M1/1‑47 (MQ=255) cAACATGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGAtggcgc < 1:2094664‑M2/60‑7 (MQ=255) cAACATGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCA > 1:1369780‑M1/1‑47 (MQ=255) aaCATGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGa > 1:387192/1‑53 (MQ=255) aaCATGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGATGGCGCGTAATTGAGtt < 1:2389501/70‑1 (MQ=255) cATGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAtcagctctggcgcgt > 1:2192753‑M1/1‑44 (MQ=255) tGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGATGGCGCGTAATTGAGTTCTTTa < 1:2549219/71‑1 (MQ=255) tGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCAAGAGCTGATGGCGCGTAATTGAGTTCTTTa < 1:2915968/71‑1 (MQ=255) ccAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGATGGCGCGTAATTGAGTTCTTTaa < 1:2891235/70‑1 (MQ=255) cAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGATGGCGCGTAATTGAGTTCTTTAATc < 1:1625513/71‑1 (MQ=255) aaTGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGAtggcg > 1:753469‑M2/1‑45 (MQ=255) aTGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTg < 1:2291169/43‑1 (MQ=255) aTGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTg < 1:2034755/43‑1 (MQ=255) aTGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTg < 1:2031128/43‑1 (MQ=255) aTGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTCAt > 1:908094/1‑45 (MQ=255) gTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGATGGCGCGTAATTGAGTTCTTTAATcgccg < 1:398769/70‑1 (MQ=255) gtTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGATGGCGCGTAATTGAGTTc > 1:2373378/1‑53 (MQ=255) gtTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGATGGCGCGTAATTGAGTTCTTTAATCGCCGCTTCAAc > 1:2600913/1‑71 (MQ=255) tttGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGATGGCGCGTAATTGAGTTCTTTAATCGCCGCTTCAAc < 1:2947494/70‑1 (MQ=255) tgattgaGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGATGGCGCGTAATTGAGTTCTTTAATCGCCGCTTCAACttt > 1:3122584/1‑71 (MQ=255) attgaGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGATGGCGCGTAATTGAGTTCTTTAATCGCCGCTTCAACTTTgg < 1:2872151/71‑1 (MQ=255) attgaGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGATGGCGCGTAATTGAGTTCTTTAATCGCCGCTTCAACTTTgg < 1:857589/71‑1 (MQ=255) tgaGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGATGGCGCGTAATTGAGTTCtt > 1:2969025/1‑48 (MQ=255) tgaGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGATGGCGCGTAATTGAGTTCtt > 1:2618641/1‑48 (MQ=255) ttGAGGCTACGCGCCAGAGCTGATGGCGCGTAATTGAGTTCTTTAATCGCCGCTTCaa > 1:3163121/1‑58 (MQ=255) tGAGGCTACGCGCCAGAGCTGATGGCGCGTAATTGAGTTCTTTaa > 1:3092248/1‑45 (MQ=255) tGAGGCTACGCGCCAGAGCTGATGGCGCGTAATTGAGTTCTTTAATCGCCGCTTCAACTTTGGCGGTAAt < 1:587468/70‑1 (MQ=255) ggCTACGCGCCAGAGCTGATGGCGCGTAATTGAGTTCTTTAATCGCCGCTTCAACTTTGGCGGTAATCGCt < 1:2249036/71‑1 (MQ=255) ggCTACGCGCCAGAGCTGATGGCGCGTAATTGAGTTCTTTAATCGCCGCTTCAACTTTGGCGGTAATCGCt > 1:1594235/1‑71 (MQ=255) aCGCGCCAGAGCTGAtggcgcgtagcctcaaactcaatcaaacacataccattggcatg > 1:2192753‑M2/1‑15 (MQ=255) aCGCGCCAGAGCTGATGGCGCGTAATTGAGTTCTTTa < 1:2567717/37‑1 (MQ=255) aCGCGCCAGAGCTGATGGCGCGTAATTGAGTTCTTTAATCGCCGCTTCAACTTTGGCGGt < 1:2068630/60‑1 (MQ=255) cgcgCCAGAGCTGAtggcgcgtagcctcaaactcaatcaaacacataccattggcatgttgatcactgc < 1:2177173‑M2/69‑56 (MQ=255) gcgcCAtcagctctggcgcgtagcctcaaactcaatcaaacacataccattggcatgttg < 1:2094664‑M1/60‑55 (MQ=255) cgcCAtcagctctggcgcgtagcctcaaactcaatcaaacacataccatt > 1:753469‑M1/1‑5 (MQ=255) gcCAtcagctctggcgcgtagcctcaaactcaatcaaacacataccattggcatgttgatc < 1:385991‑M1/61‑58 (MQ=255) ccAtcagctctggcgcgtagcctcaaactcaatcaaacacataccattggcatgttgat < 1:2622838‑M1/59‑57 (MQ=255) cAtcagctctggcgcgtagcctcaaactcaatcaaacacataccattggcatgttgatcactgccagtacc < 1:1450785‑M1/71‑70 (MQ=255) cAtcagctctggcgcgtagcctcaaactcaatcaaacacataccattggcatgttgatcactgccagtac > 1:931688‑M1/1‑2 (MQ=255) atcagctctggcgcgtagcctcaaactcaatcaaacacataccattggcatgttgatcactgccagtacca < 1:2660373‑M1/71‑71 (MQ=255) atcagctctggcgcgtagcctcaaactcaatcaaacacataccattggcatgttgatcactgccagtacc > 1:70902‑M1/1‑1 (MQ=255) agagCTGATGGCGCGTAATTGAGTTCTTTAATCGCCGCTTCAACTTTGGCGGTAATCGCTTCACTGACGaa < 1:397648/71‑1 (MQ=255) agagCTGATGGCGCGTAATTGAGTTCTTTAATCGCCGCTTCAACTTTGGCGGTAATCGCTTCACTGACGaa < 1:969406/71‑1 (MQ=255) | AAGGATTGGTACTGGCAGTGATCAACATGCCAATGGTATGTGTTTGATTGAGTTTGAGGCTACGCGCCAGAGCTGATGGCGCGTAATTGAGTTCTTTAATCGCCGCTTCAACTTTGGCGGTAATCGCTTCACTGACGAA > W3110S.gb/3698240‑3698378 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |