| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 2729852 | NA (NA) | 5 (0.100) | 3/88 | NT | NA | intergenic (‑39/+404) | rrsG/clpB | 16S ribosomal RNA/protein disaggregation chaperone |
| ? | W3110S.gb | = 2729877 | NA (NA) | intergenic (‑64/+379) | rrsG/clpB | 16S ribosomal RNA/protein disaggregation chaperone | |||||
CAGCGTTCAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATGAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/2729776‑2729852‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aatgaatACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTG < W3110S.gb/2729877‑2729808 CAGCGTTCAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTA < 1:198504/71‑1 AGCGTTCAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAA > 1:4488573/1‑71 AGCGTTCAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAA > 1:1945459/1‑71 GCGTTCAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAAT < 1:3173184/71‑1 GCGTTCAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAAT > 1:4787223/1‑71 CGTTCAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATG < 1:844071/71‑1 CGTTCAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATG < 1:4375790/71‑1 CGTTCAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATG < 1:1794662/71‑1 CGTTCAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATG < 1:723525/71‑1 CGTTCAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATG < 1:1701890/71‑1 CGTTCAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAAT > 1:1835969/1‑70 CGTTCAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAA > 1:3487771/1‑69 GTTCAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATGA < 1:1877262/71‑1 GTTCAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATGA < 1:1598622/71‑1 TTCAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATGAA < 1:1919414/71‑1 TTCAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATGAA > 1:3443049/1‑71 TCAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATGAA < 1:1570708/70‑1 CAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATGAAT < 1:727136/70‑1 CAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATGAAT < 1:2822944/70‑1 CAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATGAAT < 1:2979800/70‑1 CAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATGAAT > 1:2282328/1‑70 CAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATGAAT > 1:4711113/1‑70 AATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATGAA < 1:3771866/68‑1 ATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATGA > 1:4519019/1‑66 GAGCCATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAAT < 1:2587078/60‑1 ATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATGAAT > 1:3963122/1‑59 ATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATGAAT < 1:3937493/59‑1 ATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATGA > 1:401979/1‑57 GATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATG < 1:4910065/54‑1 ATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAA > 1:934263/1‑51 TCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATGAA > 1:3979945/1‑54 TCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTA > 1:2603174/1‑49 CAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATGAAT > 1:4389200/1‑54 CAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATGAAT > 1:49305/1‑54 TCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAA > 1:1151306/1‑44 TCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAA > 1:2600092/1‑44 TCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAA < 1:1493514/41‑1 AAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATGAA > 1:508358/1‑38 AAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATGAAT > 1:1797639/1‑38 GATGCTCAAAGAATTAAACTTTGTAATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAA > 1:4360880/1‑50 AAAGAATTAAACTTCGTAATGAATACCAAGTCTCAAGAGT < 1:4663816/40‑1 AGAATTAAACTTTGTAATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATT > 1:1402428/1‑50 AATTAAACTTCGTAATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTC < 1:751762/49‑1 TTAAACTTCGTAATGAATACCAAGTCTAAAGAGTGAACACGTAATTCAT > 1:5061790/1‑49 AATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTT < 1:3128180/71‑1 AATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTT < 1:1531234/71‑1 AATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTT < 1:3627376/71‑1 AATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAA < 1:2803267/50‑1 AATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTT < 1:4625447/48‑1 AATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTT > 1:2856792/1‑47 ATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTA < 1:2510440/71‑1 ATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTT > 1:4098060/1‑70 ATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTT > 1:4740843/1‑69 ATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAA < 1:2809222/49‑1 TGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTA > 1:2797126/1‑70 TGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTT > 1:2994899/1‑67 TGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTT < 1:2533032/53‑1 GAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTT < 1:742293/52‑1 GAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCAATACGAAGTTTATTTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAA > 1:2958470/1‑71 AATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAAT < 1:2559634/71‑1 AATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAAT > 1:1949893/1‑71 AATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAAT < 1:4756888/71‑1 AATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAAT < 1:60135/71‑1 AATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAA < 1:1648755/70‑1 AATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAA < 1:5157576/70‑1 AATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAG > 1:2147498/1‑55 ATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTATGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATT < 1:2375598/71‑1 ATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATT < 1:2897442/71‑1 ATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATT < 1:4343827/71‑1 ATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATT < 1:3907188/71‑1 ATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAAT < 1:4655816/70‑1 ATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAA > 1:4950927/1‑61 TACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTG < 1:300144/71‑1 TACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTT > 1:3185423/1‑64 TACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGA > 1:4159058/1‑52 TACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTA < 1:4373609/43‑1 TACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACG > 1:277634/1‑36 TACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACG < 1:3543141/36‑1 TACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACG < 1:796419/36‑1 CAGCGTTCAATCTGAGCCATGATCAAACTCTTCAATTTAAAAGTTTGATGCTCAAAGAATTAAACTTCGTAATGAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/2729776‑2729852‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aatgaatACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTG < W3110S.gb/2729877‑2729808 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |