| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 3748799 = | 2 (0.040) | 55 (0.980) | 41/102 | NT | 96.5% | coding (184/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
| ? | W3110S.gb | 4056222 = | NA (NA) | intergenic (‑564/+15) | yrhB/insB | hypothetical protein/IS1 transposase InsAB' | |||||
ACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCA > W3110S.gb/4056153‑4056286 | aCTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCgg > 1:4656065/1‑71 (MQ=255)aCTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCg < 1:3818927/70‑1 (MQ=255)aCTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCg < 1:3898557/70‑1 (MQ=255)aCTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCg < 1:1988048/70‑1 (MQ=255) cTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGt < 1:3488787/71‑1 (MQ=255) aaCGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAt > 1:298558/1‑71 (MQ=255) aaCGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAt < 1:2234719/71‑1 (MQ=255) aCGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAt > 1:3383837/1‑70 (MQ=255) aCGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATg < 1:4226090/71‑1 (MQ=255) gAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGAc > 1:3165772/1‑71 (MQ=255) gAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGAc < 1:495396/71‑1 (MQ=255) aCTGAATATATTTTCTGTTCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTc < 1:2450536/71‑1 (MQ=255) aaTATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGa < 1:3794496/64‑1 (MQ=255) atatatTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACt > 1:1625101/1‑71 (MQ=255) atTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCg > 1:4760671/1‑52 (MQ=255) ttCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGa > 1:489057/1‑70 (MQ=255) ttCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGa < 1:71808/70‑1 (MQ=255) cTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAt < 1:3928687/52‑1 (MQ=255) tgtgCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAgt > 1:4832545/1‑71 (MQ=255) gtgCCAATATTATCTCTATTTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCg < 1:2585761/45‑1 (MQ=255) ccAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGttt < 1:2813598/71‑1 (MQ=255) cAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGtttt < 1:2957410/71‑1 (MQ=255) attatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAt > 1:5020283/1‑42 (MQ=255) attatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATTACTCCAACTTAt > 1:2915044/1‑55 (MQ=255) attatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACt < 1:837534/52‑1 (MQ=255) ttatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt > 1:309694/1‑71 (MQ=255) ttatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGt < 1:79262/70‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGa < 1:3880382/68‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 1:3907298/69‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 1:1722229/69‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATaa > 1:2046529/1‑71 (MQ=255) aaTTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGAc > 1:1213410/1‑36 (MQ=255) aaTTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAt > 1:1204811/1‑60 (MQ=255) aaTTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTAGGTAATGAc > 1:3168178/1‑36 (MQ=255) aTTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATg > 1:5175495/1‑71 (MQ=255) ttCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGcc > 1:844432/1‑71 (MQ=255) tCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTa > 1:2950730/1‑41 (MQ=255) tCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGAt > 1:1996210/1‑46 (MQ=255) tCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGccc > 1:3705599/1‑71 (MQ=255) cAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGccc < 1:2261447/70‑1 (MQ=255) aaaaaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCg < 1:4216140/70‑1 (MQ=255) aaaaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGAt < 1:957613/71‑1 (MQ=255) aaaaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGAt < 1:3599553/71‑1 (MQ=255) aaaaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTACAACTTa > 1:2897250/1‑38 (MQ=255) aaaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGAt > 1:2600422/1‑70 (MQ=255) aaaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATg < 1:4621096/71‑1 (MQ=255) aaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGa > 1:4009670/1‑71 (MQ=255) aGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt > 1:2744664/1‑57 (MQ=255) aGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACt < 1:3986158/71‑1 (MQ=255) gTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt > 1:2637544/1‑56 (MQ=255) aCTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTg < 1:5158093/70‑1 (MQ=255) cTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGt > 1:443504/1‑70 (MQ=255) cTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGt > 1:4138471/1‑70 (MQ=255) cTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGt < 1:2066136/70‑1 (MQ=255) cTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGt > 1:1322016/1‑70 (MQ=255) ttttAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATa < 1:2793282/52‑1 (MQ=255) ttAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATg > 1:1248401/1‑42 (MQ=40) ttAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATaa > 1:3941933/1‑51 (MQ=38) ttAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCg > 1:1632426/1‑57 (MQ=38) ttAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACttt > 1:2107539/1‑65 (MQ=37) ttAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATg > 1:4217339/1‑71 (MQ=35) ttAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATg > 1:1384248/1‑71 (MQ=35) ttAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATg > 1:1887811/1‑71 (MQ=35) ttAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATg > 1:4291079/1‑71 (MQ=35) tAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt > 1:2471872/1‑48 (MQ=38) tAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATg > 1:730847/1‑70 (MQ=35) tAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATg > 1:1965231/1‑70 (MQ=35) aTGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGc < 1:896343/69‑1 (MQ=31) aTGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCa < 1:2921734/70‑1 (MQ=31) | ACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCA > W3110S.gb/4056153‑4056286 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |