| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 2412225 | NA (NA) | 82 (1.610) | 53/102 | NT | 86.3% | intergenic (‑55/‑782) | insA/yfbQ | IS1 element protein/predicted aminotransferase |
| ? | W3110S.gb | = 3748807 | 13 (0.260) | coding (176/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity | |||||
Only 100 of 184 total aligned reads displayed.
GATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGCACC > W3110S.gb/3748740‑3748877 | acaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaa < 1:322932‑M1/10‑1 (MQ=255) aTTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt < 1:1458758‑M2/70‑4 (MQ=255) tAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgat < 1:1716470‑M2/71‑7 (MQ=255) aaaTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgat > 1:1318240‑M2/1‑64 (MQ=255) aTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgct > 1:4114196‑M2/1‑62 (MQ=255) cTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtga < 1:2037940‑M2/65‑6 (MQ=255) cattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGc > 1:1007077‑M1/46‑71 (MQ=255) cattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGc > 1:4624444‑M1/46‑71 (MQ=255) aTGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaactta < 1:3909118‑M2/70‑19 (MQ=255) tatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt < 1:3947836‑M1/29‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaa < 1:3547112‑M1/10‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaa < 1:729888‑M1/10‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt < 1:4573687‑M1/29‑1 (MQ=255) tctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaat > 1:2981497‑M1/41‑51 (MQ=255) gtgtTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactga > 1:981705‑M2/1‑49 (MQ=255) gtgtTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactga < 1:1945557‑M2/71‑23 (MQ=255) tgtTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgat > 1:1511888‑M2/1‑48 (MQ=255) tgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaa < 1:1138066‑M1/32‑1 (MQ=255) gaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaaaa < 1:4390738‑M1/34‑1 (MQ=255) tAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgc < 1:1673300‑M2/56‑12 (MQ=255) aacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaataa < 1:1724040‑M1/13‑1 (MQ=255) aacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaataa < 1:7996‑M1/13‑1 (MQ=255) aacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAAcc > 1:3844371‑M1/37‑51 (MQ=255) aacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaa > 1:429143‑M1/37‑68 (MQ=255) aacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGa > 1:555168‑M1/37‑67 (MQ=255) acataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAAcc > 1:337892‑M1/36‑71 (MQ=255) aaaaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgattta > 1:359276‑M2/1‑44 (MQ=255) aaaaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgcc > 1:3333971‑M2/1‑44 (MQ=255) aaaaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAg < 1:2705511‑M2/45‑2 (MQ=255) ataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaa > 1:1447259‑M1/34‑65 (MQ=255) cTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgta < 1:2845994‑M2/71‑32 (MQ=255) cTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgta < 1:4326448‑M2/71‑32 (MQ=255) cTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtga < 1:4379015‑M2/45‑6 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGc > 1:3284597‑M1/31‑70 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGc < 1:2459525‑M1/40‑1 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCa > 1:222895‑M1/31‑71 (MQ=255) gcgccGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtat > 1:1781351‑M2/3‑37 (MQ=255) gAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtat > 1:2057909‑M2/1‑37 (MQ=255) gCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatg > 1:1037806‑M2/1‑35 (MQ=255) 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aTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgagg > 1:3370982‑M2/1‑23 (MQ=255) aTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgattt > 1:1918894‑M2/1‑23 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggt < 1:4190620‑M2/71‑50 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggt > 1:1843919‑M2/1‑22 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:1302259‑M2/1‑22 (MQ=255) tggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATg < 1:2380946‑M1/44‑1 (MQ=255) ttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtg < 1:4144367‑M2/71‑51 (MQ=255) ttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagt > 1:1250457‑M2/1‑21 (MQ=255) ttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactg > 1:2549271‑M2/1‑21 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgc < 1:367514‑M2/71‑52 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatgg < 1:2146813‑M2/57‑38 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttag < 1:2320156‑M2/47‑28 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatt < 1:2012596‑M2/44‑25 (MQ=255) aaaTTTGCTTCTAATAACAggtgatggtgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttt < 1:536418‑M2/62‑44 (MQ=255) aaTTTGCTTCTAATAACAggtgatgcttccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctc > 1:644478‑M2/1‑18 (MQ=255) aTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtggatgatggtgtttttgaggtgctcc > 1:717083‑M2/1‑17 (MQ=255) ttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccag < 1:630058‑M2/71‑57 (MQ=255) ttGATTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctc > 1:2027918‑M2/1‑15 (MQ=255) attaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaaa < 1:4121224‑M1/55‑1 (MQ=255) attaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCAcc < 1:431856‑M1/61‑1 (MQ=255) ttaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGa > 1:217577‑M1/6‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |