| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,189,762 | G→A | 6.3% | G237S (GGT→AGT) | rplB → | 50S ribosomal subunit protein L2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,189,762 | 0 | G | A | 6.3% | 207.5 / 3.7 | 63 | G237S (GGT→AGT) | rplB | 50S ribosomal subunit protein L2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/35); new base A (2/2); total (26/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
CGTGGTGTTCGTCCGACCGTTCGCGGTACCGCGATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGTGGGGCGTTCAGACCAAAGGTAAGAAGACCCGCAGC > W3110S.gb/4189693‑4189830 | cGTGGTGTTCGTCCGACCGTTCGCGGTACCGCGATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAgg < 1:568269/71‑1 (MQ=255) ggtgTTCGTCCGACCGTTCGCGGTACCGCGATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCg > 1:120174/1‑71 (MQ=255) ggtgTTCGTCCGACCGTTCGCGGTACCGCGATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCg > 1:691346/1‑71 (MQ=255) gtgtTCGTCCGACCGTTCGCGGTACCGCGATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGt < 1:868804/71‑1 (MQ=255) gtgtTCGTCCGACCGTTCGCGGTACCGCGATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGt < 1:4373951/71‑1 (MQ=255) gtgtTCGTCCGACCGTTCGCGGTACCGCGATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGt < 1:3403702/71‑1 (MQ=255) tgtTCGTCCGACCGTTCGCGGTACCGCGATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTa < 1:1797109/71‑1 (MQ=255) cGTCCGACCGTTCGCGGTACCGCGATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACtt > 1:3157640/1‑71 (MQ=255) gTCCGACCGTTCGCGGTACCGCGATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACttt < 1:1747516/71‑1 (MQ=255) tCCGACCGTTCGCGGTACCGCGATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACttt < 1:3189743/70‑1 (MQ=255) cGACCGTTCGCGGTACCGCGATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTgg > 1:2507524/1‑70 (MQ=255) aCCGTTCGCGGTACCGCGATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGt < 1:172527/69‑1 (MQ=255) aCCGTTCGCGGTACCGCGATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTaa < 1:1310539/71‑1 (MQ=255) gTTCGCGGTACCGCGATGAACCCGGTAGACCA‑CCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCAc > 1:1926166/1‑71 (MQ=255) tCGCGGTACCGCGATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCg > 1:4045574/1‑54 (MQ=255) cgcgGTACCGCGATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCAcc < 1:2928775/70‑1 (MQ=255) gcgGTACCGCGATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCAccc < 1:2800937/70‑1 (MQ=255) cgGTACCGCGATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCAccc < 1:3470556/69‑1 (MQ=255) ggTACCGCGATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGt < 1:317211/71‑1 (MQ=255) aCCGCGATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACt < 1:3304880/52‑1 (MQ=255) ccGCGATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACt > 1:2456271/1‑71 (MQ=255) ccGCGATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACt > 1:2450724/1‑71 (MQ=255) cgATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCg < 1:2760843/71‑1 (MQ=255) cgATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCg < 1:3901078/71‑1 (MQ=255) cgATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCg < 1:1541332/71‑1 (MQ=255) gATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAAGTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGt > 1:3049528/1‑71 (MQ=255) gATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGt > 1:3975576/1‑71 (MQ=255) aTGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTaa > 1:3378941/1‑53 (MQ=255) aTGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGTg < 1:1337982/71‑1 (MQ=255) tGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGTgg > 1:4530655/1‑71 (MQ=255) gAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGt < 1:840897/40‑1 (MQ=255) aaCCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGTggg < 1:3765802/70‑1 (MQ=255) cccGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGTGGGGCg > 1:3210985/1‑71 (MQ=255) ccGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAg > 1:4011620/1‑48 (MQ=255) ccGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCg < 1:4523371/54‑1 (MQ=255) cGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGGCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGTGGGGCGtt < 1:215785/71‑1 (MQ=255) cGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAAGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGTGGGGCGtt > 1:1189912/1‑71 (MQ=255) cGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAAGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGTGGGGCGtt > 1:557918/1‑71 (MQ=255) ggTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGTGGGGCGTTc < 1:600520/71‑1 (MQ=255) aGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGt > 1:868815/1‑51 (MQ=255) accaccCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGt < 1:1273014/57‑1 (MQ=255) accaccCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGt < 1:718667/57‑1 (MQ=255) ccacccacATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGTGGGGCGTTCAGACCa < 1:202090/71‑1 (MQ=255) cccacATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCAcc > 1:2559918/1‑41 (MQ=255) cccacATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCg > 1:3167906/1‑52 (MQ=255) cccacATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGTGGGGCGTTCAGACCaa > 1:4061526/1‑69 (MQ=255) cccacATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGTGGGGCGTTCAGACCAAAg > 1:4507132/1‑71 (MQ=255) ccacATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTc < 1:676231/49‑1 (MQ=255) ccacATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGTGGGGc < 1:3056079/57‑1 (MQ=255) ccacATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGTGGGGCGTTCAGACCAAAgg > 1:2913651/1‑71 (MQ=255) caTGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGTGGGGCGTTCAGACCAAAGGTaa < 1:2485683/71‑1 (MQ=255) aTGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGTGGGGCGTTCAGACCAAAGGTaa < 1:4110880/70‑1 (MQ=255) tggtggtggTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGTGGGGCGTTCAGACCAAAGGTaag > 1:1870915/1‑70 (MQ=255) gtggtggtgAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGTGGGGCGTTCAGACCAAAGGTaagaa < 1:460959/70‑1 (MQ=255) gtggtgAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTaa > 1:1470907/1‑36 (MQ=255) gtggtgAAAGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGTGGGGCGTTCAGACCAAAGGTAAGAAGAc < 1:2956719/70‑1 (MQ=255) gtggtgAAAGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGTGGGGCGTTCAGACCAAAGGTAAGAAGAc < 1:1577323/70‑1 (MQ=255) tggtgAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGTggg < 1:2521781/44‑1 (MQ=255) tgAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCg < 1:3558199/37‑1 (MQ=255) tgAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGTGGGGCGTTCAGACCAAAGGTAAGAAGACCCg < 1:3692455/69‑1 (MQ=255) aaGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGTGGGGCGTTCAGACCAAAGGTaagaag < 1:4262588/62‑1 (MQ=255) aaGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGTGGGGCGTTCAGACCAAAGGTaagaag < 1:2269021/62‑1 (MQ=255) aGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGTGGGGCGTTCAGACCAAAGGTAAGAAGACCCgcagc > 1:145511/1‑70 (MQ=255) aGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGTGGGGCGTTCAGACCAAAGGTAAGAAGACCCgcagc > 1:3366820/1‑70 (MQ=255) | CGTGGTGTTCGTCCGACCGTTCGCGGTACCGCGATGAACCCGGTAGACCACCCACATGGTGGTGGTGAAGGTCGTAACTTTGGTAAGCACCCGGTAACTCCGTGGGGCGTTCAGACCAAAGGTAAGAAGACCCGCAGC > W3110S.gb/4189693‑4189830 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |