| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 566000 = | NA (NA) | 82 (1.400) | 53/102 | NT | 100% | intergenic (+90/‑56) | ybcD/insE | DLP12 prophage region; ECK0532:JW0527:b4508; predicted replication protein fragment/IS3 element protein InsE |
| ? | W3110S.gb | = 576913 | 0 (0.000) | coding (78/498 nt) | ybcS | predicted lysozyme | |||||
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
CATCATTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTATGGA > W3110S.gb/576843‑576983 | catcatTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACt > 1:2819173/1‑71 (MQ=255) cagtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTg > 1:2785806‑M2/68‑71 (MQ=255) atcatTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTt > 1:4263659‑M2/1‑70 (MQ=255) atTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgat < 1:4480523‑M2/71‑5 (MQ=255) atTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtga > 1:3307429‑M2/1‑67 (MQ=255) atTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtga < 1:4665086‑M2/70‑4 (MQ=255) ccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGcc > 1:4596410‑M2/64‑70 (MQ=255) aCGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatct > 1:1445470‑M2/1‑64 (MQ=255) gaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtttccatattacgtgggtaggatcaACTgg < 1:4553508‑M2/5‑1 (MQ=255) gaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAg < 1:1310435‑M2/11‑1 (MQ=255) gaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAg < 1:4181122‑M2/11‑1 (MQ=255) aacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAg > 1:5248883‑M2/60‑70 (MQ=255) aacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGt > 1:153908‑M2/60‑71 (MQ=255) aaaaGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacc < 1:3670321‑M2/71‑11 (MQ=255) caatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTgg > 1:658790‑M2/58‑71 (MQ=255) aaaGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGAATCAGTGTTAATCACTtgatcttacc < 1:115800‑M2/70‑11 (MQ=255) aGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccag < 1:1685265‑M2/71‑14 (MQ=255) tttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTaa > 1:4896650‑M2/55‑71 (MQ=255) ttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAAc > 1:4285033‑M2/54‑71 (MQ=255) cGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagca > 1:4157672‑M2/1‑55 (MQ=255) cGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTt < 1:5306728‑M2/56‑2 (MQ=255) gTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaat > 1:2679819‑M2/1‑54 (MQ=255) gTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaat > 1:204029‑M2/1‑54 (MQ=255) ttGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaata > 1:1630545‑M2/1‑53 (MQ=255) ttGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaata > 1:9156‑M2/1‑53 (MQ=255) gctgctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagt < 1:4835585‑M2/71‑21 (MQ=255) gctgctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttac < 1:5153383‑M2/60‑10 (MQ=255) aacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGt < 1:1938399‑M2/15‑1 (MQ=255) ctgctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtg > 1:480506‑M2/1‑50 (MQ=255) ctgctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagt > 1:2022417‑M2/1‑50 (MQ=255) ctgctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagt > 1:477079‑M2/1‑50 (MQ=255) ctgctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatattacccagcaatagtg < 1:1356878‑M2/71‑22 (MQ=255) ctgctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtga > 1:1062041‑M2/1‑50 (MQ=255) acaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGc > 1:4093722‑M2/48‑53 (MQ=255) acaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGt < 1:896010‑M2/24‑1 (MQ=255) aagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTg > 1:1234517‑M2/46‑49 (MQ=255) ctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtgga < 1:1721044‑M2/70‑24 (MQ=255) gaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTg > 1:1479386‑M2/44‑70 (MQ=255) gaacctcgcttaggcctgtgtcaatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTg > 1:3052554‑M2/44‑70 (MQ=255) gctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggac < 1:450978‑M2/69‑25 (MQ=255) ctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacg > 1:4635273‑M2/1‑44 (MQ=255) cctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAg < 1:1103504‑M2/31‑1 (MQ=255) ttGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcgg < 1:4419756‑M2/71‑31 (MQ=255) ttGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgc > 1:1997366‑M2/1‑41 (MQ=255) ttGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtgga < 1:2640495‑M2/64‑24 (MQ=255) tggtggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcgg < 1:4653014‑M2/70‑31 (MQ=255) gcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGgt < 1:1788571‑M2/33‑1 (MQ=255) cttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGgtgt > 1:3119174‑M2/36‑70 (MQ=255) cttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTc < 1:1715732‑M2/36‑1 (MQ=255) tggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaa > 1:2325590‑M2/1‑37 (MQ=255) gCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagt > 1:3460873‑M2/1‑35 (MQ=255) aggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGc > 1:3250017‑M2/33‑71 (MQ=255) ggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGc < 1:3886581‑M2/39‑1 (MQ=255) ggAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtga > 1:1975305‑M2/1‑33 (MQ=255) aGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacg < 1:800997‑M2/58‑28 (MQ=255) cAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagt > 1:4463109‑M2/1‑29 (MQ=255) tgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcatac < 1:2207098‑M2/46‑1 (MQ=255) gtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcata > 1:5219376‑M2/25‑69 (MQ=255) catattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcataccata > 1:3402184‑M2/22‑71 (MQ=255) catattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcataccata > 1:1642772‑M2/22‑71 (MQ=255) catattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcataccata > 1:2534488‑M2/22‑71 (MQ=255) atattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcataccata > 1:4210379‑M2/21‑70 (MQ=255) atattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcatac > 1:2094870‑M2/21‑66 (MQ=255) tattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGa < 1:3414033‑M2/20‑1 (MQ=255) tattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGgt > 1:2759868‑M2/20‑52 (MQ=255) attacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAg > 1:4474082‑M2/19‑49 (MQ=255) attacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcataccata > 1:1187782‑M2/19‑68 (MQ=255) attacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa > 1:4734310‑M2/19‑70 (MQ=255) ataGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcag < 1:4319668‑M2/71‑51 (MQ=255) ttacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa > 1:1041108‑M2/18‑69 (MQ=255) taGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcag > 1:2464429‑M2/1‑20 (MQ=255) gCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtca > 1:4580198‑M2/1‑18 (MQ=255) gCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtca > 1:3130208‑M2/1‑18 (MQ=255) gCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagt < 1:2916925‑M2/69‑52 (MQ=255) gCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaa < 1:4666711‑M2/61‑44 (MQ=255) cATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcag > 1:5278857‑M2/1‑17 (MQ=255) cATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcag > 1:103678‑M2/1‑17 (MQ=255) aTCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtca < 1:3277181‑M2/69‑54 (MQ=255) tgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAca > 1:2307011‑M2/13‑55 (MQ=255) cAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagagg < 1:3554582‑M2/71‑58 (MQ=255) aGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggt > 1:2857370‑M2/1‑13 (MQ=255) gtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATAttgt < 1:3927148‑M2/62‑1 (MQ=255) tgtTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggtga < 1:2499698‑M2/71‑61 (MQ=255) tgtTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactct > 1:4731510‑M2/1‑11 (MQ=255) gtTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgtggctaagtgagtaaactctcag < 1:388424‑M2/60‑51 (MQ=255) gtTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggcta > 1:1144896‑M2/1‑10 (MQ=255) aggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcat > 1:1829919‑M2/8‑51 (MQ=255) ttAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggtgact < 1:3144472‑M2/71‑63 (MQ=255) gatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATAttgttg > 1:3764464‑M2/6‑69 (MQ=255) tcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtg > 1:2340628‑M2/4‑70 (MQ=255) tcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtg > 1:55775‑M2/4‑70 (MQ=255) aCTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggtgactcacat > 1:3228654‑M2/1‑3 (MQ=255) aCTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggtgactcacat > 1:4424400‑M2/1‑3 (MQ=255) aCTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaa < 1:3113605‑M2/46‑44 (MQ=255) aCTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTATg < 1:4938140/71‑1 (MQ=255) cTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggt > 1:4020319‑M2/1‑2 (MQ=255) cTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAca > 1:4051668/1‑42 (MQ=255) cTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACaa < 1:2965856/52‑1 (MQ=255) ttgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggtgactcacatga < 1:4305902‑M2/70‑70 (MQ=255) tGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTATGGa > 1:3813006/1‑71 (MQ=255) | CATCATTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTATGGA > W3110S.gb/576843‑576983 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |