| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 2018583 | 3 (0.050) | 47 (0.840) | 33/98 | NT | 94.2% | coding (579/687 nt) | fliH | flagellar biosynthesis protein |
| ? | W3110S.gb | = 2521059 | NA (NA) | intergenic (+170/+30) | insL/yfeA | predicted transposase/predicted diguanylate cyclase | |||||
GTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCT > W3110S.gb/2520997‑2521128 | gTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAAt < 1:3527984/71‑1 (MQ=34)gTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAAt > 1:3485886/1‑71 (MQ=34) ttAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTcc > 1:775288/1‑71 (MQ=39) ttAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTcc > 1:2232530/1‑71 (MQ=39) tAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTccc > 1:4812893/1‑71 (MQ=39) aaCGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATa > 1:1771127/1‑64 (MQ=31) aCGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTcccag > 1:3776089/1‑69 (MQ=255) aCGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTc < 1:15936/67‑1 (MQ=39) gCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGtttt < 1:2457707/71‑1 (MQ=255) aCCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGtttttt < 1:2393566/71‑1 (MQ=255) ccGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGttttttt < 1:1203945/71‑1 (MQ=255) cGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTa > 1:2543099/1‑71 (MQ=255) gAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTAc > 1:2866685/1‑71 (MQ=255) ggCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGc < 1:486873/71‑1 (MQ=255) gCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGATTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGc < 1:1887658/70‑1 (MQ=255) gTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTg < 1:3390949/71‑1 (MQ=255) gCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGttttttt > 1:3512371/1‑61 (MQ=255) ttcttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTa > 1:1274509/1‑59 (MQ=255) tcttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTcc > 1:4669217/1‑46 (MQ=255) tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGt < 1:4957974/48‑1 (MQ=255) cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGttt > 1:4223455/1‑49 (MQ=255) aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCt < 1:3208800/69‑1 (MQ=255) aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTaa < 1:192112/71‑1 (MQ=255) gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAAt < 1:1883501/71‑1 (MQ=255) tGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGtttt < 1:2107505/46‑1 (MQ=255) tGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATgg < 1:1359008/71‑1 (MQ=255) gTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCt < 1:2432996/71‑1 (MQ=255) gTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCt < 1:3893833/71‑1 (MQ=255) ttCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTg < 1:2182005/71‑1 (MQ=255) tCAACCCTTAAGTTAGCGCCTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTaa < 1:4076033/56‑1 (MQ=255) cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGtttttt > 1:2459522/1‑43 (MQ=255) cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGcc > 1:2021908/1‑49 (MQ=255) cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCg > 1:3098169/1‑71 (MQ=255) aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCgg < 1:5252382/71‑1 (MQ=255) aCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCggg < 1:2955285/71‑1 (MQ=255) ccTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCg < 1:2686657/71‑1 (MQ=255) ccTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCg < 1:4115430/71‑1 (MQ=255) tAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGAc > 1:1740614/1‑70 (MQ=255) aaGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGtttttttt > 1:3776356/1‑36 (MQ=255) aGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCaa < 1:2700279/71‑1 (MQ=255) ttAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATc < 1:3262821/71‑1 (MQ=255) aGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATc > 1:4804895/1‑69 (MQ=255) cgcTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCaaa > 1:2260824/1‑70 (MQ=255) cTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTaa < 1:107166/38‑1 (MQ=255) tATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGa > 1:1508762/1‑57 (MQ=255) aTGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAAt < 1:2284641/36‑1 (MQ=255) aTGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCt > 1:709794/1‑71 (MQ=255) | GTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCT > W3110S.gb/2520997‑2521128 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |