| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,571,316:1 | +C | 9.5% | intergenic (+84/‑1695) | yibH → / → ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,571,316 | 1 | . | C | 9.5% | 342.2 / 38.4 | 95 | intergenic (+84/‑1695) | yibH/ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (49/37); new base C (4/5); total (53/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
TATGGAACTTTGCTCCTTGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTT > minE/2571249‑2571385 | tATGGAACTTTGCTCCTTGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑Ctt > 1:2544806/1‑71 (MQ=255) ggAACTTTGCTCCTTGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTaa > 1:819197/1‑71 (MQ=255) gAACTTTGCTCCTTGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTaa > 1:5241585/1‑70 (MQ=255) aCTTTGCTCCTTGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAatat < 1:1456148/71‑1 (MQ=255) tttGCTCCTTGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑Cttt < 1:1847942/64‑1 (MQ=255) tGCTCCTTGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTaa > 1:494599/1‑64 (MQ=255) tGCTCCTTGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCAt > 1:4035791/1‑71 (MQ=255) cTCCTTGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCAtt < 1:3430721/70‑1 (MQ=255) ccTTGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATg > 1:2843252/1‑71 (MQ=255) cTTGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATAtt > 1:4395022/1‑63 (MQ=255) cTTGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATAtt > 1:1725519/1‑63 (MQ=255) cTTGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGt > 1:1917431/1‑71 (MQ=255) tGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGt > 1:3885188/1‑69 (MQ=255) tGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGt > 1:4428264/1‑69 (MQ=255) gTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAata > 1:1343258/1‑58 (MQ=255) cTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTc < 1:4524869/71‑1 (MQ=255) cTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTc > 1:901165/1‑71 (MQ=255) tAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCa < 1:4300056/54‑1 (MQ=255) tAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCa < 1:5559931/54‑1 (MQ=255) aaTTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑Tg > 1:2212674/1‑71 (MQ=255) attattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATg > 1:486374/1‑57 (MQ=255) attattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTtaat < 1:1100764/62‑1 (MQ=255) attattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑Tg < 1:1810774/70‑1 (MQ=255) attattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑Tg < 1:4295718/70‑1 (MQ=255) attattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑Tg > 1:3597404/1‑70 (MQ=255) ttattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGt < 1:1623633/65‑1 (MQ=255) ttattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGt < 1:4140373/65‑1 (MQ=255) tattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGAt > 1:1101002/1‑71 (MQ=255) attTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTaa > 1:920494/1‑43 (MQ=255) attTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTaa > 1:4532609/1‑43 (MQ=255) attTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTaa > 1:5444221/1‑43 (MQ=255) attTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTaa > 1:702660/1‑43 (MQ=255) attTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCa > 1:1684697/1‑49 (MQ=255) attTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCAt > 1:1810523/1‑50 (MQ=255) attTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGAt > 1:2657581/1‑70 (MQ=255) attTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGAt > 1:2151432/1‑70 (MQ=255) tttttGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑Cttt < 1:3642417/40‑1 (MQ=255) tttttGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGAt > 1:3723745/1‑69 (MQ=255) gCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGtgtg > 1:764500/1‑71 (MQ=255) cATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGtgtg < 1:4267138/70‑1 (MQ=255) tatTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGctc > 1:2722097/1‑71 (MQ=255) tatTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGctc > 1:2352113/1‑71 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑Tg < 1:3364244/57‑1 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGa > 1:4377557/1‑59 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGa > 1:4371958/1‑59 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGctct > 1:4021442/1‑71 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGctct > 1:5669681/1‑71 (MQ=255) ttACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTtaataa > 1:4959213/1‑50 (MQ=255) ttACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCtctc < 1:2285486/71‑1 (MQ=255) cTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTTTGTTAATAAGTTc < 1:687733/51‑1 (MQ=255) cTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTc < 1:4607018/51‑1 (MQ=255) cTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑Tgca > 1:5408570/1‑53 (MQ=255) cTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑ATTTAATATTCATTATGTtaataa > 1:905468/1‑47 (MQ=255) ttCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGt < 1:5675227/48‑1 (MQ=255) ttCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑Tg < 1:1216093/52‑1 (MQ=255) ttCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑Tg < 1:284437/52‑1 (MQ=255) ttCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑Tg < 1:5198668/52‑1 (MQ=255) ttCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑Tg < 1:692641/52‑1 (MQ=255) ttCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATg < 1:5365132/56‑1 (MQ=255) cATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGa < 1:1926925/55‑1 (MQ=255) cATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGa > 1:2016698/1‑71 (MQ=255) aTTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGAt < 1:327776/71‑1 (MQ=255) ttAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGtt > 1:5005218/1‑37 (MQ=255) ttAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGAt > 1:1240828/1‑51 (MQ=255) ttAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGAtt > 1:598891/1‑71 (MQ=255) ttAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGAtt > 1:4836689/1‑71 (MQ=255) tAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGTAtt < 1:225473/70‑1 (MQ=255) aGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGAttt < 1:2451652/70‑1 (MQ=255) ttCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGa > 1:4025417/1‑48 (MQ=255) tgatgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGAtttctt < 1:4252406/69‑1 (MQ=255) tgatgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTC‑t < 1:4702250/40‑1 (MQ=12) tgatgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTC‑Tgg < 1:4008848/42‑1 (MQ=16) cGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTc < 1:4416152/39‑1 (MQ=255) cGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑t > 1:4491163/1‑40 (MQ=255) cGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑t > 1:3069491/1‑40 (MQ=255) gatgatTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATcc < 1:1022779/71‑1 (MQ=255) atgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTaagaag > 1:1241167/1‑35 (MQ=9) atgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTc < 1:3842416/38‑1 (MQ=12) atgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTc < 1:2605981/38‑1 (MQ=12) atgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATc > 1:3425292/1‑71 (MQ=255) atgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTC‑Tgg > 1:1356806/1‑41 (MQ=16) atgatTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCAtt < 1:1042987/57‑1 (MQ=255) gatTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑Tg > 1:4875433/1‑37 (MQ=255) gatTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATcc < 1:3671395/68‑1 (MQ=255) gatTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTc > 1:3264253/1‑71 (MQ=255) gatTTTA‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTc > 1:734041/1‑71 (MQ=255) gatATTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑Tg > 1:5530527/1‑37 (MQ=255) tttttc‑CTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTc > 1:5093691/2‑71 (MQ=255) atTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGa > 1:3172798/1‑38 (MQ=255) atTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTc < 1:2984344/70‑1 (MQ=255) ttttt‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGtgtg < 1:1745162/45‑1 (MQ=255) ttttt‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGtgtg < 1:4008930/45‑1 (MQ=255) ttttt‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGtgtg < 1:720328/45‑1 (MQ=255) ttttt‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCtt < 1:119029/71‑1 (MQ=255) ttttc‑CTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCt > 1:1490904/1‑71 (MQ=255) tttc‑CTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCt > 1:1847902/1‑70 (MQ=255) ttt‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTg < 1:4212067/70‑1 (MQ=255) ttt‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTg < 1:3487164/70‑1 (MQ=255) ttt‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TCGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGt > 1:5527992/1‑71 (MQ=255) tt‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTa > 1:2233766/1‑60 (MQ=255) | TATGGAACTTTGCTCCTTGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTT > minE/2571249‑2571385 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |