| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,571,344:1 | +A | 24.1% | intergenic (+112/‑1667) | yibH → / → ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,571,344 | 1 | . | A | 24.1% | 302.4 / 165.9 | 141 | intergenic (+112/‑1667) | yibH/ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (45/62); new base A (20/14); total (65/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.05e-01 | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
CTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACTATACATCGTC > minE/2571274‑2571413 | attattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g > 1:3597404/1‑70 (MQ=255) attattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g < 1:1810774/70‑1 (MQ=255) tattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGAt > 1:1101002/1‑71 (MQ=255) attTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGAt > 1:2657581/1‑70 (MQ=255) tttttGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGAt > 1:3723745/1‑69 (MQ=255) cATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGtgtg < 1:4267138/70‑1 (MQ=255) tatTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGctc > 1:2352113/1‑71 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g < 1:3364244/57‑1 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g < 1:3553326/57‑1 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGa > 1:4371958/1‑59 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGctct > 1:4021442/1‑71 (MQ=255) ttACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCtctc < 1:2285486/71‑1 (MQ=255) cTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTTTGTTAATAAGTTc < 1:687733/51‑1 (MQ=255) cTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTc < 1:4607018/51‑1 (MQ=255) cTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑gca > 1:5408570/1‑53 (MQ=255) ttCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g < 1:284437/52‑1 (MQ=255) ttCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g < 1:5198668/52‑1 (MQ=255) ttCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g < 1:1216093/52‑1 (MQ=255) ttCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATg < 1:5365132/56‑1 (MQ=255) cATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGa > 1:2016698/1‑71 (MQ=255) aTTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGAt < 1:327776/71‑1 (MQ=255) ttAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGAtt > 1:598891/1‑71 (MQ=255) aGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGAttt < 1:2451652/70‑1 (MQ=255) ttCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGa > 1:4025417/1‑48 (MQ=255) tgatgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGAtttctt < 1:4252406/69‑1 (MQ=255) tgatgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTC‑T‑gg < 1:4008848/42‑1 (MQ=16) cGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTc < 1:4416152/39‑1 (MQ=255) cGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑t > 1:4491163/1‑40 (MQ=255) cGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑t > 1:3069491/1‑40 (MQ=255) gatgatTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATcc < 1:1022779/71‑1 (MQ=255) atgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTc < 1:3842416/38‑1 (MQ=12) atgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATc > 1:3425292/1‑71 (MQ=255) atgatTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCAtt < 1:1042987/57‑1 (MQ=255) gatTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g > 1:4875433/1‑37 (MQ=255) gatTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATcc < 1:3671395/68‑1 (MQ=255) gatTTTA‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTc > 1:734041/1‑71 (MQ=255) gatATTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g > 1:5530527/1‑37 (MQ=255) tttttc‑CTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTc > 1:5093691/2‑71 (MQ=255) atTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGa > 1:3172798/1‑38 (MQ=255) atTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCtctc < 1:2802838/51‑1 (MQ=255) atTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTc < 1:2984344/70‑1 (MQ=255) ttttt‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGtgtg < 1:720328/45‑1 (MQ=255) ttttt‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCtt < 1:119029/71‑1 (MQ=255) ttttc‑CTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCt > 1:1490904/1‑71 (MQ=255) tttc‑CTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCtt > 1:2110719/1‑71 (MQ=255) ttt‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTg < 1:3487164/70‑1 (MQ=255) ttt‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTg < 1:4212067/70‑1 (MQ=255) ttt‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑CGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGt > 1:5527992/1‑71 (MQ=255) ttccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCtt < 1:1754179/67‑1 (MQ=255) tt‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTa > 1:2233766/1‑60 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:529762/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:4726710/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:5635651/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTC‑TGGGATAGCTGTAATCTCATTAGATTTCTCATCCGTCTTg < 1:2759612/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTC‑TGGGATAGCTGTAATCTCATTAGATTTCTCATCCGTCTTg < 1:1522883/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTC‑TGGGATAGCTGTAATCTCATTAGATTTCTCATCCGTCTTg < 1:4309757/68‑1 (MQ=255) t‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGtt < 1:5695919/70‑1 (MQ=255) cTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATc < 1:116806/71‑1 (MQ=255) cTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATc > 1:4842888/1‑71 (MQ=255) tttAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTc < 1:475903/69‑1 (MQ=255) tAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGcc > 1:837254/1‑71 (MQ=255) tAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGGTCTGcc > 1:5014420/1‑71 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTa > 1:2221760/1‑56 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTa > 1:4814237/1‑56 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCt > 1:3759709/1‑69 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCTgt > 1:5697330/1‑70 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCTGc > 1:2674080/1‑71 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCTGc > 1:2356605/1‑71 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCTGc > 1:3672754/1‑71 (MQ=255) aaTATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCt < 1:2164482/67‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTgat > 1:2205858/1‑64 (MQ=255) atatTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCg < 1:1877765/70‑1 (MQ=255) ttCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATc > 1:5095556/1‑52 (MQ=255) ttCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCt < 1:2512567/63‑1 (MQ=255) ttCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCt < 1:1716614/63‑1 (MQ=255) ttCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCt < 1:1611576/63‑1 (MQ=255) ttCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAgt < 1:5305193/71‑2 (MQ=255) ttCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAg < 1:3328060/70‑1 (MQ=255) ttCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAg < 1:1864496/70‑1 (MQ=255) cATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGAt > 1:1549294/1‑71 (MQ=255) agcaTGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATc > 1:5207379/4‑60 (MQ=255) agcaTGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATc > 1:1731674/4‑60 (MQ=255) aTTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATcc > 1:482338/1‑50 (MQ=255) aTTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATg < 1:4985725/71‑1 (MQ=255) aTTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTATATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGAt < 1:5026670/70‑1 (MQ=255) ttATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTa < 1:398453/46‑1 (MQ=255) ttATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGtt < 1:127074/57‑1 (MQ=255) ttATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGtt < 1:4167997/57‑1 (MQ=255) tGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGAc < 1:4784700/71‑1 (MQ=255) tGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:4295897/53‑1 (MQ=255) tGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:4290170/53‑1 (MQ=255) ttAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACt < 1:1536982/70‑1 (MQ=255) taataaGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTa > 1:414453/1‑40 (MQ=255) taataaGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTg > 1:4514969/1‑54 (MQ=255) taataaGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTg > 1:4344942/1‑54 (MQ=255) taataaGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACta > 1:4223154/1‑70 (MQ=255) ataaGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCg < 1:4732441/42‑1 (MQ=255) ataaGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGt < 1:4440026/48‑1 (MQ=255) ataaGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACtata > 1:2060905/1‑70 (MQ=255) gTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTc < 1:1266936/46‑1 (MQ=255) | CTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACTATACATCGTC > minE/2571274‑2571413 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |