| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | minE | = 18241 | 79 (1.290) | 20 (0.340) +CG |
6/94 | NT | 27.9% | intergenic (+80/+252) | nhaR/rpsT | DNA‑binding transcriptional activator/30S ribosomal subunit protein S20 |
| ? | minE | 474199 = | 29 (0.470) | coding (1761/1977 nt) | mngA | fused 2‑O‑a‑mannosyl‑D‑glycerate specific PTS enzyme IIABC components | |||||
TCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTT > minE/474129‑474260 | tCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCt < 1:3264519/71‑1 (MQ=255) cccGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTa > 1:2133054/1‑71 (MQ=255) cGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTAtt > 1:3271853/1‑71 (MQ=255) ttGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGt < 1:2240836/64‑1 (MQ=255) tggagaacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGa > 1:5010402‑M2/58‑71 (MQ=255) tggagaacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacacgTATTGTCCATGCGa > 1:5244862‑M2/58‑71 (MQ=255) gagaacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGATg < 1:2711398‑M2/16‑1 (MQ=255) agaacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGATGa < 1:4804581‑M2/17‑1 (MQ=255) gaacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTa > 1:805710‑M2/54‑55 (MQ=255) aTCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATg < 1:4999640/68‑1 (MQ=255) aTCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATg < 1:3479988/68‑1 (MQ=255) cctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGATGaataa < 1:5249368‑M2/21‑2 (MQ=255) cGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGc < 1:3902465/61‑1 (MQ=255) cGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGaa > 1:1811927/1‑67 (MQ=255) tcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGATGAata < 1:4058703‑M2/20‑1 (MQ=255) tcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGATGAata < 1:4495907‑M2/20‑1 (MQ=255) gCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCg > 1:4838684/1‑71 (MQ=255) caaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTa > 1:2101979‑M2/48‑49 (MQ=255) caaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTAtt > 1:4546250‑M2/48‑51 (MQ=255) caaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGtcc > 1:435102‑M2/48‑54 (MQ=255) caaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGtcc > 1:1351561‑M2/48‑54 (MQ=255) caaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGAtgaataaag > 1:5173619‑M2/48‑67 (MQ=255) caaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGAtgaataaag > 1:1817938‑M2/48‑67 (MQ=255) tGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGc > 1:2283071/1‑71 (MQ=255) tGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGc > 1:4553648/1‑71 (MQ=255) cGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATg < 1:3056980/60‑1 (MQ=255) cGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCt < 1:3636949/71‑1 (MQ=255) gggTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCtt < 1:1056983/71‑1 (MQ=255) aTTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGAt < 1:718183/53‑1 (MQ=255) aTTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATg < 1:5686770/54‑1 (MQ=255) aTTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGa > 1:2590541/1‑70 (MQ=255) aTTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGa > 1:805820/1‑70 (MQ=255) tcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTc < 1:972960‑M2/7‑1 (MQ=255) tcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTc < 1:4252800‑M2/7‑1 (MQ=255) tcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTc < 1:1067901‑M2/7‑1 (MQ=255) tcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTc < 1:3426143‑M2/7‑1 (MQ=255) tGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGaa > 1:3000797/1‑54 (MQ=255) catacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTc < 1:3585881‑M2/7‑1 (MQ=255) gctCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCtt < 1:5097813/60‑1 (MQ=255) gTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACAccc < 1:4697719/71‑1 (MQ=255) ttCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGaa < 1:3272099/51‑1 (MQ=255) ttCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCg > 1:4403394/1‑71 (MQ=255) ttCGTTTGTGCTGGGCTCTATGCTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGAt < 1:1275760/48‑1 (MQ=255) tgtgCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATg > 1:750622/1‑43 (MQ=255) tgtgCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCt > 1:4935542/1‑54 (MQ=255) tgtgCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCg > 1:1625234/1‑71 (MQ=255) atcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGAt < 1:2512573‑M2/15‑1 (MQ=255) atcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGAt < 1:4546693‑M2/15‑1 (MQ=255) tGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCAtt > 1:2011160/1‑71 (MQ=255) taagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGATGAata < 1:291866‑M2/20‑1 (MQ=255) ggCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGAGGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCAttt < 1:470756/70‑1 (MQ=255) gttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGATGAat > 1:784481‑M2/18‑36 (MQ=255) aTGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGct > 1:2208112/1‑71 (MQ=255) aTGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGc > 1:1992889/1‑70 (MQ=255) aCGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCtttt < 1:3490345/70‑1 (MQ=255) tATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCAttt < 1:1398674/50‑1 (MQ=255) | TCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTT > minE/474129‑474260 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |