| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 834,674 | A→G | 18.4% | Q1044Q (CAA→CAG) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 834,674 | 0 | A | G | 18.4% | 272.7 / 52.5 | 130 | Q1044Q (CAA→CAG) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/66); new base G (14/10); total (54/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.14e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
TTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACA > minE/834604‑834744 | tttCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCaa > 1:538620/1‑71 (MQ=255) ataaCGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTAt > 1:924770/3‑71 (MQ=255) cAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATc < 1:3411846/71‑1 (MQ=255) aaCGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTAt > 1:3529316/1‑69 (MQ=255) aaCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTAt > 1:2246712/1‑69 (MQ=255) aaCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTAt > 1:3079501/1‑69 (MQ=255) aaCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCa < 1:5049300/71‑1 (MQ=255) aaCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCa < 1:615685/71‑1 (MQ=255) aaCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCa < 1:3459054/71‑1 (MQ=255) aCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCa < 1:5645872/70‑1 (MQ=255) gCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGa < 1:4554497/71‑1 (MQ=255) cGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATc < 1:1855271/71‑1 (MQ=255) ttACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAcc < 1:3237351/71‑1 (MQ=255) ttACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAcc < 1:1293817/71‑1 (MQ=255) atACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCatc > 1:3748264/2‑69 (MQ=255) tACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGa < 1:4099391/65‑1 (MQ=255) tACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc > 1:3263366/1‑69 (MQ=255) acacCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAg > 1:1594438/1‑71 (MQ=255) acacCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAg > 1:3413186/1‑71 (MQ=255) acCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAg < 1:5362383/60‑1 (MQ=255) acCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTg > 1:5194684/1‑71 (MQ=255) acCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTg < 1:1309397/71‑1 (MQ=255) ccAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTg < 1:3916310/70‑1 (MQ=255) cAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTgg > 1:1090091/1‑70 (MQ=255) cAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTgg > 1:4225396/1‑70 (MQ=255) cAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGa > 1:1345052/1‑71 (MQ=255) cAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGa > 1:2432151/1‑71 (MQ=255) aCGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTg > 1:2991026/1‑67 (MQ=255) aCGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTg > 1:4478099/1‑67 (MQ=255) aCGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGTAACTGTATCAGGATCACCAg < 1:872409/65‑1 (MQ=255) aCGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGAt > 1:3082494/1‑70 (MQ=255) aCGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATg > 1:2006238/1‑71 (MQ=255) ttCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCa < 1:4081904/52‑1 (MQ=255) ttCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGAt < 1:1430241/56‑1 (MQ=255) ttCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTg < 1:1613692/64‑1 (MQ=255) gAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAttt > 1:2426852/1‑71 (MQ=255) gAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAttt < 1:4714232/71‑1 (MQ=255) gCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCg < 1:2854667/71‑1 (MQ=255) gCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCg > 1:3534533/1‑71 (MQ=255) cTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGa < 1:1846671/47‑1 (MQ=255) cTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGa < 1:4053997/47‑1 (MQ=255) cTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGAATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCgg < 1:5682121/71‑1 (MQ=255) tGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTg < 1:4889442/38‑1 (MQ=255) tGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTg < 1:538502/38‑1 (MQ=255) tGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTg < 1:2084201/38‑1 (MQ=255) tGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTg < 1:2223350/38‑1 (MQ=255) aTCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATc < 1:5120110/46‑1 (MQ=255) aTCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATc < 1:4344398/46‑1 (MQ=255) aTCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATc < 1:4389639/46‑1 (MQ=255) aTCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa < 1:3230051/71‑1 (MQ=255) tCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATc < 1:943826/45‑1 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAcc > 1:581817/1‑47 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAcc > 1:5323161/1‑47 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTg > 1:5589866/1‑68 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa > 1:1361191/1‑69 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa > 1:3302829/1‑69 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTCATTTCGGTGa > 1:4694891/1‑69 (MQ=255) ccgtGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAg > 1:214927/4‑71 (MQ=255) ccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGaaa < 1:275250/70‑1 (MQ=255) ccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGaaa < 1:212152/70‑1 (MQ=255) cATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAg < 1:1793873/38‑1 (MQ=255) cATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa < 1:4888609/67‑1 (MQ=255) tGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGAGGCGTGCTTTTGGTGAAAGCct < 1:1222393/71‑1 (MQ=255) gCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgc < 1:3485840/71‑1 (MQ=255) gCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgc < 1:3837109/71‑1 (MQ=255) gCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgc < 1:4569211/71‑1 (MQ=255) cGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgct > 1:3832964/1‑71 (MQ=255) cGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgct > 1:802042/1‑71 (MQ=255) gTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCa > 1:1814474/1‑40 (MQ=255) gTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCa > 1:4693818/1‑40 (MQ=255) tACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc < 1:5384262/37‑1 (MQ=255) tACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc < 1:4558929/37‑1 (MQ=255) tACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc < 1:424938/37‑1 (MQ=255) gCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGc > 1:1064415/1‑61 (MQ=255) gCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGc > 1:5330468/1‑61 (MQ=255) gCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGc > 1:274199/1‑61 (MQ=255) ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTa < 1:2709479/71‑1 (MQ=255) ggTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTg < 1:5050167/49‑1 (MQ=255) gtcAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccgccg < 1:4491433/71‑1 (MQ=255) gccagcagCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGctt < 1:3311403/58‑1 (MQ=255) tcAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAg < 1:597352/48‑1 (MQ=255) tcAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAg < 1:2888177/48‑1 (MQ=255) cAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCTGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccgcc < 1:3695165/68‑1 (MQ=255) cAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGt > 1:5359591/1‑42 (MQ=255) cAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGt > 1:3626486/1‑42 (MQ=255) agcagcTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATc < 1:2868745/71‑1 (MQ=255) agcagcTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATc < 1:136506/71‑1 (MQ=255) aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTAt > 1:1661191/1‑59 (MQ=255) aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGa > 1:3815079/1‑69 (MQ=255) aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGa > 1:1724886/1‑69 (MQ=255) aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGAt > 1:154109/1‑70 (MQ=255) aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGAt > 1:2261944/1‑70 (MQ=255) aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATc > 1:2032962/1‑71 (MQ=255) aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATc < 1:247980/71‑1 (MQ=255) aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATc < 1:4205993/71‑1 (MQ=255) cAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGttt < 1:3942181/55‑1 (MQ=255) cAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCg < 1:837594/70‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |