| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 834,707 | C→T | 21.0% | F1055F (TTC→TTT) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 834,707 | 0 | C | T | 21.0% | 201.0 / 45.2 | 100 | F1055F (TTC→TTT) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/53); new base T (12/9); total (38/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.48e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGATAGGCCAGA > minE/834638‑834774 | gCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCg > 1:3534533/1‑71 (MQ=255)gCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCg < 1:2854667/71‑1 (MQ=255) cTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGAATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCgg < 1:5682121/71‑1 (MQ=255) aTCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa < 1:3230051/71‑1 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTg > 1:5589866/1‑68 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa > 1:1361191/1‑69 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa > 1:3302829/1‑69 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTCATTTCGGTGa > 1:4694891/1‑69 (MQ=255) ccgtGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGaaa < 1:5323375/67‑1 (MQ=255) ccgtGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAg > 1:214927/4‑71 (MQ=255) ccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGaaa < 1:275250/70‑1 (MQ=255) ccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGaaa < 1:212152/70‑1 (MQ=255) cATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa < 1:4888609/67‑1 (MQ=255) tGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCct < 1:701343/71‑1 (MQ=255) tGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCct < 1:1639736/71‑1 (MQ=255) tGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGAGGCGTGCTTTTGGTGAAAGCct < 1:1222393/71‑1 (MQ=255) gCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgc < 1:4569211/71‑1 (MQ=255) gCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgc < 1:3485840/71‑1 (MQ=255) gCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgc < 1:3837109/71‑1 (MQ=255) cGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgct > 1:802042/1‑71 (MQ=255) cGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgct > 1:3832964/1‑71 (MQ=255) cGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGt < 1:5029826/70‑1 (MQ=255) gCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGc > 1:5330468/1‑61 (MQ=255) gCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGc > 1:274199/1‑61 (MQ=255) gCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGc > 1:1064415/1‑61 (MQ=255) ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTa < 1:2709479/71‑1 (MQ=255) tctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCg > 1:4249911/1‑71 (MQ=255) ggTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTg < 1:5370868/49‑1 (MQ=255) ggTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTg < 1:5050167/49‑1 (MQ=255) ggTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTg < 1:407910/49‑1 (MQ=255) gtcAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccgccg < 1:4491433/71‑1 (MQ=255) gccagcagCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGctt < 1:3311403/58‑1 (MQ=255) tcAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAg < 1:597352/48‑1 (MQ=255) tcAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAg < 1:2888177/48‑1 (MQ=255) tcAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAg < 1:4158301/48‑1 (MQ=255) tcAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccgcc < 1:5683528/69‑1 (MQ=255) cAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCTGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccgcc < 1:3695165/68‑1 (MQ=255) cAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGt > 1:5359591/1‑42 (MQ=255) cAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGt > 1:3626486/1‑42 (MQ=255) agcagcTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATc < 1:2868745/71‑1 (MQ=255) agcagcTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATc < 1:136506/71‑1 (MQ=255) aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTAt > 1:1661191/1‑59 (MQ=255) aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGt > 1:5052966/1‑62 (MQ=255) aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGa > 1:1724886/1‑69 (MQ=255) aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGa > 1:3327716/1‑69 (MQ=255) aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGa > 1:3815079/1‑69 (MQ=255) aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGAt > 1:2261944/1‑70 (MQ=255) aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGAt > 1:154109/1‑70 (MQ=255) aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATc < 1:4205993/71‑1 (MQ=255) aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATc < 1:5529276/71‑1 (MQ=255) aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATc > 1:2032962/1‑71 (MQ=255) aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATc < 1:247980/71‑1 (MQ=255) gCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCg < 1:4420269/71‑1 (MQ=255) cAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGttt < 1:3942181/55‑1 (MQ=255) cAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCg < 1:837594/70‑1 (MQ=255) cAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGa < 1:4825885/71‑1 (MQ=255) cAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGa < 1:4325118/71‑1 (MQ=255) aCTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGaca > 1:4505128/1‑71 (MQ=255) cTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCct < 1:3298944/44‑1 (MQ=255) gTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACAccc > 1:4966644/1‑71 (MQ=255) ctATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGACAccc > 1:3472373/2‑71 (MQ=255) ctATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGACAcc > 1:3260613/2‑70 (MQ=255) tATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGa < 1:2438894/61‑1 (MQ=255) tCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTAt > 1:1388478/1‑60 (MQ=255) cAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCg > 1:724260/1‑50 (MQ=255) cAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGACACCCGtag > 1:557796/1‑69 (MQ=255) aGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGACACCCGtagc > 1:2117312/1‑68 (MQ=255) aGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCg < 1:577294/71‑1 (MQ=255) aGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCg < 1:334152/71‑1 (MQ=255) aGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCAGTTCg < 1:2738612/71‑1 (MQ=255) ggATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGac < 1:12983/61‑1 (MQ=255) gATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCtggtgg > 1:1901660/1‑40 (MQ=19) gATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCATATcgcccgcc < 1:898825/53‑1 (MQ=255) gATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGt < 1:3629170/71‑1 (MQ=255) tCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGa < 1:1917789/71‑1 (MQ=255) tCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGa < 1:3104137/71‑1 (MQ=255) aCCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGaa < 1:3637375/70‑1 (MQ=255) cAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAaaga < 1:120565/71‑1 (MQ=255) cAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAaaga < 1:3081619/71‑1 (MQ=255) cAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAaag > 1:3904650/1‑70 (MQ=255) cgTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGctt > 1:1934393/2‑36 (MQ=16) tGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTa < 1:4460513/35‑1 (MQ=255) tGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTa < 1:3517645/35‑1 (MQ=255) tGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATc < 1:2354310/48‑1 (MQ=255) gATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACAcc > 1:4474786/1‑52 (MQ=255) gATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTg < 1:929108/70‑1 (MQ=255) gATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTg < 1:4011875/70‑1 (MQ=255) aTGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGAt < 1:4214503/71‑1 (MQ=255) aTGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGAt < 1:2580975/71‑1 (MQ=255) gCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATcgcccgcc < 1:3254970/39‑1 (MQ=19) cGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGt < 1:3909307/65‑1 (MQ=255) cGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGt < 1:2438277/65‑1 (MQ=255) gTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGaca > 1:1074618/1‑45 (MQ=255) gTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGATAGGc < 1:4730299/71‑1 (MQ=255) gTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGATAGGc > 1:5599783/1‑71 (MQ=255) tGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccgccg < 1:415935/37‑1 (MQ=255) tGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccgccg < 1:2063339/37‑1 (MQ=255) cttttGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGACACCCGta > 1:868645/2‑47 (MQ=255) tttCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGATAGGCCAGa < 1:2058021/71‑1 (MQ=255) ttCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCg > 1:4734083/1‑37 (MQ=255) | GCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGATAGGCCAGA > minE/834638‑834774 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |