| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 834,956 | C→A | 19.9% | V1138V (GTC→GTA) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 834,956 | 0 | C | A | 19.9% | 237.8 / 33.6 | 95 | V1138V (GTC→GTA) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/39); new base A (14/5); total (51/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.15e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.14e-01 | |||||||||||
GTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCAT > minE/834891‑835024 | attgtcTGGATCAGCGAAACAGATGCCCGAGAACTGACCATTGTCGATAACGACTGGGTGGAAGTATTCaa > 1:1820043/4‑71 (MQ=255) tgtcTGGATCAGCGAAACAGATGCCCGAGAACTGACCATTGTCGATAACGACTGGGTGGAAGTATTCAAcg > 1:2343164/2‑70 (MQ=255) gtcTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAg > 1:1649641/1‑71 (MQ=255) gtcTGGATCAGCGAAACAGATGCCCGAGAACTGACCATTGTCGATAACGACTGGGTGGAAGTATTCAAcgc > 1:899990/1‑69 (MQ=255) tcTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGc < 1:4850177/71‑1 (MQ=255) tcTGGATCAGCGAAACAGATGCCCGAGAACTGACCATTGTCGATAACGACTGGGTGGAAGTATTCAAcgc > 1:3427809/1‑68 (MQ=255) tGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCaa > 1:2835637/1‑71 (MQ=255) gTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCaa < 1:948975/69‑1 (MQ=255) gTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCaa < 1:3389306/69‑1 (MQ=255) ttGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCaa < 1:3434384/68‑1 (MQ=255) gAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTTGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTg > 1:4234490/1‑71 (MQ=255) gAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTg > 1:4294503/1‑71 (MQ=255) gAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTg > 1:2770190/1‑71 (MQ=255) gTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGct < 1:3521631/71‑1 (MQ=255) tGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGct < 1:1526458/70‑1 (MQ=255) aaGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGctct > 1:4765087/1‑70 (MQ=255) aaGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGctct > 1:4154054/1‑70 (MQ=255) tGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTc < 1:207929/46‑1 (MQ=255) tGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTc < 1:2445789/46‑1 (MQ=255) tGCCAAAGATCTAGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTc < 1:5360145/46‑1 (MQ=255) ccAAAGATCTGGGTATCGCCGTTAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTTCTCTGACTGCCCGt < 1:618572/71‑1 (MQ=255) ccAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGt > 1:2396364/1‑71 (MQ=255) cAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCa < 1:4976647/50‑1 (MQ=255) cAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGt > 1:158524/1‑70 (MQ=255) aaaGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTc < 1:386399/42‑1 (MQ=255) aaaGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGc > 1:1479942/1‑71 (MQ=255) aGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCaa > 1:875753/1‑42 (MQ=255) aGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCgg < 1:3748388/71‑1 (MQ=255) aGATCTGGGTATCGCCGA‑AACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGt > 1:133434/1‑71 (MQ=255) gATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTc > 1:1729848/1‑39 (MQ=255) gATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGt < 1:3713258/71‑1 (MQ=255) aTCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCaa < 1:815557/46‑1 (MQ=255) cTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTg > 1:1525425/1‑70 (MQ=255) cTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTg > 1:4659357/1‑70 (MQ=255) cTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTg > 1:1986201/1‑70 (MQ=255) gggTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCaa < 1:2345155/42‑1 (MQ=255) gggTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGt > 1:3106948/1‑69 (MQ=255) ggTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACgg > 1:64356/1‑44 (MQ=255) ggTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACgg > 1:834707/1‑44 (MQ=255) gTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTcagc < 1:4109995/71‑1 (MQ=255) gTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTcagc < 1:2836867/71‑1 (MQ=255) tATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGtt < 1:5235198/64‑1 (MQ=255) tCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCa < 1:1963822/36‑1 (MQ=255) tCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCa < 1:5236720/36‑1 (MQ=255) tCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCa < 1:3806446/36‑1 (MQ=255) tCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGctct < 1:5433227/46‑1 (MQ=255) tCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGctct < 1:2095486/46‑1 (MQ=255) tCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGctct < 1:5548519/46‑1 (MQ=255) tCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGctct < 1:4329922/46‑1 (MQ=255) tCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGctct < 1:946040/46‑1 (MQ=255) tCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTcagccag > 1:3045687/1‑71 (MQ=255) gtcGATAACGACTGGGTGGAAGTATTCAACGCCAACGGCGCGCTGACt > 1:433713/3‑48 (MQ=12) gtcGATAACGACTGGGTGGAAGTATTCAACGCCAACGGCGCGCTGACt > 1:3904438/3‑48 (MQ=12) gtcGATAACGACTGGGTGGAAGTATTCAACGCCAACGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTca > 1:2057095/3‑64 (MQ=255) gtcGATAACGACTGGGTGGAAGTATTCAACGCCAACGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACg > 1:1991539/3‑71 (MQ=255) gtcGATAACGACTGGGTGGAAGTATTCAACGCCAACGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACg > 1:5386486/3‑71 (MQ=255) gtcGATAACGACTGGGTGGAAGTATTCAACGCCAACGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACg > 1:3982122/3‑71 (MQ=255) gCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGGCAGCg > 1:1210870/1‑71 (MQ=255) gCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCg > 1:1421242/1‑71 (MQ=255) gCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCg > 1:4128563/1‑71 (MQ=255) gCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCg > 1:5591984/1‑71 (MQ=255) gATAACGACTGGGTGGAAGTATTCAACGCCAACGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACgtg < 1:3609679/70‑1 (MQ=255) aTAACGACTGGGTGGAAGTATTCAACGCCAACGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACgtgta < 1:1640830/71‑2 (MQ=255) aTAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGtt > 1:1871631/1‑71 (MQ=255) tAACGACTGGGTGGAAGTATTCAACGCCAACGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACgtgtac > 1:1578511/1‑69 (MQ=255) tAACGACTGGGTGGAAGTATTCAACGCCAACGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACgtgtac > 1:25384/1‑69 (MQ=255) tAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTc < 1:4348712/71‑1 (MQ=255) aaCGACTGGGTGGAAGTATTCAACGCCAACGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACGTGTAcc > 1:5064802/1‑71 (MQ=255) aaCGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTcc > 1:4437493/1‑71 (MQ=255) aaCGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTcc > 1:4115595/1‑71 (MQ=255) gACTGGGTGGAAGTATTCAACGCCAACGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACgtg < 1:4463087/64‑1 (MQ=255) gACTGGGTGGAAGTATTCAACGCCAACGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACgtg < 1:2911574/64‑1 (MQ=255) gACTGGGTGGAAGTATTCAACGCCAACGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACgtg < 1:4456176/64‑1 (MQ=255) gACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGc < 1:3507533/71‑1 (MQ=255) aCTGGATTGAAGTCTTCAACAGAAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCa < 1:4126060/71‑1 (MQ=255) cTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAg > 1:1206532/1‑71 (MQ=255) gATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGt > 1:5522397/1‑48 (MQ=255) gATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAgg < 1:1166388/69‑1 (MQ=255) gATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAgg < 1:234117/69‑1 (MQ=255) gATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAgg < 1:4852113/69‑1 (MQ=255) gATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAgg < 1:4414455/69‑1 (MQ=255) gATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAgg < 1:3770936/69‑1 (MQ=255) gATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAgg < 1:3777645/69‑1 (MQ=255) gATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGa > 1:5364934/1‑71 (MQ=255) gATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGa > 1:3396998/1‑71 (MQ=255) aTTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGt > 1:2849532/1‑44 (MQ=255) gAAGTATTCAACGCCAACGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACGTGTACCGCCGGGCATGAc > 1:2012149/1‑71 (MQ=255) aaGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGAc < 1:388643/70‑1 (MQ=255) aGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGa > 1:1540180/1‑68 (MQ=255) aGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCa < 1:5112215/71‑1 (MQ=255) aGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCa < 1:114199/71‑1 (MQ=255) gTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCat > 1:4671006/1‑71 (MQ=255) gTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCat > 1:1337076/1‑71 (MQ=255) gTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCat > 1:277424/1‑71 (MQ=255) gTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCat > 1:4921961/1‑71 (MQ=255) | GTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCAT > minE/834891‑835024 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |