| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 835,056 | C→A | 10.5% | L1172M (CTG→ATG) ‡ | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 835,056 | 0 | C | A | 10.5% | 298.3 / 13.4 | 95 | L1172M (CTG→ATG) ‡ | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/46); new base A (2/8); total (41/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
TGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAAC > minE/834986‑835125 | tGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAAcc > 1:2168996/1‑71 (MQ=255) gCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAAcct > 1:1216563/1‑71 (MQ=255) cGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAAcctg > 1:4223642/1‑71 (MQ=255) cGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAAcctg > 1:3045363/1‑71 (MQ=255) ttGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAAcctgcct < 1:1044911/71‑1 (MQ=255) ttGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAAcctgcct < 1:3365965/71‑1 (MQ=255) ttGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAAcctgcct < 1:2602551/71‑1 (MQ=255) gTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTgg > 1:4585703/1‑71 (MQ=255) cagccagcGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGtt > 1:4710332/1‑71 (MQ=255) agccagcGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTc > 1:832669/1‑71 (MQ=255) agccagcGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTc > 1:2082186/1‑71 (MQ=255) agccagcGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTc > 1:168575/1‑71 (MQ=255) agccaacGTGTACCGCCGGGCATGACCATGATGTATCACGCCCAGGAACGCATTATGAATATTCCTGGTTc > 1:3183756/1‑71 (MQ=255) ccagcGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCgg < 1:4492449/71‑1 (MQ=255) ccagcGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCgg < 1:641250/71‑1 (MQ=255) ccagcGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGCTTCgg < 1:2188890/71‑1 (MQ=255) ccaacGTGTACCGCCGGGCATGACCATGATGTATCACGCCCAGGAACGCATTATGAATATTCCTGGTTCgg < 1:3500068/71‑1 (MQ=255) agcGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGa > 1:1111952/1‑70 (MQ=255) agcGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGa < 1:5320507/70‑1 (MQ=255) aacGTGTACCGCCGGGCATGACCATGATGTATCACGCCCAGGAACGCATTATGAATATTCCTGGTTCg < 1:1771948/66‑1 (MQ=255) aacGTGTACCGCCGGGCATGACCATGATGTATCACGCCCAGGAACGCATTATGAATATTCCTGGTTCGGaa < 1:4544682/69‑1 (MQ=255) cGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCgg < 1:3043868/67‑1 (MQ=255) cGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCgg < 1:2805172/67‑1 (MQ=255) cGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCgg < 1:5510869/67‑1 (MQ=255) gtgtACCGCCGGGCATGACCATGATGTATCACGCCCAGGAACGCATTATGAATATTCCTGGTTCGGaagt > 1:540723/1‑68 (MQ=255) ttCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGa < 1:3109862/64‑1 (MQ=255) ttCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTAcc > 1:3714975/1‑71 (MQ=255) ccGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGaaa > 1:630580/1‑64 (MQ=255) 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aGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGc > 1:5220430/1‑71 (MQ=255) aGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGc > 1:2105595/1‑71 (MQ=255) aGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGc < 1:3324322/71‑1 (MQ=255) gggATGACCATGATGTACCACGCGCAGTAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCCACAGCg < 1:740230/71‑1 (MQ=255) gggATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAGATTACCCAACAGCg < 1:1989126/71‑1 (MQ=255) gggATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCg < 1:1873344/71‑1 (MQ=255) gggATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCg > 1:32498/1‑71 (MQ=255) aTGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCgtgg < 1:4157222/71‑1 (MQ=255) aTGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCgtgg < 1:1870127/71‑1 (MQ=255) tGACCATGATGTATCACGCCCAGGAACGCATTATGAATATTCCTGGTTCGGaagt < 1:5571842/55‑3 (MQ=255) tGACCATGATGTATCACGCCCAGGAACGCATTATGAATATTCCTGGTTCGGaagt < 1:2520382/55‑3 (MQ=255) gACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAAcc < 1:1715527/38‑1 (MQ=255) gACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAAcc < 1:4424211/38‑1 (MQ=255) gACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAAcc < 1:4516214/38‑1 (MQ=255) aCCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTAc > 1:3980459/1‑56 (MQ=255) ccATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTggtggt < 1:3594538/71‑1 (MQ=255) tgatgTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGa < 1:5377771/46‑1 (MQ=255) tgatgTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGtggtgg > 1:3078849/1‑67 (MQ=255) tgatgTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATc > 1:4629983/1‑71 (MQ=255) atgTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATcc < 1:4719251/70‑1 (MQ=255) atgTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATcc < 1:5501726/70‑1 (MQ=255) tgTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGa < 1:1175358/43‑1 (MQ=255) tgTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCAt < 1:2338144/71‑1 (MQ=255) tgTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCAt < 1:1066530/71‑1 (MQ=255) tgTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCAt < 1:755176/71‑1 (MQ=255) gTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCAt > 1:1364143/1‑70 (MQ=255) tACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATaa > 1:4669266/1‑71 (MQ=255) ccACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACt < 1:1293248/71‑1 (MQ=255) cACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGaaa > 1:2583663/1‑40 (MQ=255) cACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCa < 1:4578529/65‑1 (MQ=255) aCGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCg > 1:316830/1‑71 (MQ=255) cgcgCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCgt > 1:656371/1‑52 (MQ=255) cgcgCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCg < 1:1304411/51‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |