| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 836,047 | G→A | 30.4% | Q255Q (CAG→CAA) | narH → | nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 836,047 | 0 | G | A | 30.4% | 92.2 / 47.9 | 69 | Q255Q (CAG→CAA) | narH | nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/31); new base A (10/11); total (27/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTTCAACTGGAAGAGCGGTAAGTCTGAGAAGTGCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGAC > minE/835981‑836116 | cTTCAACTGGAAAAGCGGCAAGTCAGAAAAATGCATCTTCTGTTACCCACGAATTGAGTCCGGTCAAcc < 1:3325358/69‑1 (MQ=255) cAACTGGAAGAGCGGTAAGTCTGAGAAGTGCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAg > 1:688396/1‑64 (MQ=255) cAACTGGAAGAGCGGTAAGTCTGAGAAGTGCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAg > 1:1748580/1‑64 (MQ=255) cAACTGGAAGAGCGGTAAGTCTGAGAAGTGCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGAGGGTCAg > 1:5459720/1‑64 (MQ=255) aaCTGGAAGAGCGGTAAGTCTGAGAAGTGCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCg < 1:1274678/70‑1 (MQ=255) ggAAAAGCGGCAAGTCAGAAAAATGCATCTTCTGTTACCCACGAATTGAGTCCGGTCAACCGACCGTGTGc > 1:1181434/1‑71 (MQ=255) gAAGAGCGGTAAGTCTGAGAAGTGCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGc < 1:2373275/70‑1 (MQ=255) gCGGTAAGTCTGAGAAGTGCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGaa < 1:3124529/71‑1 (MQ=255) gCGGCAAGTCAGAAAAATGCATCTTCTGTTACCCACGAATTGAGTCCGGTCAACCGACCGTGTGCTCAGaa < 1:2603101/71‑1 (MQ=255) gTAAGTCTGAGAAGTGCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCg < 1:3512480/57‑1 (MQ=255) tAAGTCTGAGAAGTGCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGTGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCt < 1:3052700/71‑1 (MQ=255) aGTCTGAGAAGTGCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCtgt > 1:1209816/1‑71 (MQ=255) aGTCAGAAAAATGCATCTTCTGTTACCCACGAATTGAGTCCGGTCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCtgc > 1:1711302/1‑70 (MQ=255) tCTGAGAAGTGCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGc < 1:4415156/57‑1 (MQ=255) tCTGAGAAGTGCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGc < 1:3871235/57‑1 (MQ=255) tCTGAGAAGTGCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGc < 1:3714398/57‑1 (MQ=255) agaAGTGCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTgtcggt < 1:4389993/71‑1 (MQ=255) agaAGTGCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTgtcgg < 1:508103/70‑1 (MQ=255) aaatGCATCTTCTGTTACCCACGAATTGAGTCCGGTCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCgtgggtc > 1:777092/4‑70 (MQ=255) aatGCATCTTCTGTTACCCACGAATTGAGTCCGGTCAACCGACCGTGTGCTCAGaa < 1:1557606/54‑1 (MQ=255) aatGCATCTTCTGTTACCCACGAATTGAGTCCGGTCAACCGACCGTGTGCTCAGaa < 1:4917612/54‑1 (MQ=255) aatGCATCTTCTGTTACCCACGAATTGAGTCCGGTCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCgtgggtcgc < 1:1656730/69‑2 (MQ=255) aGTGCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGGCGGTCGt < 1:523969/71‑1 (MQ=255) atGCATCTTCTGTTACCCACGAATTGAGTCCGGTCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCgtgggtcgca > 1:3327909/2‑69 (MQ=255) tGCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTAt < 1:401398/71‑1 (MQ=255) gCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAAcc < 1:1254123/56‑1 (MQ=255) aTCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATcct < 1:5139350/71‑2 (MQ=255) aTCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCg < 1:4443711/71‑1 (MQ=255) aTCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCg < 1:1523005/71‑1 (MQ=255) aTCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAAACTGTGTCGGTCGTATCCg < 1:566046/71‑1 (MQ=255) tcttctGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGtgtg < 1:2499695/43‑1 (MQ=255) cttctGTTACCCACGAATTGAGTCCGGTCAACCGACCGTGTGCTCAGa < 1:4473373/48‑1 (MQ=255) ttctGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTa > 1:5082527/1‑71 (MQ=255) tctGTTACCCACGAATTGAGTCCGGTCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTAt > 1:3191624/1‑71 (MQ=255) tctGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTAt > 1:58117/1‑71 (MQ=255) ctGTTACCCACGAATTGAGTCCGGTCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCgtgggtcgca < 1:2475869/62‑3 (MQ=255) ctGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGtt < 1:675981/68‑1 (MQ=255) ctGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGtt < 1:5263314/68‑1 (MQ=255) ctGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTa < 1:5161340/69‑1 (MQ=255) cTATCCGCGTATTTAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCt < 1:4448824/69‑1 (MQ=255) tCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCtt < 1:2319512/67‑1 (MQ=255) tCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCtt < 1:2269130/67‑1 (MQ=255) cgcgTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGt < 1:1879847/70‑1 (MQ=255) gcgTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGc > 1:2062906/1‑71 (MQ=255) cgTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCt > 1:208666/1‑71 (MQ=255) aTTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCt > 1:2992793/1‑68 (MQ=255) aTTGAAGCGGGTCAGACGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCtgtt > 1:2292953/1‑71 (MQ=255) ttGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCtgttg > 1:5677282/1‑71 (MQ=255) tGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCtgttg > 1:866778/1‑70 (MQ=255) tGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCtgttg < 1:2321273/70‑1 (MQ=255) tGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCtgttg > 1:4447281/1‑70 (MQ=255) tGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCtgttg > 1:3838078/1‑70 (MQ=255) tGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCtgttg > 1:3607389/1‑70 (MQ=255) gAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGAGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTa > 1:269440/1‑71 (MQ=255) aaGCGTGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTa < 1:3936445/70‑1 (MQ=255) aGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACg < 1:4309061/71‑1 (MQ=255) tccggTCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTATCTGGGCGTGCt < 1:4354187/59‑1 (MQ=255) tccggTCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTATCTGGGCGTGCt < 1:1297308/59‑1 (MQ=255) tccggTCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTATCTGGGCGTGCTGCTTTACGa > 1:276075/4‑71 (MQ=255) gCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGa > 1:4667558/1‑71 (MQ=255) cggTCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTATCTGGGCGTGCtgc > 1:3915422/2‑61 (MQ=255) cggTCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTATCTGGGCGTGCtgc > 1:5670470/2‑61 (MQ=255) cggTCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTATCTGGGCGTGCtgc > 1:1297300/2‑61 (MQ=255) cggTCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTATCTGGGCGTGCTGCTTTACGac < 1:812112/69‑2 (MQ=255) gTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTAc < 1:2662269/65‑1 (MQ=255) tCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTATCTGGGCGTGCTGCTTTACGACGCCg < 1:5551407/71‑1 (MQ=255) tCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCATGGGTCGCATCCGGTATCTGGGCGTGCTGCTTTACGACGcc > 1:2781159/1‑70 (MQ=255) cAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGa > 1:1801949/1‑71 (MQ=255) aGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGc < 1:3612705/50‑1 (MQ=255) aGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGc < 1:2213539/50‑1 (MQ=255) aGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGAc > 1:4856313/1‑71 (MQ=255) aGCAGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGAc > 1:4834711/1‑71 (MQ=255) gCCGACCGTGTGATCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGcc < 1:1669589/67‑1 (MQ=255) | CTTCAACTGGAAGAGCGGTAAGTCTGAGAAGTGCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGAC > minE/835981‑836116 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |