| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 836,080 | T→C | 19.5% | R266R (CGT→CGC) | narH → | nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 836,080 | 0 | T | C | 19.5% | 153.7 / 31.4 | 77 | R266R (CGT→CGC) | narH | nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/30); new base C (7/8); total (39/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
AGTGCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCACCGAGAACGAGA > minE/836010‑836150 | aGTGCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGGCGGTCGt < 1:523969/71‑1 (MQ=255) tGCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTAt < 1:401398/71‑1 (MQ=255) aTCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATcct < 1:5139350/71‑2 (MQ=255) aTCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCg < 1:1523005/71‑1 (MQ=255) aTCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCg < 1:4443711/71‑1 (MQ=255) aTCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAAACTGTGTCGGTCGTATCCg < 1:566046/71‑1 (MQ=255) ttctGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTa > 1:5082527/1‑71 (MQ=255) tctGTTACCCACGAATTGAGTCCGGTCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTAt > 1:3191624/1‑71 (MQ=255) tctGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTAt > 1:58117/1‑71 (MQ=255) ctGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGtt < 1:675981/68‑1 (MQ=255) ctGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGtt < 1:5263314/68‑1 (MQ=255) ctGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTa < 1:5161340/69‑1 (MQ=255) cTATCCGCGTATTTAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCt < 1:4448824/69‑1 (MQ=255) tCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCtt < 1:2319512/67‑1 (MQ=255) tCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCtt < 1:2269130/67‑1 (MQ=255) cgcgTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGt < 1:1879847/70‑1 (MQ=255) gcgTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGc > 1:2062906/1‑71 (MQ=255) cgTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCt > 1:208666/1‑71 (MQ=255) aTTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCt > 1:2992793/1‑68 (MQ=255) aTTGAAGCGGGTCAGACGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCtgtt > 1:2292953/1‑71 (MQ=255) ttGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCtgttg > 1:5677282/1‑71 (MQ=255) tGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCtgttg > 1:3838078/1‑70 (MQ=255) tGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCtgttg > 1:866778/1‑70 (MQ=255) tGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCtgttg > 1:3607389/1‑70 (MQ=255) tGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCtgttg > 1:4447281/1‑70 (MQ=255) tGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCtgttg < 1:2321273/70‑1 (MQ=255) gAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGAGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTa > 1:269440/1‑71 (MQ=255) aaGCGTGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTa < 1:3936445/70‑1 (MQ=255) 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1:5551407/71‑1 (MQ=255) tCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCATGGGTCGCATCCGGTATCTGGGCGTGCTGCTTTACGACGcc > 1:2781159/1‑70 (MQ=255) cAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGa > 1:1801949/1‑71 (MQ=255) aGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGc < 1:3612705/50‑1 (MQ=255) aGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGc < 1:2213539/50‑1 (MQ=255) aGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGAc > 1:4856313/1‑71 (MQ=255) aGCAGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGAc > 1:4834711/1‑71 (MQ=255) gCCGACCGTGTGATCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGcc < 1:1669589/67‑1 (MQ=255) ccGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTAc < 1:1369153/60‑1 (MQ=255) ccGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTAt > 1:3189075/1‑42 (MQ=25) cGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGc < 1:3257921/70‑1 (MQ=255) cGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGc > 1:125299/1‑70 (MQ=255) cGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGa > 1:1920537/1‑57 (MQ=255) gtgCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCt < 1:5409495/36‑1 (MQ=255) gtgCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCt < 1:2584512/36‑1 (MQ=255) gtgCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAAc > 1:1712571/1‑71 (MQ=255) gtgCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTATCTGGGCGTGCTGCTTTAc < 1:4624859/52‑1 (MQ=255) gtgCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTATCTGGGCGTGCTGCTTTAc < 1:1364331/52‑1 (MQ=255) gtgCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTATCTGGGCGTGCTGCTTTAc < 1:1753677/52‑1 (MQ=255) tgCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGa > 1:1306591/1‑53 (MQ=255) tgCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGa > 1:5142558/1‑53 (MQ=255) tgCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGa > 1:1093989/1‑53 (MQ=255) tgCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTATCTGGGCGTGCTGCTTTAc < 1:1447620/51‑1 (MQ=255) cTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTg < 1:5285365/71‑1 (MQ=255) tCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGt < 1:100427/38‑1 (MQ=255) aGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTa > 1:5124531/1‑45 (MQ=255) aGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGc < 1:447159/69‑1 (MQ=255) aaCCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGcagc > 1:1542849/1‑69 (MQ=255) aCCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGcagccag < 1:1057236/71‑1 (MQ=255) aCCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGcagccag < 1:4551761/71‑1 (MQ=255) cTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGCCGCTATTGAACGTGCAGCCAGCa > 1:3687299/1‑71 (MQ=255) cTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCa > 1:5308503/1‑71 (MQ=255) tgtgTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCAc > 1:516212/1‑71 (MQ=255) gtgtCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGcagc > 1:1822240/1‑64 (MQ=255) tgtCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCAcc > 1:1109144/1‑70 (MQ=255) gtcgTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGc < 1:4986321/43‑1 (MQ=255) gtcgTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGc < 1:4479607/43‑1 (MQ=255) cgTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCACcgagaac > 1:4635675/1‑69 (MQ=255) cgTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCACcgagaac > 1:1731161/1‑69 (MQ=255) gTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCACcgagaac > 1:4330242/1‑68 (MQ=255) tATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCACcgagaacgaga < 1:5545138/71‑1 (MQ=255) | AGTGCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCACCGAGAACGAGA > minE/836010‑836150 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |