| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 836,092 | T→G | 16.9% | L270L (CTT→CTG) | narH → | nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 836,092 | 0 | T | G | 16.9% | 145.2 / 32.1 | 77 | L270L (CTT→CTG) | narH | nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/19); new base G (5/8); total (50/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.22e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
TCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCACCGAGAACGAGAAAGATCTTTA > minE/836026‑836160 | tCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCtt < 1:2269130/67‑1 (MQ=255)tCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCtt < 1:2319512/67‑1 (MQ=255) cgcgTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGt < 1:1879847/70‑1 (MQ=255) gcgTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGc > 1:2062906/1‑71 (MQ=255) cgTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCt > 1:208666/1‑71 (MQ=255) aTTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCt > 1:2992793/1‑68 (MQ=255) aTTGAAGCGGGTCAGACGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCtgtt > 1:2292953/1‑71 (MQ=255) ttGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCtgttg > 1:5677282/1‑71 (MQ=255) tGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCtgttg > 1:4447281/1‑70 (MQ=255) tGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCtgttg < 1:2321273/70‑1 (MQ=255) tGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCtgttg > 1:3607389/1‑70 (MQ=255) tGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCtgttg > 1:3838078/1‑70 (MQ=255) tGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCtgttg > 1:866778/1‑70 (MQ=255) gAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGAGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTa > 1:269440/1‑71 (MQ=255) aaGCGTGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTa < 1:3936445/70‑1 (MQ=255) aGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACg < 1:4309061/71‑1 (MQ=255) tccggTCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTATCTGGGCGTGCt < 1:4354187/59‑1 (MQ=255) tccggTCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTATCTGGGCGTGCt < 1:1297308/59‑1 (MQ=255) tccggTCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTATCTGGGCGTGCTGCTTTACGa > 1:276075/4‑71 (MQ=255) gCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGa > 1:4667558/1‑71 (MQ=255) cggTCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTATCTGGGCGTGCtgc > 1:3915422/2‑61 (MQ=255) cggTCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTATCTGGGCGTGCtgc > 1:5670470/2‑61 (MQ=255) cggTCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTATCTGGGCGTGCtgc > 1:1297300/2‑61 (MQ=255) cggTCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTATCTGGGCGTGCTGCTTTACGac < 1:812112/69‑2 (MQ=255) gTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTAc < 1:2662269/65‑1 (MQ=255) tCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTATCTGGGCGTGCTGCTTTACGACGCCg < 1:5551407/71‑1 (MQ=255) tCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCATGGGTCGCATCCGGTATCTGGGCGTGCTGCTTTACGACGcc > 1:2781159/1‑70 (MQ=255) cAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGa > 1:1801949/1‑71 (MQ=255) aGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGc < 1:3612705/50‑1 (MQ=255) aGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGc < 1:2213539/50‑1 (MQ=255) aGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGAc > 1:4856313/1‑71 (MQ=255) aGCAGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGAc > 1:4834711/1‑71 (MQ=255) gCCGACCGTGTGATCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGcc < 1:1669589/67‑1 (MQ=255) ccGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTAc < 1:1369153/60‑1 (MQ=255) cGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGc > 1:125299/1‑70 (MQ=255) cGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGc < 1:3257921/70‑1 (MQ=255) cGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGa > 1:1920537/1‑57 (MQ=255) gtgCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAAc > 1:1712571/1‑71 (MQ=255) gtgCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTATCTGGGCGTGCTGCTTTAc < 1:1364331/52‑1 (MQ=255) gtgCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTATCTGGGCGTGCTGCTTTAc < 1:1753677/52‑1 (MQ=255) gtgCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTATCTGGGCGTGCTGCTTTAc < 1:4624859/52‑1 (MQ=255) tgCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGa > 1:5142558/1‑53 (MQ=255) tgCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGa > 1:1306591/1‑53 (MQ=255) tgCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGa > 1:1093989/1‑53 (MQ=255) tgCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTATCTGGGCGTGCTGCTTTAc < 1:1447620/51‑1 (MQ=255) cTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTg < 1:5285365/71‑1 (MQ=255) tCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGt < 1:100427/38‑1 (MQ=255) aGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTa > 1:5124531/1‑45 (MQ=255) aGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGc < 1:447159/69‑1 (MQ=255) aaCCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGcagc > 1:1542849/1‑69 (MQ=255) aCCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGcagccag < 1:4551761/71‑1 (MQ=255) aCCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGcagccag < 1:1057236/71‑1 (MQ=255) cTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGCCGCTATTGAACGTGCAGCCAGCa > 1:3687299/1‑71 (MQ=255) cTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCa > 1:5308503/1‑71 (MQ=255) tgtgTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCAc > 1:516212/1‑71 (MQ=255) gtgtCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGcagc > 1:1822240/1‑64 (MQ=255) tgtCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCAcc > 1:1109144/1‑70 (MQ=255) gtcgTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGc < 1:4479607/43‑1 (MQ=255) gtcgTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGc < 1:4986321/43‑1 (MQ=255) cgTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCACcgagaac > 1:1731161/1‑69 (MQ=255) cgTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCACcgagaac > 1:4635675/1‑69 (MQ=255) gTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCACcgagaac > 1:4330242/1‑68 (MQ=255) tATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCACcgagaacgaga < 1:5545138/71‑1 (MQ=255) aTCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAAc > 1:4102071/1‑46 (MQ=255) aTCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCACcgagaacgaga > 1:3000351/1‑70 (MQ=255) tCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCACcgagaacgaga > 1:3121/1‑69 (MQ=255) tCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCACcgagaac > 1:5270669/1‑65 (MQ=255) tCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCACcgagaac > 1:84392/1‑65 (MQ=255) cGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCACcgag > 1:2697642/1‑60 (MQ=255) ttATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCACCGAGAACGAGAAAGATc > 1:3305631/1‑71 (MQ=255) ttATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCACCGAGAACGAGAAAGATc > 1:1709170/1‑71 (MQ=255) ttATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCACCGAGAACGAGAAAGATc > 1:1152525/1‑71 (MQ=255) aTCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGt < 1:183513/41‑1 (MQ=255) aTCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGc > 1:3194964/1‑43 (MQ=255) aTCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGc > 1:4633019/1‑43 (MQ=255) aTCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCACCGAGAACGAGAAAGATCtt > 1:5082793/1‑71 (MQ=255) aTCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCACCGAGAACGAGAAAGATCtt > 1:4687490/1‑71 (MQ=255) aTCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCACCGAGAACGAGAAAGATCtt > 1:4232619/1‑71 (MQ=255) cTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCACCGAGAACGAGAAAGATCTTTa > 1:5420955/1‑71 (MQ=255) ttGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACg < 1:471528/37‑1 (MQ=255) | TCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCACCGAGAACGAGAAAGATCTTTA > minE/836026‑836160 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |