| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 836,356 | T→G | 36.1% | P358P (CCT→CCG) | narH → | nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 836,356 | 0 | T | G | 36.1% | 22.8 / 53.3 | 50 | P358P (CCT→CCG) | narH | nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/12); new base G (16/2); total (36/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.63e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.17e-01 | |||||||||||
GGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGACGTCGA > minE/836287‑836424 | ggaatggaaACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCct > 1:5205541/1‑70 (MQ=255) gaatggaaACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCctct < 1:4974303/71‑1 (MQ=255) gaatggaaACTGGCGCTGCCGATGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCctct < 1:4317579/71‑1 (MQ=255) gaaACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACTCTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGtctc > 1:898755/1‑71 (MQ=255) gaaACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGtctc > 1:1106516/1‑71 (MQ=255) aaCTGGCGCTGCCGCTGCAT‑CGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGa > 1:1745074/1‑71 (MQ=255) aCTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGa > 1:3532809/1‑71 (MQ=255) aCTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGa > 1:2629192/1‑71 (MQ=255) cTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGAt > 1:3961595/1‑71 (MQ=255) gcgcTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTc < 1:3956426/70‑1 (MQ=255) ctgccgctgcATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTc < 1:1295124/71‑1 (MQ=255) ctgccgctgcATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTc < 1:798081/71‑1 (MQ=255) ctaccgttgcACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTc < 1:3645200/68‑1 (MQ=255) accgttgcACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTcc > 1:3151648/2‑69 (MQ=255) accgttgcACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTcc > 1:5270579/2‑69 (MQ=255) ccgttgcACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTccta > 1:1586877/1‑68 (MQ=255) ccgttgcACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTccta > 1:1899481/1‑68 (MQ=255) gctgcATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTgcag > 1:5023683/1‑71 (MQ=255) 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gCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCt > 1:4586144/1‑70 (MQ=255) gCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCt < 1:2644087/70‑1 (MQ=255) gCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTg > 1:4592256/1‑71 (MQ=255) cccTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGAtt < 1:21667/39‑1 (MQ=19) cTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCa > 1:1628605/1‑41 (MQ=255) cTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCa > 1:1838256/1‑41 (MQ=255) cTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCa > 1:641615/1‑41 (MQ=255) cTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCa > 1:3991079/1‑41 (MQ=255) cTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCa > 1:2470089/1‑41 (MQ=255) cTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAcgc < 1:1046456/56‑1 (MQ=255) tGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGt > 1:1442418/1‑42 (MQ=255) tGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTc > 1:3977702/1‑43 (MQ=255) tGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTc > 1:3143858/1‑43 (MQ=255) gCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCa > 1:3657054/1‑39 (MQ=25) ccGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCaa > 1:592186/1‑71 (MQ=255) gTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCgg < 1:3494288/49‑1 (MQ=255) tGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCt > 1:3697889/1‑71 (MQ=255) tGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCt > 1:1209312/1‑71 (MQ=255) gTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGc < 1:1394618/71‑1 (MQ=255) cGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCa < 1:1512568/62‑1 (MQ=255) tGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAc < 1:40820/35‑1 (MQ=255) ccgccTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGACGt < 1:2813391/71‑1 (MQ=255) cgccTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGACGTc > 1:3174540/1‑71 (MQ=255) gccTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGACGTc > 1:5416584/1‑70 (MQ=255) gccTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGACGTc > 1:4489950/1‑70 (MQ=255) ccTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGACGTCg < 1:4985548/70‑1 (MQ=255) tctGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGt < 1:1116983/43‑1 (MQ=255) tctGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGACGTCGa > 1:3588407/1‑69 (MQ=255) | GGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGACGTCGA > minE/836287‑836424 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |