| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 836,362 | T→A | 36.0% | S360S (TCT→TCA) | narH → | nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 836,362 | 0 | T | A | 36.0% | 48.6 / 49.1 | 50 | S360S (TCT→TCA) | narH | nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/13); new base A (16/2); total (35/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.17e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
GAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGACGTCGA > minE/836293‑836424 | gaaACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACTCTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGtctc > 1:898755/1‑71 (MQ=255)gaaACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGtctc > 1:1106516/1‑71 (MQ=255) aaCTGGCGCTGCCGCTGCAT‑CGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGa > 1:1745074/1‑71 (MQ=255) aCTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGa > 1:3532809/1‑71 (MQ=255) aCTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGa > 1:2629192/1‑71 (MQ=255) cTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGAt > 1:3961595/1‑71 (MQ=255) gcgcTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTc < 1:3956426/70‑1 (MQ=255) ctgccgctgcATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTc < 1:798081/71‑1 (MQ=255) ctgccgctgcATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTc < 1:1295124/71‑1 (MQ=255) ctaccgttgcACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTc < 1:3645200/68‑1 (MQ=255) accgttgcACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTcc > 1:5270579/2‑69 (MQ=255) accgttgcACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTcc > 1:3151648/2‑69 (MQ=255) ccgttgcACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTccta > 1:1586877/1‑68 (MQ=255) ccgttgcACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTccta > 1:1899481/1‑68 (MQ=255) gctgcATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTgcag > 1:5023683/1‑71 (MQ=255) gcATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTgcag > 1:2268040/1‑68 (MQ=255) gcATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTgcag > 1:5697420/1‑68 (MQ=255) aTCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAc < 1:1530561/71‑1 (MQ=255) ccGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAcgc > 1:5116879/1‑71 (MQ=255) ccGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAcgc > 1:4999635/1‑71 (MQ=255) cGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAcgcg > 1:4769901/1‑71 (MQ=255) gAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAcg > 1:1222459/1‑67 (MQ=255) gAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAcg > 1:1221790/1‑67 (MQ=255) gAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTCCTACGCAGATGCggg > 1:3054384/1‑71 (MQ=255) gCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCt < 1:2644087/70‑1 (MQ=255) gCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCt > 1:4586144/1‑70 (MQ=255) gCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTg > 1:4592256/1‑71 (MQ=255) cccTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGAtt < 1:21667/39‑1 (MQ=19) cTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCa > 1:2470089/1‑41 (MQ=255) cTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCa > 1:1838256/1‑41 (MQ=255) cTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCa > 1:641615/1‑41 (MQ=255) cTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCa > 1:1628605/1‑41 (MQ=255) cTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCa > 1:3991079/1‑41 (MQ=255) cTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAcgc < 1:1046456/56‑1 (MQ=255) tGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGt > 1:1442418/1‑42 (MQ=255) tGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTc > 1:3977702/1‑43 (MQ=255) tGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTc > 1:3143858/1‑43 (MQ=255) gCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCa > 1:3657054/1‑39 (MQ=25) ccGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCaa > 1:592186/1‑71 (MQ=255) gTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCgg < 1:3494288/49‑1 (MQ=255) tGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCt > 1:3697889/1‑71 (MQ=255) tGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCt > 1:1209312/1‑71 (MQ=255) gTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGc < 1:1394618/71‑1 (MQ=255) cGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCa < 1:1512568/62‑1 (MQ=255) tGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAc < 1:40820/35‑1 (MQ=255) ccgccTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGACGt < 1:2813391/71‑1 (MQ=255) cgccTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGACGTc > 1:3174540/1‑71 (MQ=255) gccTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGACGTc > 1:5416584/1‑70 (MQ=255) gccTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGACGTc > 1:4489950/1‑70 (MQ=255) ccTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGACGTCg < 1:4985548/70‑1 (MQ=255) tctGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGt < 1:1116983/43‑1 (MQ=255) tctGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGACGTCGa > 1:3588407/1‑69 (MQ=255) tcCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAAc > 1:523614/1‑43 (MQ=255) | GAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGACGTCGA > minE/836293‑836424 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |