| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 852,453 | C→T | 7.3% | V55V (GTG→GTA) | yciC ← | predicted inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 852,453 | 0 | C | T | 7.3% | 320.2 / 9.9 | 109 | V55V (GTG→GTA) | yciC | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (54/47); new base T (4/4); total (58/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
TGTTGCTGTTCCGGTGACATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGCCCTAACACCACTGTGATA > minE/852391‑852522 | tgttgCTGTTCCGGTGACATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGt > 1:762126/1‑70 (MQ=255)tgttgCTGTTCCGGTGACATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGt < 1:5365350/70‑1 (MQ=255) gttgCTGTTCCGGTGACATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTc < 1:1548866/70‑1 (MQ=255) gCTGTTCCGGTGACATATTCTGAACCAGGTCTAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGTACGcc < 1:713777/64‑1 (MQ=255) gCTGTTCCGGTGACATATTCTGAACCAGGTCGAACATCCCACTACTGCCGCTAACGGGTACGcc < 1:2213749/64‑1 (MQ=255) gCTGTTCCGGTGACATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGTACTcc < 1:3811013/64‑1 (MQ=255) gCTGTTCCGGTGACATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGTACGcc < 1:273236/64‑1 (MQ=255) cTGTTCCGGTGACATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTg < 1:2823166/70‑1 (MQ=255) cTGTTCCGGTGACATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTg < 1:5592115/70‑1 (MQ=255) gTTCCGGTGACATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTg < 1:612631/68‑1 (MQ=255) gTTCCGGTGACATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGc > 1:370519/1‑71 (MQ=255) ttCCGGTGACATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTGCTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAg < 1:4850546/69‑1 (MQ=255) ccGGTGACATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCAtt > 1:3646624/1‑64 (MQ=255) ccGGTGACATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTg > 1:2989942/1‑70 (MQ=255) ccGGTGACATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTg > 1:436728/1‑70 (MQ=255) tGACATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCAt > 1:5208042/1‑59 (MQ=255) aCATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCa < 1:1187161/56‑1 (MQ=255) aCATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGc > 1:5092337/1‑62 (MQ=255) aCATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGc > 1:382566/1‑71 (MQ=255) cATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGc < 1:4351183/70‑1 (MQ=255) cATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCt > 1:3317050/1‑71 (MQ=255) tatTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCtgt > 1:5017172/1‑71 (MQ=255) ttCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTc > 1:2809535/1‑50 (MQ=255) ttCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCaa > 1:4819584/1‑64 (MQ=255) ttCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCaa > 1:2818712/1‑64 (MQ=255) ttCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCtgtg > 1:1521602/1‑70 (MQ=255) tGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGTACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCAt > 1:5303775/1‑70 (MQ=255) tGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGTACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCAt > 1:493347/1‑70 (MQ=255) tGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGTACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCAt > 1:799163/1‑70 (MQ=255) tGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGTACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCAt > 1:2282734/1‑70 (MQ=255) tGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAg > 1:345141/1‑53 (MQ=255) tGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAg > 1:5614644/1‑53 (MQ=255) aaCCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCAt < 1:3747225/68‑1 (MQ=255) aaCCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCAt < 1:535223/68‑1 (MQ=255) aaCCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCAt < 1:5310957/68‑1 (MQ=255) aaCCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCAt < 1:1612361/68‑1 (MQ=255) aaCCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCAt < 1:4598481/68‑1 (MQ=255) aaCCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCa > 1:3964711/1‑70 (MQ=255) cAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTg < 1:186943/46‑1 (MQ=255) cAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTgg < 1:5637260/71‑1 (MQ=255) cAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTgg < 1:4702492/71‑1 (MQ=255) aGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTggg > 1:2870781/1‑71 (MQ=255) ggTGGAACAACCCACTACTGACGCTAACGGGCACGCCGt < 1:3423423/39‑1 (MQ=38) ggTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAg > 1:3351792/1‑46 (MQ=255) ggTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAg > 1:2091644/1‑46 (MQ=255) ggTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAg > 1:2234618/1‑46 (MQ=255) ggTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGt < 1:118444/71‑1 (MQ=255) cGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCAtt > 1:3490919/1‑40 (MQ=255) cGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCAtt > 1:432366/1‑40 (MQ=255) cGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCAt > 1:2359823/1‑39 (MQ=255) cGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCAt > 1:2626718/1‑39 (MQ=255) cGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCAt > 1:253208/1‑39 (MQ=255) cGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAg > 1:3482779/1‑43 (MQ=255) cGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAg > 1:3404492/1‑43 (MQ=255) gAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTgaga < 1:2283804/71‑1 (MQ=255) gAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTgag < 1:1118205/70‑1 (MQ=255) aacaacCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGaa < 1:1230569/71‑1 (MQ=255) aacaacCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGaa < 1:377924/71‑1 (MQ=255) acaacCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGaa > 1:1223714/1‑70 (MQ=255) acaacCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGaa > 1:3915901/1‑70 (MQ=255) acaacCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGaa > 1:2768570/1‑70 (MQ=255) caacCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGaaaa > 1:5492717/1‑71 (MQ=255) ccACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATg < 1:5162158/71‑1 (MQ=255) cACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGc < 1:1689320/44‑1 (MQ=255) cACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGc < 1:1099037/71‑1 (MQ=255) cACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGc > 1:3881396/1‑71 (MQ=255) cACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGc < 1:3800349/71‑1 (MQ=255) actactGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATg < 1:703277/69‑1 (MQ=255) actactGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGcc < 1:4028870/71‑1 (MQ=255) actactGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGcc < 1:73699/71‑1 (MQ=255) tactGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGTGTGAGaaa < 1:3759069/62‑1 (MQ=255) tactGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGaaa < 1:3751578/62‑1 (MQ=255) tactGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGaaa < 1:1745343/62‑1 (MQ=255) tactGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGaaa < 1:4817864/62‑1 (MQ=255) tactGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGaaa < 1:482642/62‑1 (MQ=255) tactGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACa > 1:5445694/1‑65 (MQ=255) tactGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGccc > 1:3334111/1‑70 (MQ=255) tactGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGccc > 1:3692010/1‑70 (MQ=255) tactGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGccc > 1:1108925/1‑70 (MQ=255) actGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGCCCt > 1:536953/1‑70 (MQ=255) actGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGCCCt > 1:2474867/1‑70 (MQ=255) actGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGCCCt > 1:3533430/1‑70 (MQ=255) actGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGCCCt > 1:115454/1‑70 (MQ=255) actGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGCCCt > 1:1516273/1‑70 (MQ=255) tGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGCCCTaa < 1:1681030/70‑1 (MQ=255) gCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGCCCTAaca > 1:3882112/1‑71 (MQ=255) gCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGCCCTaa < 1:3548208/66‑1 (MQ=255) gCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGCCCTaa < 1:5436483/66‑1 (MQ=255) cTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATc < 1:1263637/41‑1 (MQ=255) aCGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGCCCTAACACCACt < 1:4288069/69‑1 (MQ=255) cGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGCCCTAACACCACtgt > 1:2423880/1‑70 (MQ=255) gggCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGCCCTAACACCACTGTGa > 1:4242536/1‑71 (MQ=255) ggCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATg > 1:1134635/1‑53 (MQ=255) ggCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATg > 1:3110146/1‑53 (MQ=255) gCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGCCCTAACACCACTGTGAt < 1:5170632/70‑1 (MQ=255) gCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGCCCTAACACCACTGTGATa < 1:296880/71‑1 (MQ=255) gCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGCCCTAACACCACTGTGATa < 1:2911368/71‑1 (MQ=255) gCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGCCCTAACACCACTGTGATa < 1:4793579/71‑1 (MQ=255) gCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGCCCTAACACCACTGTGATa < 1:1839179/71‑1 (MQ=255) ccACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGCCCTAACACCACTGTGATa < 1:2013055/70‑1 (MQ=255) | TGTTGCTGTTCCGGTGACATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGCCCTAACACCACTGTGATA > minE/852391‑852522 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |