| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 214,925 | A→C | 70.0% | D12A (GAT→GCT) | dnaQ → | DNA polymerase III epsilon subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 214,925 | 0 | A | C | 70.0% | 506.5 / 180.1 | 276 | D12A (GAT→GCT) | dnaQ | DNA polymerase III epsilon subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (57/26); new base C (92/101); total (149/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.54e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
AACTGTAAAACGACAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGTGCC > minE/214855‑214995 | cTGTAAAACGACAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCACGATa > 1:1232111/1‑71 (MQ=255) aaaaCGACAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATAcc > 1:1461393/1‑69 (MQ=255) ctcAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAacca > 1:73701/3‑71 (MQ=255) tcAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAac < 1:397196/67‑1 (MQ=255) aaGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCg > 1:2895135/1‑71 (MQ=255) cTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGaaa > 1:347227/1‑61 (MQ=255) aCATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGaa > 1:1626572/1‑71 (MQ=255) aCATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGaa > 1:2754008/1‑71 (MQ=255) aCATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGaa > 1:4197595/1‑71 (MQ=255) cATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc < 1:1058026/71‑1 (MQ=255) cATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc < 1:4207633/71‑1 (MQ=255) tAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCgg < 1:1453806/62‑1 (MQ=255) tAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCa < 1:2223219/71‑1 (MQ=255) tAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCa < 1:1976825/71‑1 (MQ=255) tAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCa < 1:2533216/71‑1 (MQ=255) tAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCa < 1:1703539/71‑1 (MQ=255) tAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAAc > 1:769434/1‑69 (MQ=255) aaaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc > 1:5297072/1‑68 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGa > 1:1316181/1‑45 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc > 1:1597719/1‑67 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc > 1:1760738/1‑67 (MQ=255) aTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGa > 1:4025945/1‑70 (MQ=255) aCCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTg < 1:1046752/70‑1 (MQ=255) ccGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGt < 1:1802871/71‑1 (MQ=255) cGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTg > 1:1339242/1‑71 (MQ=255) tATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTgcg > 1:2773586/1‑70 (MQ=255) aTGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCa > 1:4932414/1‑71 (MQ=255) aTGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAaccac > 1:2148896/1‑47 (MQ=255) aTGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGATCCAGATTGGTGCGCa > 1:66557/1‑71 (MQ=255) tGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAg < 1:5265950/59‑1 (MQ=255) tGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAg < 1:4833459/59‑1 (MQ=255) tGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAg < 1:3081269/59‑1 (MQ=255) tGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAtt < 1:4381817/62‑1 (MQ=255) tGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAtt < 1:3829310/62‑1 (MQ=255) tGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAtt < 1:3712435/62‑1 (MQ=255) tGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCAc < 1:968480/71‑1 (MQ=255) tGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCAc < 1:2704918/71‑1 (MQ=255) gAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTgcg < 1:3902611/67‑1 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTAcc > 1:4275133/1‑36 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTAcc > 1:5577126/1‑36 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTa > 1:892572/1‑71 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTa > 1:5433870/1‑71 (MQ=255) gCACTGCATTTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTa < 1:5624041/70‑1 (MQ=255) gCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAt < 1:2290870/58‑1 (MQ=255) cACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:5182075/71‑1 (MQ=255) cACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:3179595/71‑1 (MQ=255) gCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAgg > 1:573601/1‑71 (MQ=255) gCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAgg > 1:3641491/1‑71 (MQ=255) gCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAaccac > 1:5359034/1‑38 (MQ=255) gCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTAt > 1:2186730/1‑44 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGc > 1:5254657/1‑71 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGAACTATGAAGGc > 1:3488354/1‑71 (MQ=255) aTTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc < 1:2448811/45‑1 (MQ=38) aTTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTAt < 1:1849165/63‑1 (MQ=255) ttACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:3349360/63‑1 (MQ=255) ttACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:4703090/63‑1 (MQ=255) ttACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:5153662/63‑1 (MQ=255) ttACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGa < 1:3465458/64‑1 (MQ=255) ttACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac < 1:2071072/71‑1 (MQ=255) ttACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac < 1:4363118/71‑1 (MQ=255) tACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac > 1:2005258/1‑70 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGaaac > 1:5050722/1‑41 (MQ=37) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGa > 1:812832/1‑46 (MQ=39) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCa > 1:789121/1‑56 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa > 1:2206126/1‑63 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAg > 1:4802311/1‑64 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac > 1:2396785/1‑69 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac > 1:2610468/1‑69 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa > 1:2675376/1‑63 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa > 1:1494087/1‑63 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac > 1:3046517/1‑69 (MQ=255) acGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTAt < 1:343710/58‑1 (MQ=255) cGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGAt < 1:1379114/71‑1 (MQ=255) cAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAt < 1:1033091/71‑1 (MQ=255) aGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTAt < 1:113424/53‑1 (MQ=255) aGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTAt < 1:1102196/53‑1 (MQ=255) aGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt < 1:5519357/71‑1 (MQ=255) gATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:484422/1‑70 (MQ=255) gATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:3549883/1‑70 (MQ=255) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAt < 1:4140759/38‑1 (MQ=37) aTCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa < 1:3879901/67‑1 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGa > 1:2313913/1‑52 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:1532179/1‑68 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTga < 1:2831137/70‑1 (MQ=255) 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1:4647211/1‑38 (MQ=255) tcGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTgcg > 1:3580809/1‑38 (MQ=255) tcGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTgcg > 1:210453/1‑38 (MQ=255) gATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGTGc > 1:3003124/1‑71 (MQ=255) aTACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGt > 1:476154/1‑68 (MQ=255) | AACTGTAAAACGACAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGTGCC > minE/214855‑214995 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |