| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,014,991 | G→T | 32.9% | R360S (CGC→AGC) ‡ | fumA ← | aerobic Class I fumarate hydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,014,991 | 0 | G | T | 32.9% | 137.6 / 58.7 | 85 | R360S (CGC→AGC) ‡ | fumA | aerobic Class I fumarate hydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/24); new base T (14/14); total (47/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAGCGTGTAGAAACGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGTTTT > minE/1014921‑1015061 | aaGCGTGTAGAAACGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAAcgcg > 1:5622352/1‑71 (MQ=255) aGCGTGTAGAAACGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACgcgc < 1:700668/71‑1 (MQ=255) tgtAGAAACGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCg < 1:5153970/71‑1 (MQ=255) tAGAAACGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCt < 1:734071/71‑1 (MQ=255) tAGAAACGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCt < 1:5422825/71‑1 (MQ=255) gAAACGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTc < 1:3522649/71‑1 (MQ=255) gAAACGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTc < 1:1180063/71‑1 (MQ=255) gAAACGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTc < 1:4334335/71‑1 (MQ=255) gAAACGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTc < 1:5587656/71‑1 (MQ=255) aaaCGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCg < 1:1062587/71‑1 (MQ=255) aaCGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCg < 1:3743063/70‑1 (MQ=255) aaCGGGATACTGCGACAACTGTGCGA‑GATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGcc < 1:5172977/71‑1 (MQ=255) aCGGGATACTGTGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGcc < 1:1118155/71‑1 (MQ=255) aCGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGcc > 1:5463478/1‑71 (MQ=255) gATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTtct > 1:3546580/1‑71 (MQ=255) ttGCGAAAGCTGGGCGAGGATCTCTTTCATCGGGCGGTTAAGTTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCAccgg < 1:987450/70‑3 (MQ=255) ttGCGAAAGCTGGGCGAGGATCTCTTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTtc < 1:325874/65‑1 (MQ=255) cTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGc > 1:1841169/1‑62 (MQ=255) gCGAAAGCTGGGCGAGGATCTCTTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGcc > 1:3862539/1‑70 (MQ=255) cGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCtt < 1:62822/71‑1 (MQ=255) aCAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGc < 1:3567322/67‑1 (MQ=255) cAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTgc > 1:1127810/1‑71 (MQ=255) aaCTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCAc > 1:1600901/1‑47 (MQ=255) aaCTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTgcg < 1:2852920/71‑1 (MQ=255) gcTGGGCGAGGATCTCTTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGgcgc < 1:4029525/70‑1 (MQ=255) gcTGGGCGAGGATCTCTTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGgcgc < 1:3847078/70‑1 (MQ=255) cTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGc > 1:3945951/1‑53 (MQ=255) cTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTgcg > 1:5190752/1‑69 (MQ=255) cTGGGCGAGGATCTCTTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCa < 1:5281155/71‑1 (MQ=255) tgCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGct > 1:2447807/1‑71 (MQ=255) tgCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGc < 1:4014522/70‑1 (MQ=255) cGAGGATCTCTTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAGttct < 1:5311474/71‑1 (MQ=255) gAGGATCTCTTTCATCGGGCGGTTAATGTCAACTTTCACCGCTTCGcc < 1:4268016/48‑1 (MQ=25) gAGGATCTCTTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGcc < 1:3374172/48‑1 (MQ=37) gAGGATCTCTTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAGTTCtt < 1:2465297/71‑1 (MQ=255) gAGGATCTCTTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAGTTCtt > 1:4719536/1‑71 (MQ=255) ggATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTcc < 1:3887002/71‑1 (MQ=255) gATCTCTTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAGTTCttgtg < 1:3068296/71‑4 (MQ=255) gATCTCTTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAGTTCttgtg < 1:4259137/71‑4 (MQ=255) tctcTTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAGttct > 1:2940352/1‑65 (MQ=255) tctcTTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAGttct > 1:2350452/1‑65 (MQ=255) tctTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTtc < 1:5614804/44‑1 (MQ=25) tctTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAg > 1:5496678/1‑59 (MQ=255) tctTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAg > 1:4678574/1‑59 (MQ=255) tctTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTc < 1:627218/38‑1 (MQ=255) ctTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCtt > 1:1172061/1‑36 (MQ=19) tttCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCTCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCgg < 1:2311441/66‑1 (MQ=255) tttCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCtt > 1:3682484/1‑41 (MQ=255) tttCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCtt > 1:3832311/1‑41 (MQ=255) tttCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCtt < 1:4439401/50‑1 (MQ=255) tttCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCgg < 1:3736445/66‑1 (MQ=255) tttCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCgg < 1:1159007/66‑1 (MQ=255) tttCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGata > 1:4984110/1‑70 (MQ=255) ttCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGatata > 1:2253598/1‑71 (MQ=255) tCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTtctc > 1:2481659/1‑42 (MQ=255) tCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTtctc > 1:3161498/1‑42 (MQ=255) tCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTtctc > 1:716215/1‑42 (MQ=255) tCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGatat < 1:580646/69‑1 (MQ=255) cATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGatatat < 1:5345646/70‑1 (MQ=255) aTCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAGttc > 1:191617/1‑56 (MQ=255) gcGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAGTTCTTGTGGAATGTACTGGCCTg < 1:1535543/70‑1 (MQ=255) cGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGata > 1:278606/1‑60 (MQ=255) cGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGata > 1:604235/1‑60 (MQ=255) cGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGata > 1:1666905/1‑60 (MQ=255) ggTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAGTTCTTGTGGAATGTACTGGCCTg < 1:3973303/69‑1 (MQ=255) gTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGatata < 1:1932995/60‑1 (MQ=255) ttAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAGTTCTTGTGGAATGTACTGGCCTgggt > 1:3086546/1‑68 (MQ=255) ttAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGc > 1:4762380/1‑64 (MQ=255) ttAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGc > 1:994112/1‑64 (MQ=255) ttAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGAt > 1:1242021/1‑70 (MQ=255) tAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAGTTCttgt > 1:3407854/1‑48 (MQ=12) tAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAGTTCttgt > 1:4421043/1‑48 (MQ=12) tAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAGTTCTTGTGGAATGTACTGGCCTGGGttg > 1:515249/1‑70 (MQ=255) tAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAGTTCTTGTGGAATGTACTGGCCTGGGttg > 1:4670912/1‑70 (MQ=255) tAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTg > 1:2250094/1‑38 (MQ=255) tAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGatata > 1:3206924/1‑58 (MQ=255) tAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGatata > 1:4125810/1‑58 (MQ=255) tAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGatata > 1:3200222/1‑58 (MQ=255) tAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGatata > 1:4132302/1‑58 (MQ=255) tAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTa > 1:4273965/1‑71 (MQ=255) aaGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAGTTCTTGTGGAATGTACTGGCCTGGGttgt > 1:836348/1‑69 (MQ=255) aaGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGct > 1:5376067/1‑44 (MQ=255) aaGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTAt > 1:3408586/1‑71 (MQ=255) aaCGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTc > 1:835567/1‑42 (MQ=255) aaCGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTc > 1:4955736/1‑42 (MQ=255) aaCGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCg > 1:2314612/1‑44 (MQ=255) aaCGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTc > 1:4136100/1‑69 (MQ=255) gcgcACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGtt > 1:1228562/1‑71 (MQ=255) gcACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGtttt < 1:1686862/71‑1 (MQ=255) | AAGCGTGTAGAAACGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGTTTT > minE/1014921‑1015061 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |