| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 218,106 | G→T | 82.3% | E31D (GAG→GAT) | yafF → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 218,106 | 0 | G | T | 82.3% | 486.2 / 125.4 | 260 | E31D (GAG→GAT) | yafF | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/30); new base T (97/117); total (113/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
GAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCT > minE/218039‑218168 | aagaGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAgg < 1:5116099/71‑1 (MQ=255) gagGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAgg < 1:3475987/69‑1 (MQ=255) gAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTAtt > 1:4751481/1‑70 (MQ=255) aaaTGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTc > 1:2406640/1‑70 (MQ=255) aaaTGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTc > 1:1071531/1‑70 (MQ=255) cGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAgg > 1:1425078/1‑71 (MQ=255) gccgcagAATTATTTTCAGGGATACGGCACATCGCTATTAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAgg > 1:1937179/4‑70 (MQ=255) cagAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATgag < 1:212942/53‑1 (MQ=255) gAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGtt < 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aTTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAag < 1:4191737/67‑1 (MQ=255) aTTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAag < 1:724639/67‑1 (MQ=255) aTTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGt < 1:4618368/54‑1 (MQ=255) ttGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGa > 1:5177139/1‑62 (MQ=255) ttGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcagc > 1:2714515/1‑70 (MQ=255) ttGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcagc > 1:1312504/1‑70 (MQ=255) ttGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcagc > 1:1639338/1‑70 (MQ=255) tGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCa > 1:5341089/1‑71 (MQ=255) cgCTATTAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCa > 1:2160613/2‑71 (MQ=255) gCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCaa > 1:3295413/1‑35 (MQ=255) gCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGa > 1:4439111/1‑55 (MQ=255) gCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGa > 1:588326/1‑55 (MQ=255) gCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCa < 1:5459901/70‑1 (MQ=255) gCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCAt > 1:1272297/1‑71 (MQ=255) gCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCAt > 1:4572765/1‑71 (MQ=255) gCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCAt > 1:870558/1‑71 (MQ=255) gCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCa < 1:3770252/70‑1 (MQ=255) cTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCAt < 1:4655726/70‑1 (MQ=255) cTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATg < 1:405282/71‑1 (MQ=255) tATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATg < 1:4421469/70‑1 (MQ=255) aTTAATATTTTTACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAg < 1:2085583/44‑1 (MQ=255) aTTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAg < 1:3592985/37‑1 (MQ=255) ttAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTaa < 1:198751/49‑1 (MQ=255) ttAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATgg < 1:490659/69‑1 (MQ=255) tAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTaa > 1:4381674/1‑48 (MQ=255) tAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTaa > 1:1953704/1‑48 (MQ=255) aaTATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGa > 1:5088539/1‑42 (MQ=255) aaTATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGTCGTAAGATGCGAAAagcagc > 1:1517234/1‑62 (MQ=255) aaTATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTaa > 1:3095049/1‑47 (MQ=255) aaTATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagca > 1:2618110/1‑60 (MQ=255) aaTATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACa < 1:5304034/70‑1 (MQ=255) aaTATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAg < 1:4197259/41‑1 (MQ=255) aaTATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGa > 1:931547/1‑49 (MQ=255) tatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTaa < 1:3997142/45‑1 (MQ=255) tatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAg > 1:4905608/1‑46 (MQ=255) tatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGa < 1:1887636/70‑1 (MQ=255) tatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGa > 1:2251442/1‑70 (MQ=255) tatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGa < 1:5140282/70‑1 (MQ=255) tatTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcagc < 1:2861242/60‑1 (MQ=255) tatTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTaa < 1:320864/38‑1 (MQ=38) ttttGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGaa < 1:2682839/51‑1 (MQ=255) ttttGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGaa < 1:3282201/69‑1 (MQ=255) ttttAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACg < 1:1505664/40‑1 (MQ=255) tttAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCAt < 1:2938737/60‑1 (MQ=255) ttaaCGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGATAGAAACt < 1:2379544/67‑1 (MQ=255) ttaaCGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGATAGAAACTa > 1:2987804/4‑71 (MQ=255) gACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcag < 1:5605300/53‑1 (MQ=255) aCGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCt < 1:4838807/71‑1 (MQ=255) aaTGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGAt < 1:5235276/38‑1 (MQ=255) aaTGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGc < 1:1375362/40‑1 (MQ=255) tGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGaaa < 1:3064711/42‑1 (MQ=255) tGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATg < 1:3015676/52‑1 (MQ=255) tGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATg < 1:3461271/52‑1 (MQ=255) tGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATg < 1:3902608/52‑1 (MQ=255) tGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTATCt < 1:5416401/66‑1 (MQ=255) tGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTATCt < 1:4857886/66‑1 (MQ=255) gagaAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGcc < 1:5646242/48‑1 (MQ=255) agaAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCAt < 1:3568810/49‑1 (MQ=255) | GAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCT > minE/218039‑218168 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |