| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,201,840 | T→G | 17.6% | S331S (TCT→TCG) | sdaA → | L‑serine deaminase I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,201,840 | 0 | T | G | 17.6% | 112.4 / 23.7 | 57 | S331S (TCT→TCG) | sdaA | L‑serine deaminase I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/22); new base G (5/5); total (30/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.87e-01 | |||||||||||
CGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTT > minE/1201773‑1201909 | cGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGGGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTCtt < 1:2448757/71‑1 (MQ=255) gACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTc < 1:4459907/71‑1 (MQ=255) cTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTg > 1:1593093/1‑71 (MQ=255) taCCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCg > 1:4342796/1‑70 (MQ=255) cccGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCgg > 1:2522213/1‑69 (MQ=255) ccGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCgg < 1:3460034/68‑1 (MQ=255) gTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAgtt > 1:3047871/1‑71 (MQ=255) ttACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAgttg < 1:1793481/71‑1 (MQ=255) tACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCctct < 1:3612499/51‑1 (MQ=255) cTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAgttggt < 1:1758321/70‑1 (MQ=255) tATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAg > 1:3451637/1‑62 (MQ=255) tATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAg > 1:2194064/1‑62 (MQ=255) tATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGc < 1:5313353/70‑1 (MQ=255) tATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGc > 1:4301139/1‑70 (MQ=255) tGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCa < 1:1872239/70‑1 (MQ=255) ggCAGCGAGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCa < 1:5188995/69‑1 (MQ=255) cAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAgtt > 1:3836782/1‑59 (MQ=255) gCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCa > 1:50090/1‑65 (MQ=255) gCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGa < 1:1280949/71‑1 (MQ=255) gCGGGCGCGATTGGTACATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGcc > 1:380683/1‑64 (MQ=255) cgcgATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGa < 1:5555514/66‑1 (MQ=255) cgcgATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTgg < 1:3280033/71‑1 (MQ=255) ttGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGtt > 1:786844/1‑71 (MQ=255) ttGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGtt > 1:3776762/1‑71 (MQ=255) tGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGtt > 1:3453460/1‑70 (MQ=255) gTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGcc < 1:5654169/71‑1 (MQ=255) tGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCt < 1:2979584/71‑1 (MQ=255) gCATTGTATAAAATGAACGCATCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAg > 1:2370817/1‑58 (MQ=255) cATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGt > 1:3849571/1‑71 (MQ=255) cATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGt > 1:419170/1‑71 (MQ=255) cATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGt > 1:2230101/1‑71 (MQ=255) ttGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGa < 1:32093/53‑1 (MQ=255) ttGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTggg < 1:1045454/59‑1 (MQ=255) gTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAg > 1:3311333/1‑46 (MQ=255) gTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGgtg > 1:2109799/1‑59 (MQ=255) gTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCaa > 1:4111029/1‑71 (MQ=255) tataAGATGAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTc < 1:2274963/68‑1 (MQ=9) tataAGATGAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTCAAt > 1:2170275/1‑71 (MQ=255) tataAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGa < 1:5571954/50‑1 (MQ=255) tataAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGa < 1:2739620/50‑1 (MQ=255) ataAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGAGAAGTGGGTGTTGCCTGTTc < 1:1090400/67‑1 (MQ=255) aaaaaaTGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTc < 1:1201554/65‑1 (MQ=255) taAGATGAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAgggtg < 1:766365/47‑3 (MQ=16) aaaaTGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAg < 1:3502844/49‑1 (MQ=255) aaaaTGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGgc > 1:2639675/1‑71 (MQ=255) agaTGAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGaa > 1:4343575/3‑47 (MQ=16) agaTGAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGaa > 1:2606903/3‑47 (MQ=16) aaaTGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGc < 1:5607852/38‑1 (MQ=255) aaaTGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCa > 1:3233926/1‑40 (MQ=255) aaaTGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAg > 1:2455315/1‑41 (MQ=255) aaTGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCa > 1:875319/1‑39 (MQ=255) aaTGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGgctg > 1:2878333/1‑71 (MQ=255) aaTCAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGgctg < 1:4324716/71‑1 (MQ=255) gAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTtggcg < 1:398475/50‑3 (MQ=255) gAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTtggcg < 1:1311146/50‑3 (MQ=255) gAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTtggcg < 1:3019909/50‑3 (MQ=255) gAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTCaa > 1:3672582/1‑62 (MQ=9) gAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTCaa > 1:885873/1‑62 (MQ=9) tctATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCt > 1:1281896/1‑71 (MQ=255) ctATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATg < 1:2330361/56‑1 (MQ=255) ctATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATg < 1:5575919/56‑1 (MQ=255) tATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCtt > 1:1033113/1‑70 (MQ=255) | CGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTT > minE/1201773‑1201909 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |