| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,201,876 | G→T | 14.8% | V343V (GTG→GTT) | sdaA → | L‑serine deaminase I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,201,876 | 0 | G | T | 14.8% | 191.0 / 12.2 | 66 | V343V (GTG→GTT) | sdaA | L‑serine deaminase I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/28); new base T (4/6); total (32/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGG > minE/1201807‑1201940 | cgcgATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTgg < 1:3280033/71‑1 (MQ=255) ttGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGtt > 1:786844/1‑71 (MQ=255) ttGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGtt > 1:3776762/1‑71 (MQ=255) tGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGtt > 1:3453460/1‑70 (MQ=255) gTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGcc < 1:5654169/71‑1 (MQ=255) tGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCt < 1:2979584/71‑1 (MQ=255) cATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGt > 1:419170/1‑71 (MQ=255) cATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGt > 1:3849571/1‑71 (MQ=255) cATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGt > 1:2230101/1‑71 (MQ=255) ttGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTggg < 1:1045454/59‑1 (MQ=255) gTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGgtg > 1:2109799/1‑59 (MQ=255) gTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCaa > 1:4111029/1‑71 (MQ=255) tataAGATGAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTc < 1:2274963/68‑1 (MQ=9) tataAGATGAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTCAAt > 1:2170275/1‑71 (MQ=255) ataAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGAGAAGTGGGTGTTGCCTGTTc < 1:1090400/67‑1 (MQ=255) aaaaaaTGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTc < 1:1201554/65‑1 (MQ=255) aaaaTGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGgc > 1:2639675/1‑71 (MQ=255) aaTGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGgctg > 1:2878333/1‑71 (MQ=255) aaTCAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGgctg < 1:4324716/71‑1 (MQ=255) gAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTtggcg < 1:398475/50‑3 (MQ=255) gAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTtggcg < 1:1311146/50‑3 (MQ=255) gAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTtggcg < 1:3019909/50‑3 (MQ=255) gAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTCaa > 1:3672582/1‑62 (MQ=9) gAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTCaa > 1:885873/1‑62 (MQ=9) tctATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCt > 1:1281896/1‑71 (MQ=255) tcgaTTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTCAATGGCGGCGGCTGGTCt < 1:3856265/68‑1 (MQ=2) ctATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATg < 1:2330361/56‑1 (MQ=255) ctATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATg < 1:5575919/56‑1 (MQ=255) tATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCtt > 1:1033113/1‑70 (MQ=255) aTTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGgcgtgg < 1:3633851/43‑3 (MQ=16) aTTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGc > 1:3698550/1‑44 (MQ=9) aTTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTg > 1:423164/1‑70 (MQ=255) tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTggg > 1:4249059/1‑37 (MQ=255) tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGgtg > 1:2060467/1‑39 (MQ=255) tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGgtg > 1:3539557/1‑39 (MQ=255) tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGgtg > 1:491725/1‑39 (MQ=255) tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTc < 1:2981976/49‑1 (MQ=255) tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTg < 1:5639978/69‑1 (MQ=255) tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTg < 1:1414700/69‑1 (MQ=255) tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGc < 1:1377739/70‑1 (MQ=255) tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGc < 1:589542/70‑1 (MQ=255) tctggTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTCAATGGCGGCGGCTGGTCTGGCAg < 1:2404421/67‑1 (MQ=2) tCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGc < 1:4917877/41‑1 (MQ=255) tCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGc < 1:5364911/41‑1 (MQ=255) tCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAg > 1:3259618/1‑70 (MQ=255) tCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAg < 1:5555480/70‑1 (MQ=255) tCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAg < 1:2082192/70‑1 (MQ=255) tCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAg > 1:871001/1‑70 (MQ=255) tCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAg > 1:1969824/1‑70 (MQ=255) tggTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTc < 1:2748762/44‑1 (MQ=9) gTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAActg > 1:4693927/1‑71 (MQ=255) tGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTCAAt < 1:2913148/45‑1 (MQ=255) cGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAg < 1:4713454/63‑1 (MQ=255) gAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGaa > 1:1592768/1‑63 (MQ=255) aaGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGaa > 1:5674933/1‑62 (MQ=255) aaGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGc < 1:3233971/71‑1 (MQ=255) aGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCg < 1:5418114/71‑1 (MQ=255) gttggttgCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCaa < 1:4013511/37‑1 (MQ=255) gttggttgCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCaa < 1:2824695/37‑1 (MQ=255) gttggttgCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCaa < 1:3918597/37‑1 (MQ=255) gttggttgCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCaa < 1:4128865/37‑1 (MQ=255) gttggttgCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCgg < 1:1424339/71‑1 (MQ=255) tggttgCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCTGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCgg > 1:4521925/1‑69 (MQ=255) gCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAAc > 1:1833288/1‑54 (MQ=255) ccAGGGCGAAGGGGGTGTTGCCTGTTCATTGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCgg < 1:1182769/71‑1 (MQ=255) aGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGaa < 1:3166870/71‑1 (MQ=255) ggCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGaa > 1:3446130/1‑69 (MQ=255) ggCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACa < 1:3030667/71‑1 (MQ=255) gCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCgg > 1:1693374/1‑36 (MQ=255) cGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCgg > 1:3911905/1‑35 (MQ=255) cGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAgg > 1:3035593/1‑71 (MQ=255) gTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCgg < 1:1202781/61‑1 (MQ=255) ggggTGTTGCCTGTTCTATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACa < 1:2221695/63‑1 (MQ=255) gggTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAAct > 1:5037562/1‑42 (MQ=255) gggTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAAct > 1:5320347/1‑42 (MQ=255) gggTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAAct > 1:2888979/1‑42 (MQ=255) gggTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAAct > 1:4878017/1‑42 (MQ=255) | CGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGG > minE/1201807‑1201940 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |