| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,211,331 | C→G | 12.8% | Q7H (CAG→CAC) ‡ | cspC ← | stress protein, member of the CspA‑family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,211,331 | 0 | C | G | 12.8% | 246.7 / 23.1 | 94 | Q7H (CAG→CAC) ‡ | cspC | stress protein, member of the CspA‑family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/45); new base G (4/8); total (41/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
CGAACACATCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCGCAGGCATAACATAGA > minE/1211261‑1211399 | cGAACACATCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAAcc < 1:4801092/71‑1 (MQ=255) gAACACATCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCt > 1:3011678/1‑71 (MQ=255) gAACACATCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCt > 1:4944556/1‑71 (MQ=255) acacATCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGa < 1:3971008/71‑1 (MQ=255) acacATCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGa < 1:3624785/71‑1 (MQ=255) acacATCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGa > 1:2078914/1‑71 (MQ=255) cgtCTTTGCTGCCGTCTTCCGGAGTAATGAAACCGAATCCTTTGGACTCATTAAACCACTTAACGTTACCt > 1:3944241/3‑71 (MQ=12) caTCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCt < 1:1152790/71‑1 (MQ=255) caTCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCt < 1:4781149/71‑1 (MQ=255) aTCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCtt < 1:4970200/71‑1 (MQ=255) tttGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTg > 1:5654221/1‑63 (MQ=255) tttGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTaa > 1:4453267/1‑71 (MQ=255) tgctgcCGTCTTCCGGAGTAATGAAACCGAATCCTTTGGACTCATTAAACCACTTAACGTTACCTTTaa < 1:3695205/69‑1 (MQ=255) tgctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTa < 1:2164328/68‑1 (MQ=255) tgctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTa < 1:3678572/68‑1 (MQ=255) tgctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTa < 1:3454643/68‑1 (MQ=255) gctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCt > 1:3595011/1‑71 (MQ=255) gctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCt > 1:5137044/1‑71 (MQ=255) ctgcCGTCTTCCGGAGTAATGAAACCGAATCCTTTGGACTCATTAAACCACTTAACGTTACCTTTAATCtt < 1:5041135/71‑1 (MQ=255) ctgcCGTCTTCCGGAGTAATGAAACCGAATCCTTTGGACTCATTAAACCACTTAACGTTACCTTTAATCt < 1:3743808/70‑1 (MQ=255) tgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTa < 1:402581/65‑1 (MQ=255) tgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTa < 1:1711364/65‑1 (MQ=255) ccATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGc > 1:1797797/1‑71 (MQ=255) aTCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCa < 1:5384946/71‑1 (MQ=255) tCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCt < 1:2535722/64‑1 (MQ=255) tCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCt < 1:3575/64‑1 (MQ=255) tCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCAt < 1:1346808/71‑1 (MQ=255) tCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCAt > 1:5457350/1‑71 (MQ=255) aGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCttt > 1:4610099/1‑64 (MQ=255) aGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCAtt > 1:3981886/1‑70 (MQ=255) ccGGAGTAATGAAACCGAATCCTTTGGACTCATTAAACCACTTAACGTTACCTTTAATCTTAGACAtcaa < 1:4366361/70‑4 (MQ=255) ccGGAGTAATGAAACCGAATCCTTTGGACTCATTAAACCACTTAACGTTACCTTTAATCTTAGACAtcaa < 1:3476175/70‑4 (MQ=255) ccGGAGTAATGAAACCGAATCCTTTGGACTCATTAAACCACTTAACGTTACCTTTAATCTTAGACAtcaa < 1:3496766/70‑4 (MQ=255) ccGGAGTAATGAAACCGAATCCTTTGGACTCATTAAACCACTTAACGTTACCTTTAATCTTAGACAtca < 1:3627065/69‑3 (MQ=255) ccGGAGTAATGAAACCGAATCCTTTGGACTCATTAAACCACTTAACGTTACCTTTAATCTTAGACAtca < 1:3136418/69‑3 (MQ=255) ggAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCa < 1:2943115/64‑1 (MQ=255) ggAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGaaa < 1:3113148/71‑1 (MQ=255) ggAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGaaa < 1:3067404/71‑1 (MQ=255) aGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCAtt > 1:3768443/1‑64 (MQ=255) aGTAATGAAACCGAATCCTTTGGACTCATTAAACCACTTAACGTTACCTTTAATCttag > 1:986/1‑57 (MQ=16) aGTAATGAAACCGAATCCTTTGGACTCATTAAACCACTTAACGTTACCTTTAATCtta > 1:810974/1‑57 (MQ=16) gTAATGAAACCGAATCCTTTGGACTCATTAAACCACTTAACGTTAcc > 1:3366984/1‑47 (MQ=9) tAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCtt < 1:1822953/48‑1 (MQ=255) tAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCtt < 1:4339395/48‑1 (MQ=255) tAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGaaa < 1:4087591/67‑1 (MQ=255) aaTGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCttt < 1:3264398/48‑1 (MQ=255) aTGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTaa > 1:172183/1‑49 (MQ=255) aTGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTaa > 1:4980506/1‑49 (MQ=255) aTGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTcc < 1:3240707/71‑1 (MQ=255) aTGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTcc < 1:2504374/71‑1 (MQ=255) aTGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTcc > 1:3877377/1‑71 (MQ=255) aTGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTcc > 1:3116939/1‑71 (MQ=255) aTGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTcc > 1:3092134/1‑71 (MQ=255) tGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCAt < 1:5568382/58‑1 (MQ=255) tGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCAt < 1:4771719/58‑1 (MQ=255) tGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCt < 1:541882/71‑1 (MQ=255) aaGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGaaaaa > 1:560782/1‑64 (MQ=255) aaGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGaaaaa > 1:2473115/1‑64 (MQ=255) aaGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGaaaaa > 1:2466670/1‑64 (MQ=255) aaGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGaaaaa > 1:1909686/1‑64 (MQ=255) aaGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGaaaaa > 1:4413746/1‑64 (MQ=255) gCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCt > 1:2943908/1‑67 (MQ=255) ccAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTTcc < 1:2447139/51‑1 (MQ=255) cAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGAt > 1:2456088/1‑70 (MQ=255) aaaaCCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATc < 1:2119062/43‑1 (MQ=255) aaaaCCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGcc < 1:3424188/49‑1 (MQ=255) aaaaCCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCAt > 1:2056603/1‑51 (MQ=255) aaaaCCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTg < 1:3300760/71‑1 (MQ=255) aaaCCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTa < 1:4757809/39‑1 (MQ=255) aaaCCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTa < 1:56089/39‑1 (MQ=255) aaCCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGtt > 1:292420/1‑71 (MQ=255) aaCCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGtt < 1:4897250/71‑1 (MQ=255) aaCCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGtt < 1:2991673/71‑1 (MQ=255) aCCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAAt > 1:3057925/1‑39 (MQ=255) cTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTa < 1:4466759/61‑1 (MQ=255) cTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTa < 1:455692/61‑1 (MQ=255) cTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTttc < 1:1600336/71‑1 (MQ=255) cTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTttc < 1:1593635/71‑1 (MQ=255) tttAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTttct > 1:492893/1‑71 (MQ=255) ttAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTttc > 1:4366700/1‑69 (MQ=255) gTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCg > 1:5641283/1‑69 (MQ=255) tGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCGCAgg > 1:746258/1‑71 (MQ=255) gAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCGCAgg > 1:726041/1‑70 (MQ=255) gAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCGCAgg < 1:4010527/70‑1 (MQ=255) gAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCGCAgg > 1:3792355/1‑70 (MQ=255) cACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGaaa < 1:2944527/35‑1 (MQ=255) cACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGaaa < 1:2895290/35‑1 (MQ=255) cTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGtt < 1:5642193/49‑1 (MQ=255) cTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGtt < 1:2023398/49‑1 (MQ=255) cTTAACATGACCGTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCGCAGGCATAACa > 1:6902/1‑71 (MQ=255) tAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCg > 1:2381631/1‑58 (MQ=255) aaCCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTcc > 1:4456357/1‑36 (MQ=255) aaCCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGtttt > 1:2220450/1‑48 (MQ=255) aCCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCGCAGGCATAACATAg < 1:2264444/70‑1 (MQ=255) aCCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCGCAGGCATAACATAGa < 1:3641857/71‑1 (MQ=255) | CGAACACATCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCGCAGGCATAACATAGA > minE/1211261‑1211399 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |