| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,259,349 | A→C | 23.1% | I525M (ATT→ATG) ‡ | torZ ← | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,259,349 | 0 | A | C | 23.1% | 233.8 / 103.1 | 160 | I525M (ATT→ATG) ‡ | torZ | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (67/56); new base C (17/20); total (84/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.01e-01 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
AAGATCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATA > minE/1259280‑1259419 | gATCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAata > 1:2673821/1‑71 (MQ=255) tCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAatat > 1:4082233/1‑70 (MQ=255) aaaaACATCAAAATCATTACGCGCTTCATAGCGTGGCGGCACCACTTGCTTCATCGGCACCAGATGCTgat < 1:3972096/71‑3 (MQ=255) aaaCACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGt < 1:5160103/71‑1 (MQ=255) acacGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACaa < 1:2597644/60‑1 (MQ=255) acGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCt < 1:3570864/71‑1 (MQ=255) catCAAAATCATTACGCGCTTCATAGCGTGGCGGCACCACTTGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTg > 1:316453/3‑71 (MQ=255) atCAAAATCATTACGCGCTTCATAGCGTGGCGGCACCACTTGCTTCATCGGCACCAGATGCTgat < 1:1929920/64‑3 (MQ=255) tCAAAATCATTACGCGCTTCATAGCGTGGCGGCACCACTTGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTa < 1:832803/71‑1 (MQ=255) tCAAAATCATTACGCGCTTCATAGCGTGGCGGCACCACTTGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTa < 1:1980557/71‑1 (MQ=255) cAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTaa > 1:446779/1‑71 (MQ=255) aaaaTCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTaa > 1:1025002/1‑70 (MQ=255) aaaaTCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAAt > 1:283912/1‑71 (MQ=255) aaaaTCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAAt > 1:2360281/1‑71 (MQ=255) aaaaTCATTACGCGCTTCATAGCGTGGCGGCACCACTTGCTTCATCGGCACCAGATGCTGAtta > 1:3493256/1‑63 (MQ=255) tCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCt < 1:5148167/62‑1 (MQ=255) gTTACGCGCTTAAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCgg > 1:3466036/1‑71 (MQ=255) aCGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCa > 1:836881/1‑71 (MQ=255) gcgcTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATc < 1:5524540/71‑1 (MQ=255) cgcTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATg > 1:5430121/1‑45 (MQ=255) gcTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCAc > 1:5050578/1‑61 (MQ=255) gcTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGt > 1:54923/1‑71 (MQ=255) cTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGc < 1:3094771/51‑1 (MQ=255) cTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCt > 1:5582834/1‑52 (MQ=255) ttCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGt < 1:937645/53‑1 (MQ=255) ttCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGt < 1:3300172/53‑1 (MQ=255) tCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACaa > 1:1566426/1‑37 (MQ=255) tCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTc > 1:856251/1‑69 (MQ=255) cAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGc > 1:1447457/1‑41 (MQ=255) aaaTTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATc > 1:1534788/1‑64 (MQ=255) aaaTTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGt < 1:3778107/71‑1 (MQ=255) aaTTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTc < 1:2069629/71‑1 (MQ=255) aTTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCt < 1:4155405/39‑1 (MQ=255) aTTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCt < 1:3025261/39‑1 (MQ=255) aTTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCt < 1:4320656/46‑1 (MQ=255) ttGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAAtac > 1:1033626/1‑50 (MQ=255) ttGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCAt > 1:4026285/1‑71 (MQ=255) ttGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCAt < 1:5566292/71‑1 (MQ=255) cGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTgc > 1:250120/1‑71 (MQ=255) gAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCa < 1:2915445/65‑1 (MQ=255) aGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCt > 1:4602458/1‑71 (MQ=255) cAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTc > 1:3774467/1‑70 (MQ=255) cAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTc > 1:1774422/1‑70 (MQ=255) aCAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCTTCAAGTCATTGCGCTCaaa > 1:5316869/1‑71 (MQ=255) aCAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCAtt > 1:4889175/1‑62 (MQ=255) aCAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaaa < 1:4148397/71‑1 (MQ=255) aCAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaaa > 1:4710690/1‑71 (MQ=255) aCAGCCTGCTTCATAGGCACAATATGCTGGTTGATGt > 1:5093352/1‑37 (MQ=38) cAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGt < 1:195285/57‑1 (MQ=255) cAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGt < 1:878753/57‑1 (MQ=255) cAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc > 1:5322952/1‑71 (MQ=255) cAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc < 1:658400/71‑1 (MQ=255) cAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc < 1:1167206/71‑1 (MQ=255) gCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCa > 1:909550/1‑57 (MQ=255) gCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCa > 1:3182833/1‑57 (MQ=255) cttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGag > 1:4764540/3‑70 (MQ=255) cttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGag > 1:1603803/3‑70 (MQ=255) ccTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaa < 1:2712168/66‑1 (MQ=255) ttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAAt > 1:4957641/2‑35 (MQ=19) ttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCAcc < 1:418941/38‑1 (MQ=25) ttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCAtt < 1:1105413/56‑1 (MQ=255) ttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCaaaag < 1:225313/67‑3 (MQ=255) ttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGAATACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCaaaag < 1:3971516/67‑3 (MQ=255) cTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg < 1:71537/71‑1 (MQ=255) cTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg < 1:2590335/71‑1 (MQ=255) tGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgt > 1:1590814/1‑71 (MQ=255) tGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgt > 1:2879637/1‑71 (MQ=255) tGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCCCTCAAACGAtgt > 1:3636816/1‑71 (MQ=255) gCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGagg > 1:4307876/1‑67 (MQ=255) gCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg > 1:5045382/1‑71 (MQ=255) gCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg > 1:3430096/1‑71 (MQ=255) cTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg < 1:2951810/70‑1 (MQ=255) cTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATgtgg < 1:3553840/71‑1 (MQ=255) ttCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCAtt > 1:3875618/1‑53 (MQ=255) ttCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCAtt > 1:3026116/1‑53 (MQ=255) ttCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCa > 1:2916854/1‑40 (MQ=255) ttCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc < 1:5655367/63‑1 (MQ=255) tCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATgtggt > 1:3032629/1‑70 (MQ=255) tCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATgtggt > 1:4743670/1‑70 (MQ=255) cATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCAtta > 1:4800512/1‑51 (MQ=255) cATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCAtta > 1:1894571/1‑51 (MQ=255) cATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCAtta > 1:1386202/1‑51 (MQ=255) cATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGgtagtc < 1:1185271/70‑2 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt < 1:2179754/71‑1 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt < 1:3427176/71‑1 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCCGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt < 1:5504730/71‑1 (MQ=255) tCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGgtagt < 1:221067/67‑1 (MQ=255) tCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTc < 1:186794/46‑1 (MQ=255) tCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCa < 1:4401480/56‑1 (MQ=255) tCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCa < 1:3467363/56‑1 (MQ=255) tCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCa < 1:5094596/56‑1 (MQ=255) cGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCg > 1:2755171/1‑71 (MQ=255) ggCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTacg > 1:1250668/1‑50 (MQ=255) ggCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCg > 1:5523363/1‑37 (MQ=255) ggCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCg > 1:1657379/1‑37 (MQ=255) ggCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCg > 1:5260328/1‑37 (MQ=255) ggCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCgg > 1:523185/1‑71 (MQ=255) acaATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa < 1:4583160/71‑1 (MQ=255) caATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa < 1:490495/70‑1 (MQ=255) aaTATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATa < 1:5124843/71‑1 (MQ=255) | AAGATCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATA > minE/1259280‑1259419 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |