| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,259,351 | T→G | 22.6% | I525L (ATT→CTT) ‡ | torZ ← | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,259,351 | 0 | T | G | 22.6% | 250.7 / 106.4 | 164 | I525L (ATT→CTT) ‡ | torZ | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (66/61); new base G (17/20); total (83/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
GATCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACG > minE/1259282‑1259421 | gATCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAata > 1:2673821/1‑71 (MQ=255) tCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAatat > 1:4082233/1‑70 (MQ=255) gCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTg < 1:4203601/71‑1 (MQ=255) aaaaACATCAAAATCATTACGCGCTTCATAGCGTGGCGGCACCACTTGCTTCATCGGCACCAGATGCTgat < 1:2588035/71‑3 (MQ=255) acatCAAAATCATTACGCGCTTCATAGCGTGGCGGCACCACTTGCTTCATCGGCACCAGATGCt < 1:2192890/61‑1 (MQ=255) catCAAAATCATTACGCGCTTCATAGCGTGGCGGCACCACTTGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTg > 1:316453/3‑71 (MQ=255) tCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTa < 1:1852202/71‑1 (MQ=255) tCAAAATCATTACGCGCTTCATAGCGTGGCGGCACCACTTGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTa < 1:1980557/71‑1 (MQ=255) tCAAAATCATTACGCGCTTCATAGCGTGGCGGCACCACTTGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTa < 1:832803/71‑1 (MQ=255) cAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTaa > 1:446779/1‑71 (MQ=255) aaaaTCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTaa > 1:1025002/1‑70 (MQ=255) aaaaTCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAAt > 1:283912/1‑71 (MQ=255) aaaaTCATTACGCGCTTCATAGCGTGGCGGCACCACTTGCTTCATCGGCACCAGATGCTGAtta > 1:3493256/1‑63 (MQ=255) tCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCt < 1:5148167/62‑1 (MQ=255) tCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCAcc > 1:1424967/1‑71 (MQ=255) gTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCgg > 1:1723786/1‑71 (MQ=255) aCGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCa > 1:836881/1‑71 (MQ=255) cgcgCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCa < 1:498131/70‑1 (MQ=255) gcgcTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATc < 1:1981736/71‑1 (MQ=255) gcgcTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATc < 1:5524540/71‑1 (MQ=255) cgcTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATg > 1:1939929/1‑45 (MQ=255) cgcTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATg > 1:5430121/1‑45 (MQ=255) gcTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCAc > 1:5050578/1‑61 (MQ=255) gcTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGt > 1:189498/1‑71 (MQ=255) gcTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGt > 1:54923/1‑71 (MQ=255) cTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCt > 1:5582834/1‑52 (MQ=255) ttCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGt < 1:937645/53‑1 (MQ=255) tCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTc > 1:856251/1‑69 (MQ=255) cAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCa < 1:3461462/69‑1 (MQ=255) aaaTTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATc > 1:1534788/1‑64 (MQ=255) aTTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCt < 1:4155405/39‑1 (MQ=255) aTTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCt < 1:3466968/39‑1 (MQ=255) aTTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCt < 1:4320656/46‑1 (MQ=255) ttGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAAtac > 1:1033626/1‑50 (MQ=255) ttGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCAt > 1:4026285/1‑71 (MQ=255) ttGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCAt < 1:5566292/71‑1 (MQ=255) gCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCAtt < 1:5179392/70‑1 (MQ=255) cGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGt < 1:2151936/38‑1 (MQ=255) cAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTc > 1:3774467/1‑70 (MQ=255) aCAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCTTCAAGTCATTGCGCTCaaa > 1:5316869/1‑71 (MQ=255) aCAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCAtt > 1:5518979/1‑62 (MQ=255) aCAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCAtt > 1:4889175/1‑62 (MQ=255) aCAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaaa > 1:4710690/1‑71 (MQ=255) aCAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaaa > 1:3573577/1‑71 (MQ=255) aCAGCCTGCTTCATAGGCACAATATGCTGGTTGATGt > 1:5093352/1‑37 (MQ=38) cAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGt < 1:878753/57‑1 (MQ=255) cAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc > 1:5322952/1‑71 (MQ=255) cAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc < 1:658400/71‑1 (MQ=255) cAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc < 1:1167206/71‑1 (MQ=255) aGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc > 1:1588531/1‑70 (MQ=255) aGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc > 1:4465805/1‑70 (MQ=255) gCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCa > 1:3182833/1‑57 (MQ=255) gCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCa > 1:909550/1‑57 (MQ=255) gCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGa > 1:2465211/1‑71 (MQ=255) cttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGag > 1:1603803/3‑70 (MQ=255) ccTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaa < 1:320250/66‑1 (MQ=255) ccTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaa < 1:2712168/66‑1 (MQ=255) ttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAAt > 1:3487193/2‑35 (MQ=19) ttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCAcc < 1:418941/38‑1 (MQ=25) ttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCAtt < 1:2268699/56‑1 (MQ=255) ttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCAtt < 1:1105413/56‑1 (MQ=255) ttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGAATACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCaaaag < 1:3971516/67‑3 (MQ=255) cTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg < 1:2590335/71‑1 (MQ=255) tGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGagg > 1:299908/1‑68 (MQ=255) tGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCCCTCAAACGAtgt > 1:3636816/1‑71 (MQ=255) gCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg > 1:3430096/1‑71 (MQ=255) gCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg > 1:5045382/1‑71 (MQ=255) ttCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCAtt > 1:3875618/1‑53 (MQ=255) ttCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCAtt > 1:3026116/1‑53 (MQ=255) ttCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCa > 1:2916854/1‑40 (MQ=255) ttCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc < 1:4697260/63‑1 (MQ=255) ttCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc < 1:5655367/63‑1 (MQ=255) tCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATgtggt > 1:4743670/1‑70 (MQ=255) tCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATgtggt > 1:3802995/1‑70 (MQ=255) cATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCAtta > 1:4800512/1‑51 (MQ=255) cATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCAtta > 1:1386202/1‑51 (MQ=255) cATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGgtagtc < 1:1185271/70‑2 (MQ=255) aTCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGgtagtcg > 1:3031055/1‑68 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt < 1:820891/71‑1 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt < 1:1655858/71‑1 (MQ=255) tCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGgtagt < 1:221067/67‑1 (MQ=255) tCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTc < 1:186794/46‑1 (MQ=255) tCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCa < 1:5094596/56‑1 (MQ=255) tCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCa < 1:4401480/56‑1 (MQ=255) tCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgt < 1:2926890/64‑1 (MQ=255) cGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCg > 1:2755171/1‑71 (MQ=255) ggCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTacg > 1:1250668/1‑50 (MQ=255) ggCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCg > 1:5523363/1‑37 (MQ=255) ggCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCg > 1:5260328/1‑37 (MQ=255) ggCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCgg > 1:3561097/1‑71 (MQ=255) ggCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCgg > 1:523185/1‑71 (MQ=255) ggCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCgg > 1:4789844/1‑71 (MQ=255) gCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACg < 1:2905550/57‑1 (MQ=255) cacaATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTc > 1:4143862/1‑37 (MQ=255) acaATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCa < 1:3420530/51‑1 (MQ=255) acaATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa < 1:4583160/71‑1 (MQ=255) caATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa < 1:490495/70‑1 (MQ=255) aaTATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaa < 1:3048315/50‑1 (MQ=255) aaTATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATa < 1:5124843/71‑1 (MQ=255) atatGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATAc < 1:3534282/71‑1 (MQ=255) | GATCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACG > minE/1259282‑1259421 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |