| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,259,379 | C→G | 16.7% | T515T (ACG→ACC) | torZ ← | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,259,379 | 0 | C | G | 16.7% | 436.3 / 71.1 | 185 | T515T (ACG→ACC) | torZ | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (70/84); new base G (14/17); total (84/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
GCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTC > minE/1259309‑1259448 | gcgcTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATc < 1:5524540/71‑1 (MQ=255)gcgcTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATc < 1:1981736/71‑1 (MQ=255) gcTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGt > 1:84762/1‑71 (MQ=255) gcTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGt > 1:189498/1‑71 (MQ=255) ttCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTc > 1:4572777/1‑70 (MQ=255) aaaTTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATc > 1:1534788/1‑64 (MQ=255) aTTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTc < 1:5453119/70‑1 (MQ=255) ttGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCAt < 1:5566292/71‑1 (MQ=255) gCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCAtt < 1:5179392/70‑1 (MQ=255) cGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTgc > 1:250120/1‑71 (MQ=255) gAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCa < 1:2915445/65‑1 (MQ=255) aGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCt > 1:4602458/1‑71 (MQ=255) cAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTc > 1:3774467/1‑70 (MQ=255) aCAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCAtt > 1:4889175/1‑62 (MQ=255) aCAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCAtt > 1:5518979/1‑62 (MQ=255) aCAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaaa > 1:4710690/1‑71 (MQ=255) aCAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaaa < 1:4148397/71‑1 (MQ=255) aCAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaaa > 1:3573577/1‑71 (MQ=255) cAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc > 1:5322952/1‑71 (MQ=255) aGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc > 1:1588531/1‑70 (MQ=255) gCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCa > 1:3182833/1‑57 (MQ=255) gCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGa < 1:898039/71‑1 (MQ=255) cttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGag > 1:1603803/3‑70 (MQ=255) ccTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaa < 1:320250/66‑1 (MQ=255) ttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCAtt < 1:1105413/56‑1 (MQ=255) ttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCaaaag < 1:225313/67‑3 (MQ=255) ttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGAATACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCaaaag < 1:3971516/67‑3 (MQ=255) cTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg < 1:2590335/71‑1 (MQ=255) tGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgt > 1:2879637/1‑71 (MQ=255) gCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg > 1:5045382/1‑71 (MQ=255) cTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg < 1:2951810/70‑1 (MQ=255) cTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATgtgg < 1:3553840/71‑1 (MQ=255) ttCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCAtt > 1:3875618/1‑53 (MQ=255) ttCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCAtt > 1:3026116/1‑53 (MQ=255) ttCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCATAc < 1:936273/63‑1 (MQ=255) ttCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc < 1:5655367/63‑1 (MQ=255) tCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATgtggt > 1:4743670/1‑70 (MQ=255) tCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATgtggt > 1:3802995/1‑70 (MQ=255) cATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCAtta > 1:1386202/1‑51 (MQ=255) cATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGgtagtc < 1:1185271/70‑2 (MQ=255) aTCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGgtagtcg > 1:3031055/1‑68 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt < 1:820891/71‑1 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt < 1:3427176/71‑1 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt < 1:2179754/71‑1 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCCGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt < 1:5504730/71‑1 (MQ=255) tCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTc < 1:186794/46‑1 (MQ=255) tCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCa < 1:3467363/56‑1 (MQ=255) tCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCa < 1:5094596/56‑1 (MQ=255) ggCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTacg > 1:1250668/1‑50 (MQ=255) ggCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCg > 1:1056409/1‑37 (MQ=255) ggCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCg > 1:1657379/1‑37 (MQ=255) ggCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCgg > 1:4789844/1‑71 (MQ=255) ggCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCgg > 1:523185/1‑71 (MQ=255) caATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa < 1:490495/70‑1 (MQ=255) aaTATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaa < 1:3048315/50‑1 (MQ=255) aaTATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATa < 1:5124843/71‑1 (MQ=255) atatGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATAc < 1:3534282/71‑1 (MQ=255) tatGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACg < 1:4404097/51‑1 (MQ=255) atGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAggtag < 1:2164032/56‑3 (MQ=255) atGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAggtag < 1:1144911/56‑3 (MQ=255) atGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAggtag < 1:2080798/56‑3 (MQ=255) tGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCg < 1:3453030/61‑1 (MQ=255) gCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGgtagtc > 1:1265162/1‑55 (MQ=255) gCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGgtagtc > 1:4088047/1‑55 (MQ=255) cTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGt > 1:1988109/1‑61 (MQ=255) ggTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg < 1:4555315/50‑1 (MQ=255) ggTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg < 1:5403246/50‑1 (MQ=255) ggTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg < 1:5346000/50‑1 (MQ=255) ggTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATgtgg > 1:1739802/1‑51 (MQ=255) ttGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa < 1:2762776/59‑1 (MQ=255) ttGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGc > 1:1784590/1‑71 (MQ=255) ttGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGc < 1:686288/71‑1 (MQ=255) cTGTAATCACCGGTCATCGTCAGGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGatat < 1:1289311/64‑1 (MQ=255) cTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGatat < 1:2739635/64‑1 (MQ=255) cTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCgtg < 1:444180/71‑1 (MQ=255) tGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGat < 1:4050599/61‑1 (MQ=255) tAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAAt < 1:3663348/54‑1 (MQ=255) tAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAAt < 1:862157/54‑1 (MQ=255) tAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCgtgt < 1:4390851/69‑1 (MQ=255) aaTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGatat > 1:4503763/1‑60 (MQ=255) aaTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTg > 1:1209252/1‑71 (MQ=255) aTCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGGTAGTCGCAGGCAGAACGATATCCGCGTGttt < 1:5589473/69‑1 (MQ=255) aTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg > 1:3920167/1‑38 (MQ=255) aTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGAAATCTGCGTGATTgg > 1:4029971/1‑71 (MQ=255) tCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTgg > 1:2713331/1‑70 (MQ=255) tCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGgc < 1:4492868/71‑1 (MQ=255) cACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg > 1:5627515/1‑38 (MQ=255) cACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg > 1:2396140/1‑38 (MQ=255) cACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg > 1:2327770/1‑38 (MQ=255) aCCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGgct > 1:4803783/1‑70 (MQ=255) ggTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATa > 1:2897523/1‑47 (MQ=255) gTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACg < 1:4284283/48‑1 (MQ=255) gTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCtgctgc < 1:5486043/71‑1 (MQ=255) cATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCg > 1:764864/1‑38 (MQ=255) aTCGTCAATTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGt > 1:5305472/1‑39 (MQ=255) aTCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTa > 1:4650951/1‑40 (MQ=255) aTCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTa > 1:4120518/1‑40 (MQ=255) tCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTc < 1:3350016/71‑1 (MQ=255) tCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTc < 1:2384150/71‑1 (MQ=255) cGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTc > 1:1160132/1‑70 (MQ=255) | GCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTC > minE/1259309‑1259448 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |