| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,259,391 | G→A | 12.6% | R511R (CGC→CGT) | torZ ← | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,259,391 | 0 | G | A | 12.6% | 452.3 / 42.2 | 174 | R511R (CGC→CGT) | torZ | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/93); new base A (7/15); total (65/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
CGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCATT > minE/1259322‑1259458 | aGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCt > 1:4602458/1‑71 (MQ=255) aCAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCTTCAAGTCATTGCGCTCaaa > 1:5316869/1‑71 (MQ=255) aCAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaaa < 1:5628727/71‑1 (MQ=255) aCAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaaa > 1:4710690/1‑71 (MQ=255) cAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc < 1:1167206/71‑1 (MQ=255) aGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc > 1:4465805/1‑70 (MQ=255) aGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc > 1:1588531/1‑70 (MQ=255) gCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGa > 1:2465211/1‑71 (MQ=255) cttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGag > 1:4764540/3‑70 (MQ=255) cttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGag > 1:1603803/3‑70 (MQ=255) ccTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaa < 1:2712168/66‑1 (MQ=255) ccTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaa < 1:320250/66‑1 (MQ=255) ttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCaaaag < 1:225313/67‑3 (MQ=255) ttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGAATACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCaaaag < 1:3971516/67‑3 (MQ=255) cTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg < 1:2590335/71‑1 (MQ=255) cTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg < 1:71537/71‑1 (MQ=255) tGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGagg > 1:299908/1‑68 (MQ=255) tGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgt > 1:2879637/1‑71 (MQ=255) tGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCCCTCAAACGAtgt > 1:3636816/1‑71 (MQ=255) gCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg > 1:5045382/1‑71 (MQ=255) ttCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCATAc < 1:936273/63‑1 (MQ=255) tCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATgtggt > 1:3802995/1‑70 (MQ=255) tCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATgtggt > 1:4743670/1‑70 (MQ=255) aTCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGgtagtcg > 1:3031055/1‑68 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt < 1:2179754/71‑1 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt < 1:820891/71‑1 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt < 1:3427176/71‑1 (MQ=255) tCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGgtagt < 1:221067/67‑1 (MQ=255) tCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCa < 1:5094596/56‑1 (MQ=255) ggCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCgg > 1:3561097/1‑71 (MQ=255) gCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACg < 1:2905550/57‑1 (MQ=255) acaATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCa < 1:3420530/51‑1 (MQ=255) acaATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa < 1:4583160/71‑1 (MQ=255) caATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa < 1:490495/70‑1 (MQ=255) aaTATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaa < 1:3048315/50‑1 (MQ=255) aaTATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATa < 1:5124843/71‑1 (MQ=255) atatGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATAc < 1:3534282/71‑1 (MQ=255) tatGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTTCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACg < 1:3512811/71‑1 (MQ=255) tatGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACg < 1:4404097/51‑1 (MQ=255) atGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAggtag < 1:2164032/56‑3 (MQ=255) atGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAggtag < 1:2080798/56‑3 (MQ=255) tGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCg < 1:1314701/61‑1 (MQ=255) tGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCg < 1:1206339/61‑1 (MQ=255) gCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGgtagtc > 1:1265162/1‑55 (MQ=255) gCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGgtagtc > 1:4088047/1‑55 (MQ=255) cTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGt > 1:1988109/1‑61 (MQ=255) tGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATc > 1:3721769/1‑71 (MQ=255) ggTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg < 1:5403246/50‑1 (MQ=255) ggTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg < 1:2387688/50‑1 (MQ=255) ggTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg < 1:5346000/50‑1 (MQ=255) ttGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa < 1:2762776/59‑1 (MQ=255) ttGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGc > 1:1784590/1‑71 (MQ=255) tGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCg > 1:4543770/1‑71 (MQ=255) cTGTAATCACCGGTCATCGTCAGGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGatat < 1:1289311/64‑1 (MQ=255) cTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGatat < 1:5223313/64‑1 (MQ=255) cTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGatat < 1:2739635/64‑1 (MQ=255) cTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCgtg < 1:3827125/71‑1 (MQ=255) cTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCgtg < 1:444180/71‑1 (MQ=255) tGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGat < 1:4050599/61‑1 (MQ=255) tAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAAt < 1:862157/54‑1 (MQ=255) tAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCgtgt < 1:2722238/69‑1 (MQ=255) tAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCgtgt < 1:4390851/69‑1 (MQ=255) aaTCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCaaaa < 1:1159380/35‑2 (MQ=12) aaTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGatat > 1:1681590/1‑60 (MQ=255) aaTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTg > 1:1209252/1‑71 (MQ=255) aTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg > 1:3920167/1‑38 (MQ=255) tCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGgc < 1:4492868/71‑1 (MQ=255) cACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg > 1:5627515/1‑38 (MQ=255) cACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGatat < 1:5570248/57‑1 (MQ=255) aCCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGgct > 1:4803783/1‑70 (MQ=255) cGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCgtg < 1:4944730/61‑1 (MQ=255) ggTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATa > 1:2897523/1‑47 (MQ=255) gTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACg < 1:4284283/48‑1 (MQ=255) gTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACg < 1:4564207/48‑1 (MQ=255) gTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACg < 1:3171506/48‑1 (MQ=255) gTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCtgctgc < 1:5486043/71‑1 (MQ=255) cATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCg > 1:764864/1‑38 (MQ=255) aTCGTCAATTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGt > 1:5305472/1‑39 (MQ=255) aTCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTa > 1:4650951/1‑40 (MQ=255) aTCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTa > 1:4120518/1‑40 (MQ=255) tCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTc < 1:5424269/71‑1 (MQ=255) tCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTc < 1:2339613/71‑1 (MQ=255) tCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTc < 1:3350016/71‑1 (MQ=255) gTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCg > 1:5668380/1‑66 (MQ=255) tCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTc < 1:5374527/68‑1 (MQ=255) tCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTc < 1:1523854/68‑1 (MQ=255) tCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTc < 1:420713/68‑1 (MQ=255) aaGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGgctgc < 1:2487971/59‑1 (MQ=255) aaGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGgctgc < 1:4288156/59‑1 (MQ=255) aaGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAg > 1:1000552/1‑69 (MQ=255) aaGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAg > 1:5511488/1‑69 (MQ=255) tCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCgtg < 1:1764600/47‑1 (MQ=255) tCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCgtg < 1:668306/47‑1 (MQ=255) tCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCgtg < 1:1042813/47‑1 (MQ=255) tCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAg > 1:169152/1‑66 (MQ=255) aTTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGttt < 1:2943862/48‑1 (MQ=255) aTTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGttt < 1:1238108/48‑1 (MQ=255) ttGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGtt < 1:3445016/46‑1 (MQ=255) tGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTgg > 1:1819848/1‑48 (MQ=255) gcgcTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAg > 1:3466798/1‑61 (MQ=255) | CGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCATT > minE/1259322‑1259458 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |