| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 228,481 | A→G | 6.6% | Y74Y (TAT→TAC) | phoE ← | outer membrane phosphoporin protein E |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 228,481 | 0 | A | G | 6.6% | 352.0 / 10.2 | 121 | Y74Y (TAT→TAC) | phoE | outer membrane phosphoporin protein E |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/51); new base G (5/3); total (67/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
GAGACGCGTTTTTTGCTGTGCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTGAAACCAAAACGGATATAACTCTGGTCGCCA > minE/228412‑228550 | gagaCGCGTTTTTTGCTGTGCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCAt < 1:812380/71‑1 (MQ=255) gcgTTTTTTGCTGTGCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAAc > 1:761762/1‑69 (MQ=255) cgTTTTTTGCTGTGCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACcag < 1:4314333/71‑1 (MQ=255) cgTTTTTTGCTGTGCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACcag < 1:784287/71‑1 (MQ=255) ttttttGCTGTGCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACcagt > 1:4447526/1‑70 (MQ=255) ttttGCTGTGCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACcagtcag > 1:3875087/1‑71 (MQ=255) ttttGCTGTGCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACcagtcag > 1:2439556/1‑71 (MQ=255) ttGCTGTTCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACcagtcag > 1:657787/1‑69 (MQ=255) ttGCTGTGCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACcagtcag > 1:3292966/1‑69 (MQ=255) ttGCTGTGCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACcagtcag > 1:4543040/1‑69 (MQ=255) ttGCTGTGCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGtt > 1:4409006/1‑71 (MQ=255) gTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAAt < 1:2155505/71‑1 (MQ=255) tATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAAc < 1:2559254/51‑1 (MQ=255) aTCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAAc < 1:2906599/50‑1 (MQ=255) tCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACcagtc < 1:842339/54‑1 (MQ=255) tCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTtg > 1:1678999/1‑71 (MQ=255) tCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTtg > 1:4342868/1‑71 (MQ=255) aCTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACcagtcag > 1:3976261/1‑54 (MQ=255) aCTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTtgtg > 1:1540829/1‑71 (MQ=255) 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1:3793933/1‑71 (MQ=255) tctGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTc > 1:1653989/1‑71 (MQ=255) tctGCTTTATTACAGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACcagtcag > 1:4129171/1‑50 (MQ=255) ctGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATaa > 1:2565019/1‑41 (MQ=255) ctGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCg > 1:2094000/1‑71 (MQ=255) ctGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCg > 1:4096218/1‑71 (MQ=255) tGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAAtt > 1:281934/1‑61 (MQ=255) tGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAAtt > 1:5108429/1‑61 (MQ=255) tGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAAtt > 1:1156845/1‑61 (MQ=255) tGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTc < 1:3976426/69‑1 (MQ=255) cTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTtgt < 1:4308544/62‑1 (MQ=255) cTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCt > 1:4007291/1‑71 (MQ=255) ttattaCCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGttt > 1:1137187/1‑64 (MQ=255) ttattaCCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGcc > 1:4878982/1‑68 (MQ=255) tattaCCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACca < 1:3214759/38‑1 (MQ=255) tattaCCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACca < 1:3120831/38‑1 (MQ=255) tattaCCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACca < 1:1688238/38‑1 (MQ=255) tattaCCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACca < 1:3782597/38‑1 (MQ=255) tattaCCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACca < 1:1019632/38‑1 (MQ=255) attaCCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGttt > 1:5039094/1‑62 (MQ=255) ttaCCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTGa < 1:2981255/70‑1 (MQ=255) ttaCCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTGa < 1:4666553/70‑1 (MQ=255) cGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTGAAACCa < 1:1633794/71‑1 (MQ=255) ggCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTGAAACCaa < 1:909865/71‑1 (MQ=255) 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aaaCTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGAGTTTCGCCTTTGa > 1:1370057/1‑62 (MQ=255) aaCTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTGAAACCAAAACg < 1:4491906/71‑1 (MQ=255) aCTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTGAAACCAAAACg > 1:4411069/1‑70 (MQ=255) ctctGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTGAAACCAAAACGGa > 1:4827552/1‑71 (MQ=255) tctGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTGAAACCAAAACGGa > 1:4073817/1‑70 (MQ=255) ctGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTGAAACCAAAACGGata > 1:1964451/1‑71 (MQ=255) tGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTGAAACCAAAACGGata > 1:5544841/1‑70 (MQ=255) gCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTGAAACCAAAACGGatat > 1:5195967/1‑70 (MQ=255) cTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTGAAACCAAAACGGatat < 1:3863308/69‑1 (MQ=255) ttCCCATTGACCGTAGCCAGTGAGTTGATCGTTAATTTGGGTTTCGCCt < 1:2792128/49‑1 (MQ=255) ttCCCATTGACCGTAGCCAGTGAGTTGATCGTTAATTTGGGTTTCGCCt < 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attgACCGTAGCCAGTGAGTTGATCGTTAATTTGGGTTTCGCCTTTAAAACCCAGACGCGCATAGCTCTgg > 1:2370112/4‑71 (MQ=12) aaCGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCt > 1:1296081/1‑44 (MQ=255) aaCGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTGAAACCAAAACGGATATAACTCTgg < 1:1479170/71‑1 (MQ=255) aCGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTGAAACCAAAACGGATATAACTCTggg < 1:3045975/71‑2 (MQ=255) cgcccATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTGAAACCAAAACGGATATAACTCTGGTc > 1:2905969/4‑71 (MQ=255) gACCGTAGCCAGTGAGTTGATCGTTAATTTGGGttt > 1:2383779/1‑36 (MQ=19) gACCGTAGCCAGTGAGTTGATCGTTAATTTGGGttt > 1:4597878/1‑36 (MQ=19) gACCGTAGCCAGTGAGTTGATCGTTAATTTGGGttt > 1:2848781/1‑36 (MQ=19) aCCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTGAAACCAAAACGGATATAACTCTGGTCGc < 1:703582/71‑1 (MQ=255) cATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTGAAACCAAAACGGATATAACTCTGGTCGCCa > 1:5387717/1‑71 (MQ=255) cATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTGAAACCAAAACGGATATAACTCTGGTCGCCa > 1:4700275/1‑71 (MQ=255) aTAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTGAAACCAAAACGGATATAACTCTGGt > 1:4397428/1‑65 (MQ=255) aTAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTGAAACCAAAACGGATATAACTCTGGt > 1:1106622/1‑65 (MQ=255) | GAGACGCGTTTTTTGCTGTGCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTGAAACCAAAACGGATATAACTCTGGTCGCCA > minE/228412‑228550 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |