| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 228,490 | C→G | 10.1% | L71L (CTG→CTC) | phoE ← | outer membrane phosphoporin protein E |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 228,490 | 0 | C | G | 10.1% | 284.5 / 16.9 | 99 | L71L (CTG→CTC) | phoE | outer membrane phosphoporin protein E |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/39); new base G (6/4); total (56/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TTTTGCTGTGCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTGAAACCAAAACGGATATAACTCTGGTCGCCATCTTTACTG > minE/228422‑228559 | ttttGCTGTGCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACcagtcag > 1:3875087/1‑71 (MQ=255)ttttGCTGTGCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACcagtcag > 1:5551624/1‑71 (MQ=255)ttttGCTGTGCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACcagtcag > 1:2439556/1‑71 (MQ=255) ttGCTGTTCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACcagtcag > 1:657787/1‑69 (MQ=255) ttGCTGTGCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACcagtcag > 1:4049169/1‑69 (MQ=255) ttGCTGTGCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACcagtcag > 1:3292966/1‑69 (MQ=255) ttGCTGTGCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGtt > 1:4409006/1‑71 (MQ=255) gTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAAt < 1:2155505/71‑1 (MQ=255) tCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACcagtc < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |