| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,395,660 | T→A | 12.9% | A122A (GCT→GCA) | setB → | lactose/glucose efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,395,660 | 0 | T | A | 12.9% | 264.0 / 26.1 | 100 | A122A (GCT→GCA) | setB | lactose/glucose efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/42); new base A (6/7); total (51/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TGCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGC > minE/1395591‑1395729 | tGCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCt < 1:2168085/70‑1 (MQ=255)tGCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCt < 1:4234191/70‑1 (MQ=255) gCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTa < 1:2044984/70‑1 (MQ=255) gCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTa < 1:556707/70‑1 (MQ=255) gCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTa < 1:1795002/70‑1 (MQ=255) ggAATCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCg > 1:5539734/1‑71 (MQ=255) gAATCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAAccc < 1:981798/69‑1 (MQ=255) gAATCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCg > 1:2731759/1‑70 (MQ=255) aaTCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGc > 1:2662203/1‑70 (MQ=255) aTCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTa > 1:2399441/1‑63 (MQ=255) gCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAAt < 1:3231286/70‑1 (MQ=255) gCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATg < 1:3005094/71‑1 (MQ=255) gCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATg > 1:2356862/1‑71 (MQ=255) gCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATg < 1:489317/71‑1 (MQ=255) aaCTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGt < 1:2204527/70‑1 (MQ=255) ctactTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttg < 1:499377/71‑1 (MQ=255) actTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGttt > 1:3792635/1‑68 (MQ=255) actTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGttt > 1:3575381/1‑68 (MQ=255) actTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgcc > 1:3536042/1‑71 (MQ=255) actTTGATTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGATCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgcc > 1:114151/1‑71 (MQ=255) ctTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgcc < 1:1871584/70‑1 (MQ=255) tGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTaa > 1:1534247/1‑51 (MQ=255) tGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgcccttg > 1:4764043/1‑71 (MQ=255) tGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgccc < 1:4020474/68‑1 (MQ=255) ttttGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgcccttgcc < 1:2629633/71‑1 (MQ=255) tGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTATCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCACTTGCCCGt > 1:5608040/1‑71 (MQ=255) tGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGt > 1:2045115/1‑57 (MQ=255) tGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGt > 1:2945977/1‑57 (MQ=255) tGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttg > 1:518647/1‑60 (MQ=255) gCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAAcc > 1:1204837/1‑47 (MQ=255) gCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGt < 1:3121649/70‑1 (MQ=255) cTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGa < 1:3905033/71‑1 (MQ=255) tATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGaa > 1:1225743/1‑71 (MQ=255) ttCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGaa < 1:1181248/69‑1 (MQ=255) tCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACAt > 1:3798946/1‑71 (MQ=255) tCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACAt > 1:673789/1‑71 (MQ=255) tCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACAt > 1:3063987/1‑71 (MQ=255) cGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATg > 1:2272248/1‑71 (MQ=255) cGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATg > 1:4623018/1‑71 (MQ=255) 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1:15082/42‑1 (MQ=255) tttcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGc < 1:5233794/62‑1 (MQ=255) tttcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAAc > 1:4570821/1‑71 (MQ=255) ttcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACaa < 1:314623/67‑1 (MQ=255) ttctgAGTAGTTTTGCTTCCACCGCAAACCCGCAAATGTTCGCCCTCGCCCGTg < 1:520729/54‑1 (MQ=255) ttctgAGTAGTTTTGCTTCCACCGCAAACCCGCAAATGTTCGCCCTCGCCCGTg < 1:527433/54‑1 (MQ=255) ttctgAGTAGTTTTGCTTCCACCGCAAACCCGCAAATGTTCGCCCTCGCCCGTGAACACGCCGACagaa > 1:5021657/1‑69 (MQ=255) ttctgAGTAGTTTTGCTTCCACCGCAAACCCGCAAATGTTCGCCCTCGCCCGTGAACACGCCGACagaa > 1:1648555/1‑69 (MQ=255) tcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAATCCg > 1:5358291/1‑71 (MQ=255) agcagcTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGaa > 1:4240929/1‑51 (MQ=255) gcagcTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGt < 1:2887441/71‑1 (MQ=255) gcagcTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACAGGACGt < 1:5205782/71‑1 (MQ=255) cagcTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATTCCGACAAAACCGGACGTg < 1:3663542/71‑1 (MQ=255) cagcTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTg < 1:1868552/71‑1 (MQ=255) gcTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACAtag < 1:1653959/52‑3 (MQ=255) cTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgcccttgc < 1:5360100/39‑1 (MQ=255) cTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgcccttgc < 1:3445092/39‑1 (MQ=255) ttGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCg > 1:1211650/1‑40 (MQ=255) ttGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAAc > 1:2319935/1‑45 (MQ=255) ttGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAAc > 1:904067/1‑45 (MQ=255) tGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAAc > 1:4901421/1‑44 (MQ=255) tGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGc < 1:4069707/69‑1 (MQ=255) tGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGc < 1:2859038/69‑1 (MQ=255) ggCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCgg < 1:2464191/70‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |